Спустя неделю после катастрофы, комиссия по расследованию ее причин официально заявила, что причиной разрушения «Боинга-747», выполнявшего полет по маршруту Лондон — Нью-Йорк стал взрыв мощной бомбы в переднем грузовом отсеке самолета. На обломках конструкций лайнера, непосредственно окружавших место взрыва, были обнаружены микрочастицы пластиковой взрывчатки «Семтекс» чехословацкого производства. Как она смогла попасть на борт «Владычицы морей», предстояло установить Скотланд-Ярду и военной контрразведке.
Следствие двигалось по двум параллельным направлениям. Контрразведчики пытались определить страну или организацию, которая могла стоять за террористами, взорвавшими лайнер «Пан Американ», а полицейские тщательно изучали внутреннюю систему безопасности авиакомпании в надежде установить путь, который проделало взрывное устройство, прежде чем оказаться в переднем грузовом отсеке «Боинга». Пока единственной зацепкой, которая могла вывести их на след преступников, был тип взрывчатки. Дело в том, что «Семтекс» являлся довольно специфическим оружием. Это взрывчатое вещество, которое производилось только в Чехословакии, не имело себе равных по мощности, компактности и удобству в обращении. Его практически невозможно было обнаружить с помощью обычных детекторов, применяемых в аэропортах для проверки ручной клади и багажа на предмет наличия оружия или боеприпасов. Состав «Семтекса» и технология его производства держались в глубочайшем секрете, и поэтому он поставлялся только в страны Варшавского блока и применялся исключительно диверсионными спецподразделениями. Когда взрыв в небе над Локерби поднял в прессе целую бурю негодования по поводу возможной причастности Чехословакии к гибели «Владычицы морей», правительству этой страны пришлось выступить в свою защиту. Официальные лица не отрицали, что некоторое количество этого «чудо-оружия» могло обходными путями попасть в страны «социалистической ориентации», вроде Ливии или Северной Кореи, но категорически отвергали возможность продажи «Семтекса» каким бы то ни было террористическим или сепаратистским группировкам. Тогда спецслужбы Великобритании и Соединенных Штатов начали разрабатывать «ближневосточный след».
Подозреваемым №1 был Иран. У Ирана действительно было немало поводов, мягко говоря, не любить Соединенные Штаты. Иран уже давно вел затяжную и неперспективную войну с Ираком за спорные территории в районе устья реки Шатт-эль-Араб и острова в Персидском заливе. Ни одна из сторон не имела возможности нанести противнику решительное поражение на суше. На море иракский флот был явно сильнее, и, не решаясь вступить с ним в открытый бой, иранские вооруженные катера и авиация в начале 1988 года развязали так называемую «танкерную войну», атакуя в Ормузском проливе беззащитные гражданские суда в надежде нарушить морские коммуникации Ирака и лишить его возможности экспортировать «черное золото» — нефть, — на деньги от продажи которой Саддам Хусейн приобретал необходимое ему для продолжения войны с Ираном оружие. Пока жертвами бандитских нападений иранцев были суда нейтральных держав, Соединенные Штаты ограничивались лишь грозными нотами в адрес аятоллы Хомейни, но когда под удар попали несколько танкеров под звездно-полосатым флагом, в Персидский залив вошла целая эскадра американских боевых кораблей. Они начали сопровождать караваны невооруженных судов через опасные районы, причем стычки между иранскими катерами и фрегатами ВМФ США случались довольно часто. Пиком противостояния стала атака истребителем-бомбардировщиком «Мираж F1» ВВС Ирака американского фрегата «Старк».
Истребитель выпустил по военному кораблю две ракеты «Экзосет», одна из которых угодила в цель. Фрегат получил тяжелые повреждения, среди членов команды были убитые и раненые. Затем в июле 1988 года командир крейсера «Винсенс» ошибочно идентифицировал на экране радиолокатора иранский авиалайнер «А300» как неприятельский истребитель «Р-14» и отдал приказ открыть огонь. В результате пассажирский самолет, который шел по международной воздушной трассе, был сбит зенитной ракетой и упал в море. Все 290 человек на борту аэробуса погибли. Несмотря на то что военный трибунал оправдал командира «Винсенса», иранские власти восприняли уничтожение мирного авиалайнера, на котором паломники летели в «мусульманский Ватикан» — Мекку, как месть за нападение на фрегат «Старк» (и небезосновательно, кстати) и поклялись не остаться в долгу. Духовный лидер Ирана аятолла Хомейни призвал своих сторонников ответить ударом на удар и взорвать самолет какой-нибудь американской авиакомпании. «Пан Американ» оказалась в наибольшей опасности, во-первых, потому, что она имела самую разветвленную сеть международных маршрутов, а во-вторых, лайнеры «Пан Американ» летали в аэропорты многих стран Африки, Азии и Латинской Америки, которые заслуженно пользовались дурной славой «осиных гнезд» терроризма.