Дислоцированная за Уралом 30-я ВА ВГК по-прежнему состояла из двух дивизий – в Белой под Иркутском (два полка на Ту-22М2) и в Воздвиженке на юге Приморского края (два полка на Ту-16К), а также отдельного дальнего разведывательного полка в Спасске-Дальнем на Ту-16Р. Подпадавшая под действие подписанного в 1990 г. Договора об обычных вооруженных силах в Европе 46-я ВА ВГК располагала в общей сложности 347 боевыми самолетами в составе четырех тяжелобомбардировочных дивизий (в Полтаве, Озерном, Бобруйске и Тарту) и двух отдельных дальних разведывательных авиаполков (в Нежине и Зябровке). Современные бомбардировщики-ракетоносцы Ту-22М3 состояли на вооружении шести полков
(в Полтаве, Бобруйске, Стрые, Тарту, Орше и Сольцах). В большинстве этих частей, наряду с Ту-22М3, продолжалась эксплуатация значительного количества устаревших Ту-16К. Три полка (в Мачулищах, Барановичах и Озерном) были по-прежнему укомплектованы ракетоносцами Ту-22К, а оба полка дальних разведчиков – самолетами Ту-22Р и частично Ту-16Р.
В результате распада СССР в конце 1991 г. значительная часть сил стратегической и Дальней авиации осталась за пределами России. В 37-й ВА ВГК (СН) на территории Казахстана оказалось два полка стратегических ракетоносцев Ту-95МС (в Семипалатинске), а на территории Украины – полки Ту-160 в Прилуках, а также Ту-95МС и Ил-78 в Узине. Большинство казахстанских Ту-95МС со временем удалось вывести в Россию: в соответствии с межправительственным российско-казахстанским соглашением, в обмен на них в эту среднеазиатскую республику было поставлено немалое количество необходимой Казахстану авиационной техники фронтовой авиации – истребителей МиГ-29, Су-27 и штурмовиков Су-25. А вот все 19 Ту-160 и 24 Ту-95МС, а также заправщики Ил-78, дислоцированные в Прилуках и Узине, перешли в собственность независимой Украины.
Еще большего количества самолетов лишилась Дальняя авиация России: на территории Украины остались два полка ракетоносцев Ту-22М3 (в Полтаве и Стрые) и по одному полку Ту-22К и Ту-22Р (в Озерном и Нежине). Все 46 Ту-22М3 и 37 Ту-22К (Р) стали украинской собственностью. Еще пять полков бывшей 46-й ВА ВГК Советского Союза базировались в Белоруссии (два полка Ту-22М3 в Бобруйске и Орше, два полка Ту-22К в Мачулищах и Барановичах и полк разведчиков Ту-22Р в Зябровке). По договоренности с правительством Республики Беларусь в 1992 г их удалось вернуть России. Перебазировался в Россию и единственный полк на ракетоносцах Ту-22М3 и Ту-16К в Эстонии (из Тарту).
Поредевшая стратегическая авиация России была сконцентрирована на авиабазах в Энгельсе под Саратовом и Украинке на Дальнем Востоке. В Энгельсе были развернуты построенные авиапромышленностью в 1991-1994 гг. шесть стратегических ракетоносцев Ту-160 и перебазированные из Моздока и Казахстана самолеты Ту-95МС, первое время входившие в состав одного полка, а также полк самолетов- заправщиков Ил-78. На аэродроме Украинка были дислоцированы два полка Ту-95МС – общее их количество в ВВС России ко второй половине 90-х гг. достигло шести десятков.
Основу «нестратегической» Дальней авиации составили около 130 дальних бомбардировщиков-ракетоносцев Ту-22М3 (шесть полков – в Сольцах, Шайкове, Белой (два полка), Воздвиженке и Завитинске). Все остальные самолеты бывшей 37-й ВА ВГК (СН) и ДА ВВС Советского Союза, в т.ч. и те, что перебазировались из Белоруссии, были выведены в резерв, законсервированы, а затем в большей своей части уничтожены. Первыми «под нож» пошли 3М, Ту-95М и Ту-95К, списали также все Ту-22 и Ту-16. Несколько позднее из боевого состава вывели и законсервировали более «свежие» Ту-22М2.
Значительно снижение численности дальней и стратегической авиации в результате распада СССР, передислокации оставшихся частей и списания старой техники, а также курс на сокращение Вооруженных сил привел в 1994 г. к расформированию обеих воздушных армий ДА и воздушной армии ВГК (СН). Командованию Дальней авиации ВВС России теперь были непосредственно подчинены пять тяжелобомбардировочных дивизий (в Энгельсе, Сольцах, Белой, Украинке и Воздвиженке), в каждой из которых имелось по два полка дальних или стратегических бомбардировщиков-ракетоносцев, а также ОГА в Тикси и 43-й ЦБП и ПЛС в Рязани. Такая структура ДА просуществовала до 1998 г., когда в результате дальнейших реорганизаций было проведено объединение ВВС и Войск ПВО в единый вид Вооруженных Сил России.