Послевоенные годы характеризовались, с одной стороны, резким сокращением численности авиации Балтийского флота, избыточной в мирное время, а с другой – ее качественным ростом. В 1946 г. на реактивную технику начали перевооружаться истребительные части, а в 1952 г.- и минно-торпедные полки флота. В 1957 г.
авиация БФ пополнилась первой ракетоносной частью, на вооружении которой имелись самолеты Ту-16К. В этот же период многие аэродромы Балтийского флота получили бетонные ВПП, новые средства связи, радиотехническое и аэродромное обеспечение.
Второе резкое сокращение авиации флота пришлось на перелом 50-60-х гг. В этот период в морской авиации на Балтике осталось только четыре полка и три отдельные эскадрильи. Но 60-е и 70-е гг. вновь охарактеризовались количественным и качественным ростом, включавшим в себя интенсивное развитие ракетоносной и противолодочной авиации. В этот период была сформирована и современная наземная инфраструктура. Вторая половина 80-х гг. может считаться периодом наибольшей мощи ВВС Балтийского флота.
Очередной существенный перелом произошел в 90-х гг., после распада Советского Союза и формирования Вооруженных Сил Российской Федерации, когда началось еще одно резкое сокращение войск, в т.ч. и авиации Балтийского флота. Вместе с тем, в 1994 г. Калининградская область стала Особым оборонительным районом с переводом всех дислоцированных там войсковых частей в организационную структуру Балтийского флота. В частности, по этому плану в состав авиации БФ вошли переданный из 6-й Отдельной армии Войск ПВО страны 689-й гвардейский истребительный авиаполк (ГвИАП) и 288-й отдельный вертолетный полк (ОВП), входивший в состав 11-й гвардейской армии Сухопутных войск. С включением в состав ВВС России частей ПВО в 1998-1999 гг. аналогичные изменения произошли и на флоте. В 2002 г. уже объединенная морская авиация БФ была переименована в ВВС и ПВО Балтийского флота. (Вместе с тем, долгие годы находившийся в структуре ВМФ авиаремонтный завод №150 в пос. Люблино-Новое в 2002 г. был выведен из состава флота и передан ВВС России с переводом на гражданский штат).
В период с 1945 по 1991 гг. авиация Балтийского флота базировалась в Ленинградской, Псковской и Калининградской областях, в Литве, Латвии, Эстонии и Белоруссии и действовала далеко за пределами районов своего базирования. Сейчас инфраструктура ВВС и ПВО БФ сосредоточена в небольшой по площади Калининградской области, находящейся в географической изоляции от «большой России». Эта изоляция (с юга – Польша, с севера и востока – Литва, с запада- Балтийское море) в данном случае предопределяет отсутствие тыла как такового, неизбежное удорожание обеспечения и ряд других неблагоприятных обстоятельств. Однако в истории никогда не было окончательных решений, а сама история имеет свойство двигаться по спирали…