До этого момента вся кампания приблизительно шла по тому же сценарию, что и у Кортеса в Мексике (еще было много тяжелых боев), но после захвата Куско ход событий переменился. Писарро, в отличие от Кортеса, не создал центра своей власти в древней столице царства, а основал в 1535 году совершенно новую испанскую столицу Лиму – город королей, расположенный у моря в долине Римак. Этот выбор был обоснован с военной точки зрения, так как Куско находился далеко от гаваней, от которых зависели испанцы в Перу в плане подкреплений и снабжения из внешнего мира, а его горное окружение затрудняло, если не делало невозможным, использование кавалерии – главного рода войск испанцев. Но таким решением Писарро подчеркнул деление страны на испанское побережье и индейские горы и потерял одно средство привлечения перуанцев к новой вассальной зависимости. К тому же Писарро был человеком совершенно другого сорта, чем Кортес. В Испании он был незаконнорожденным сыном, воспитанным какими-то крестьянами; в Индиях он стал воином, добившимся руководящего положения благодаря своему честолюбию, храбрости и воинскому умению. Он был неграмотным и очень зависел от секретарей, которые иногда злоупотребляли своим положением и наделали врагов своему господину. И хотя Писарро был умным и прозорливым, ему не хватало обаяния и хитрости Кортеса, его чуткого понимания человеческих обстоятельств, его таланта нападать на врага, даже потерпев поражение. Убийство Атауальпы по решению суда было грубой ошибкой, которую осудили многие испанцы. К тому же Писарро имел завистливых соперников в своем собственном лагере, и вскоре среди завоевателей начались жаркие споры. Первая весть о возникших проблемах пришла из Сан-Мигеля, правитель которого Белалькасар оставил свой пост и отправился на север в район Кито по приглашению каких-то местных жителей, чтобы избавить их от их правителей-инков и установить свою власть. Его положение осложнилось неожиданным прибытием из Гватемалы неугомонного и воинственного Альварадо, который имел свои планы на Кито. Первым Альмагро, а затем Писарро поспешили на север, чтобы предотвратить гражданскую войну. Альмагро и Белалькасар (которые были
Тем временем Эрнандо Писарро, который был единственным законнорожденным из всех единокровных братьев и претендовал на какую-то образованность, был послан в Испанию с донесениями и королевской долей добычи из Кахамарки. Он возвратился в 1535 году с депешами, дававшими Франсиско Писарро титул маркиза (и за ним закреплялась уже завоеванная территория Перу), а Альмагро – титул