И действительно: карьера князя вполне задалась и пошла в гору при императоре Николае I, который в первый же месяц после вступления на престол вызвал Меншикова из отставки. Николай Павлович знал светлейшего еще в бытность великим князем, по службе в лейб-гвардии, ценил его и неизменно называл своим «другом». А надо сказать, что этот венценосец, в отличие от своего старшего брата, был постоянен и тверд в дружбе и благоволениях. Возможно, ему импонировали деловые качества Александра Сергеевича, его блестящие способности, феноменальная память, разностороннее образование. Не мог Николай не обратить внимания и на незаурядный и тонкий ум князя. И хотя этого царя трудно назвать интеллектуалом, а уж тем более почитателем интеллекта (ведь это ему принадлежит знаменитая фраза: «Мне нужны не умники, а верноподданные!»), он не мог не распознать, что ум Меншикова – государственный, что он полезен для империи, ибо как раз пригоден для исполнения государевой воли, причем на любом поприще. Эту мысль очень точно выразил поэт Денис Давыдов. Обращаясь к светлейшему, он сказал: «Ты, впрочем, так умно и так ловко умеешь приладить ум свой ко всему по части дипломатической, военной, морской, административной, за что ни возьмешься, что поступи ты завтра в монахи, в шесть месяцев будешь ты митрополитом». И хотя при Николае Меншиков нисколько не умерил свои «кусательные» остроты (кто-то сказал, что его фанфаронады и шутки могли бы составить «карманную скандальную историю нашего времени»), царь терпел их и иногда лишь по-отечески журил князя за злоязычие. Главным же для самодержца всегда было дело.
И Меншикову сразу же поручается дело деликатное и тонкое – его направляют с дипломатической миссией в Персию вести переговоры о мире с воинственным Фет-Али шахом. Усилия князя, однако, пропали втуне, и персы в июле 1826 года без объявления войны вторглись в пределы южных областей России; сам же посланник был взят в плен Эриванским ханом и оказался в Петербурге только в ноябре – уже после блистательных побед над неприятелем, одержанных русскими под водительством А.П. Ермолова и И.Ф. Паскевича. По возвращении Меншикова из неволи государь всемилостивейше вернул ему звание генерал-адъютанта.
Вскоре востребованными оказались и познания Александра Сергеевича в навигации. Николай привлек князя к деятельности комитета по образованию флота, поручив непосредственно ему разработать проект реорганизации морского министерства по примеру армейского. Выбор Меншикова в качестве реформатора ведомства обескуражил и раздражил видавших виды морских волков, почитавших его профаном и выскочкой. И первым начал ставить ему палки в колеса сам начальник Морского штаба, вице-адмирал А.В. Моллер: он даже предписал подчиненным никаких справок Меншикову не давать и всячески его запутывать! Но царь быстро пресек адмиральские козни. Совершая дежурные инспекционные поездки в Кронштадт, он неизменно берет Меншикова с собой, а затем дает проекту князя зеленую улицу. Первым шагом в его осуществлении стало образование в 1827 году Морского штаба (с 1831 года – Главный штаб), начальником которого и был назначен светлейший, переименованный из генерал-майоров в контр-адмиралы. Одновременно было создано Морское министерство (министр – А.В. Моллер). Не удалось, однако, избежать соперничества этих учреждений и их руководителей.
Летом 1828 года, в разгар очередной Русско-турецкой войны, Меншиков направляется на черноморский театр военных действий. Во главе десантных сил флота он отличился при взятии Анапы, затем командовал осадным корпусом под Варной, где был тяжело ранен ядром в обе ноги. Отвага князя была отмечена чином вице-адмирала, орденом Святого Георгия 3-й степени и дарением одной их трофейных пушек.
Вернувшись после лечения к исполнению должности начальника Морского штаба, князь продолжает реорганизацию ведомства. Его беспокоят вопросы административно-хозяйственного управления, которые, по мнению специалистов, хотя и важны, но уводят от главного – перевооружения флота, создания винтовых кораблей с паровым ходом и оснащения их новым, нарезным оружием, чем в это время начали энергично заниматься в Англии и Франции.
Между тем положение светлейшего в командовании морскими силами все упрочивается. В 1833 году он получает чин полного адмирала; летом 1836 года организует показательный смотр кораблей Балтийского моря на рейде Кронштадта с участием знаменитого ботика Петра I. Тогда же он становится единоличным управляющим всем Морским министерством. Но занимаясь столь серьезными делами, он нимало не изменяет своей склонности к острословию.