Для Антарктики, конечно, важны пограничные разногласия между Чили и Аргентиной. Определить, где проходит граница между ними на севере и в центре континента, было проще простого, если договориться провести ее по вершинам Анд - "Снежным Кордильерам", составляющим водораздел с востока на запад в этих регионах континента. Но на юге, в Патагонии, все было не так просто, а тем более в отношении островов, расположенных на участке моря между южной оконечностью Южной Америки и северной частью Антарктического полуострова. Обе страны считали, что унаследовали от Испании право собственности на все новые земли, открытые в западном мире вдоль линии в 370 лиг (1185 миль) к западу от Азорских островов и островов Зеленого Мыса (примерно 46°30' западной долготы по Гринвичу), от Арктики до Антарктики, которое было предоставлено ей папской буллой Inter caetera от 1493 года и Тордесильясским договором 1494 года. Они считали себя вправе претендовать на все, что лежит к югу по проекции от границы между ними. Таким образом, установление границы имело большое значение, поскольку решало, кому принадлежат острова, расположенные за южной оконечностью континента.
Решимость Аргентины претендовать на острова и Антарктиду была предрешена бескомпромиссным обращением с мапуче из Патагонии в ходе кампании "Завоевание пустыни" 1870-х годов, призванной не только преодолеть сопротивление мапуче колониальной экспансии, но и остановить чилийскую экспансию в этот регион. Чилийцы действительно пытались осуществить такую экспансию, сами разгромив "индейцев" мапуче в Араукании и ассимилировав их территорию. Когда аргентинское продвижение в спорном регионе продолжилось, Чили изменила тактику и вступила в союз с мапуче, вооружая и снабжая их, но в итоге аргентинская кампания достигла своей цели - взяла Патагонию под контроль и открыла ее для заселения. История критикует жестокость "Завоевания", а некоторые считают его геноцидом. Учитывая заявленные цели руководителей военных действий - "уничтожить... эту горстку дикарей", чтобы закрепить за собой "богатые и плодородные земли" региона - обвинение в этнической чистке трудно отрицать. И не только в истории обеих Америк, но и во многих других местах.
Успех "Завоевания" не разрешил, а обострил пограничный спор с Чили. После того как в 1881 году был заключен договор о границе, устанавливающий вершины Анд в качестве границы, возникли разногласия по поводу того, что, по мнению Чили, ключевой особенностью договора было то, что он определял континентальный водораздел в качестве границы, и, следовательно, все реки и озера, которые стекали на запад, находились на чилийской территории. Аргентина ответила, что ссылка на "Снежные Кордильеры" не подразумевает водораздел, и что в любом случае некоторые воды, стекающие на запад, на самом деле берут начало в бассейне Атлантического океана, но были отведены в сторону Тихого океана ледниковыми моренами. В 1902 году Британия приняла решение по Патагонии, предотвратив грозившую разразиться войну путем проведения разделительных линий по середине озер, на которые претендовали обе страны.
На этом спор об островах и Антарктиде не закончился. Примером может служить инцидент со Снайпом в 1958 году. Снайп - это необитаемый островок между островами Пиктон и Наварино в канале Бигль, причем аргентинцы считали, что канал лежит к югу от острова Наварино, а значит, Снайп находится в аргентинских водах. Чтобы закрепить свои права на Снайп, Чили решила построить на нем маяк по той благовидной причине, что островок находится в восточном устье канала Бигль и будет полезен для судоходства. Маяк был установлен в январе 1958 года. В апреле аргентинский флот разрушил его и установил свой собственный маяк. В мае чилийский флот демонтировал аргентинский маяк и заменил его своим собственным. 9 июня аргентинский флот разрушил новый маяк бомбардировкой и высадил взвод аргентинской пехоты, чтобы занять остров.