В 1816 году было решено приступить к строительству крепости. Руководить возведением укреплений назначали все того же Ивана Барклая де Толли, получившего к этому времени чин инженер-генерал-майора. Однако к работам так и не приступили. Причин было две — во-первых, средств в казне после разорительных Наполеоновских войн отчаянно не хватало, а во-вторых, было решено увязать строительство укреплений на Аландах с планами укрепления Финляндии в целом. Для этого в 1817 году был создан Комитет для сочинения проектов долговременных укреплений в Финляндии, или сокращенно — Комитет по финским укреплениям, который возглавил свиты Его Величества генерал-майор Барклай де Толли. Комитет успел составить подробную карту окрестностей Бомарзунда, провести ряд изысканий, обсудить некоторые вопросы и был закрыт в 1819 году вследствие смерти своего начальника.
Очевидно, именно Иван Богданович Барклай де Толли был основным сторонником строительства крепости на Аландах и проявлял наибольшую энергию в этом вопросе.
Тем временем в Скарпансе были достроены здания казарм, штаба и госпиталя, и вокруг гарнизона стал постепенно складываться небольшой городок. Как сообщают путеводители, его руины можно отыскать и в наше время.
К вопросу о сооружении крепости на Аландах вернулись в 1825 году по инициативе генерал-инспектора по инженерной части великого князя Николая Павловича, которому всего через год предстояло стать императором Николаем I. В этот раз решили делать все поэтапно — первоначально на островах предполагалось построить оборонительную казарму, которая потом могла послужить основой для будущих укреплений. На острова был командирован инженер генерал-майор Иван Христианович Трузсон 2-й. Изучив работы предшественников и осмотрев острова, он тоже пришел к выводу о Бомарзунде как оптимальном месте для постройки крепости. Свои предварительные наработки он представил на рассмотрение начальнику Главного штаба Его Величества барону Дибичу. В 1828 году последовало распоряжение о подготовке нового проекта крепости, который был представлен на рассмотрение государю императору Николаю I в начале следующего года. Государь, будучи военным инженером, рассмотрел представленные чертежи и модель укреплений весьма тщательно и лишь 8 июня 1829 года утвердил проект и отдал распоряжение о начале строительства крепости.
Проект Бомарзунда теперь тесно увязывался с разрабатываемой Инженерным департаментом программой укрепления западных рубежей Российской империи. Наполеоновские войны доказали необходимость укрепления границ, и военные инженеры разработали проект целой системы крепостей. Историк русской фортификации В.В. Яковлев отмечает:
«
К числу этих «другах» пунктов относился и Бомарзунд. Утвержденный проект крепости включал в себя оборонительную казематированную казарму, игравшую роль цитадели, линию артиллерийских башен (уже не бастионов, но еще не фортов) и центральную ограду полигонального начертания. Часть башен стояла непосредственно на ограде, часть располагалась отдельно и была приспособлена к круговой обороне. Несколько башен должны были располагаться по другую сторону пролива на острове Преста, Всего крепость должна была иметь на вооружении 500 орудий и гарнизон в 5000 человек. Внутри обвода укреплений должен был располагаться город, получивший название Новый Скарпанс.
Кстати, название самой крепости в документах устояться так и не успело. Ее назвали и Скарпанс, и Аланд, и Бомарзунд. Последнее название во время Крымской войны использовала пресса (как российская, так и европейская), оно в итоге и закрепилось в исторической литературе[11].
Работы на строительстве крепости шли не быстро. Причиной тому были как объективные сложности — работы велись исключительно летом, так и отношение к Бомарзунду как не самому важному объекту. Основные силы и ресурсы инженерного департамента были сосредоточены на западных рубежах империи.