Начало заселения материка привело к новым осложнениям. До 1513 года маленькая колония на перешейке признавала, хотя и формально, власть Санто-Доминго. Но когда ее ценность стала известна, притязания Диего снова были на время отложены. Его притязания на управление и получение доли дохода были признаны только на островах. Было создано отдельное материковое правительство, а из Испании прислан губернатор в сопровождении не только грозного военного отряда, но и штата секретарей и еще одной команды чиновников казначейства. Бальбоа по меркам того времени имел большие заслуги перед своими товарищами и королем, но его подкрепленная силой независимость раздражала бюрократический и властолюбивый характер Фонсеки. То, как он обошелся с Никуэсой и Энсисо, было оскорблением королевской власти. Отчет Бальбоа о Южном море, грузы золота и жемчуга прибыли в Испанию слишком поздно, чтобы вернуть ему утраченную благосклонность. Он тоже был обойден вниманием. Первым губернатором «Золотой Кастилии» стал Педро Ариас де Авила – жестокий старик, которому в его окружении было дано прозвище
Фердинанда, в отличие от королевы Изабеллы, которую он пережил, мало волновало то, как живут колонисты в Вест-Индии, которые в конце концов поехали туда по своей доброй воле, и вообще не волновало то, как живет там местное население – индейцы. В первую очередь – и это был его почти единственный интерес – его волновали доходы, которые можно было получить из Нового Света. Фонсека толковал свои обязанности в том же духе. Естественно, он был заинтересованной стороной. Традиционно члены королевских советов, помимо жалованья, получали дополнительные вознаграждения за особую работу. Эти вознаграждения часто принимали форму доли королевского права распределять бенефиции, доходной должности с правом назначать заместителей (помощников). За всю свою карьеру Фонсека получил в добавление к своей постоянной выгодной церковной должности много гонораров, выплаченных с доходов из Вест-Индии. Получал их и Кончильос – чиновник, известный своей хваткой. В 1508 году он был назначен главным нотариусом рудников Вест-Индии. Другие советники, которые время от времени прикладывали руки к работе, получали долю награбленного. Например, когда была создана почтовая служба Вест-Индии, должность главного почтмейстера –