Чиновники палаты занимались проведением политики в жизнь, а не напрямую ее формулировкой. Во время неспокойных лет после смерти в 1504 году Изабеллы, когда вопрос о кастильском наследстве был под сомнением, палата и правитель Эспаньолы были во многом предоставлены самим себе. Но когда Фердинанд вновь утвердил свою власть в Кастилии (правил до своей смерти в 1516 году), и Эспаньола, и палата снова были взяты под действенный контроль. Вест-Индия принадлежала короне Кастилии, и все главные решения, затрагивающие ее, теоретически принимал монарх по рекомендации Совета Кастилии. Этот августейший орган – высший в королевстве – характерным для того времени образом объединял функции высшего апелляционного суда и совета министров, давая советы по главным административным вопросам и внося предложения в законодательство. Большинство его членов были либо прелатами, либо видными юристами. Дела Вест-Индии требовали очень небольшой доли внимания Совета. Он занимался residencia в отношении Овандо – судебным расследованием его управления Эспаньолой, которое началось после его возвращения в Испанию. В 1511 году Совет издал указ, который определял юрисдикцию Севильской торговой палаты, и другой указ о создании Высокого суда – audiencia – в Санто-Доминго; и он выносил решения по различным конфликтам в сфере полномочий, которые возникали между этим новым судом и вице-королем Диего Колумбом. В этих и подобных вопросах Совет выступал в роли Верховного суда, принимая решения по судебным искам, определяя юрисдикцию на более низких уровнях. Административные вопросы, вопросы политики, связанной с Вест-Индией, с другой стороны, редко выносились – если выносились вообще – на рассмотрение всего Совета. Вместо этого король передавал их для принятия решения отдельным советникам, почти всегда Фонсеке, которому помогал другой арагонец – королевский секретарь Лопе де Кончильос, который проживал по месту службы – в суде, как требовали того от него его обязанности. И Фонсека, который был епископом поочередно в Бадахосе, Кордове, Паленсии и Бургосе, много времени проводил там же. Фонсека не занимал никакой конкретной должности, связанной с Вест-Индией, а был просто тем советником, который специализировался на решении вопросов, с нею связанных; в действительности он обладал всей полнотой власти. До конца правления Фердинанда он вместе с Кончильосом составил, выпустил и разослал через Севильскую торговую палату почти все указы, связанные с Вест-Индией. С полного одобрения короля они выбирали почти всех высокопоставленных чиновников и создали свой собственный неофициальный секретариат для работы с увеличившимся потоком бумаг. Они даже организовали особую почтовую службу для перевозки корреспонденции между судом и палатой и между палатой и Вест-Индией. Эта служба по меркам того времени была поразительно эффективной. Она могла доставлять срочные депеши между Севильей и Мадридом по пересеченной местности, на которой мощеные дороги не строились со времен Римской империи, за четыре дня. Посредством этой службы палата как административный центр Вест-Индии была прочно связана с источником принятия политических решений при дворе, где бы этот двор ни находился. Управление Вест-Индией, которое теоретически осуществлялось правительством Кастилии через совещательный совет, на практике было ограниченной и чрезвычайно централизованной бюрократической системой, которую контролировал Фонсека от имени короля. Внешним признаком этого контроля было создание в 1514 году отдельной королевской печати, вверенной Фонсеке, для официального подтверждения подлинности всех указов и решений, имеющих отношение к Вест-Индии.