А тем временем в середине мая 1571 г. к берегам Кипра подошел турецкий флот (около 25 судов) с 80-тысячным десантом. Ряд военных теоретиков XIX–XX веков считали, что турки допустили большую стратегическую ошибку: они сейчас же приступили к захвату Кипра вместо того, чтобы действовать против разрозненных эскадр союзников, из которых венецианская эскадра Кирини была опять выдвинута далеко вперед. Хотя султан мог рассуждать и как Кутузов – легко в сражении победить, трудно кампанию выиграть. Флотом командовал Пиалепала, а десантом – Лала Мустафа-паша. Летом 1571 г. он осадил город Фамагусту. 1 августа Фамагуста сдалась после упорной обороны. Тем не менее турки нарушили условия капитуляции и устроили резню в городе. С начальника гарнизона Маркантонио Брагидино с живого содрали кожу. Ее набили соломой и хлопком, взвалили на корову и торжественно провезли по городу.
Отплывая 22 сентября восвояси, Мустафа-паша в качестве трофея прихватил с собой и кожу несчастного Маркантонио Брагидино, которую подарил Селиму II. А через 10 лет некий Джироламо Полидоро, один из немногих уцелевших жителей Фамагуста, выкрал кожу из константинопольского арсенала и передал ее сыновьям Брагидино, которые поместили ее в соборе Сан-Джорджо. 18 мая 1596 г. кожу перенесли в церковь Санти Джованни э Паоло и поместили в нишу за погребальной урной, которая образует часть памятника герою. Здесь она находится и по сей день.
В связи с подходом основных сил союзного флота турецкий флот отошел в Лепанто, где за узким проливом он мог чувствовать себя в полной безопасности, спокойно выжидая подкреплений и наступления дальнейших событий. Через месяц-полтора наступал уже период бурной погоды, и союзники должны были разойтись по портам, а новое их сосредоточение было очень сомнительно. Уже в расчете на кампанию будущего года Али отправил отряд из 60 галер в Эгейское море за подкреплением и припасами. Только 24 августа прибыл в Мессину Дон-Хуан и вышел оттуда в Кофру 15 сентября, то есть уже тогда, когда Али был давно в Лепанто.
На рассвете 7 октября 1571 г. союзный христианский флот подходил к острову Петала, направляясь к месту якорной стоянки. В это же время в бухте Калидон снялись с якоря и турки. Не подозревая о близости противника, они двинулись к выходу в открытое море. Берег между Петала и Калидоном очень низменный, и разведчики Дон-Хуана обнаружили паруса турецкого флота раньше противника, поскольку
союзники шли на веслах. Дон-Хуан тотчас двинулся в пролив между островом Оксия и мысом Скрофа и дал сигнал «выстроить линию баталии». Турки увидели передовые суда союзников лишь тогда, когда те показались из пролива. Османский флот начал строиться для боя. Таким образом, оба противника столкнулись неожиданно. Дон-Хуан был уверен, что турецкий флот стоит в Лепанто, а турки считали, что христиане стоят на якоре у острова Кефалония.
Турки оказались в более выгодном положении, поскольку находились на широком плесе и могли развернуться. Христианам же, прежде чем выстроиться для боя, надо было по частям выйти из узкого прохода.
К началу боя у турок было 210 галер и 66 галиотов против 201 галеры и 6 галиотов союзников. Но галиоты из-за своей маневренности не годились для боя в одном строю с галерами. На турецком флоте имелось только 2,5 тысячи янычар, вооруженных аркебузами, а остальные солдаты были лучниками. Кроме того, на галерах не было никаких приспособлений от ружейного и артиллерийского огня. Турецкие галеры строились с возвышенными носами, через которые нельзя было стрелять прямо вперед. Солдаты же союзников были защищены железными шлемами и кирасами, не говоря уж о рыцарях, закованных в латы с головы до пят. Носы галер по приказанию Дон-Хуана были срезаны и на них сделаны приспособления для устройства траверсов и щитов.
По плану боя, разработанному союзными адмиралами, боевой порядок должен был состоять из центра и двух крыльев. Флагманская галера Дон-Хуана находилась в середине центра, а рядом с ней – галеры испанского адмирала Вениеро и венецианского адмирала Марка Антонио Колонна. Сзади них должны были находиться несколько галер, специально предназначенные для поддержки начальников. Позади центра располагался резерв из 30 галер под началом маркиза Круца. Правым крылом (58 галер) командовал Андреа Дориа, а левым (53 галеры) – венецианский адмирал Барбариго. Галеасы предполагалось выдвинуть вперед – с сильной артиллерией и большим количеством солдат они должны были выдержать первый натиск противника и нарушить его строй, подготовив, таким образом, почву для атаки галер.
Центром турецкого флота командовал сам адмирал Заде-Али, окруженный галерами ближайших своих помощников. За центром находился турецкий резерв под началом губернатора острова Хиос. Левым крылом командовал самый опытный из мусульманских адмиралов алжирский вице-король Улуг-Али, а правое крыло вел вице-король Александрии Мегмет-Сирокко.