Когда началась Вторая мировая война и немцы оккупировали Францию, общежитие на улице Лурмель стало центром скрытой борьбы, а затем одним из штабов движения Сопротивления: там скрывались дезертиры и беженцы, коммунисты и евреи, с помощью работавших там и их друзей, разбросанных по всей стране, организовывались побеги и нелегальные посылки, доставка продовольствия и медикаментов партизанским отрядам. Чтобы спасти приговоренных немецкими властями евреев от отправки в лагеря, мать Мария выдавала фальшивые справки о работе, метрики и свидетельства о крещении – гражданские городские власти догадывались о подлогах, но из уважения к матери Марии и сочувствия к ее делам закрывали на все глаза. Когда парижских евреев зимой 1942 года согнали на закрытый велодром, она смогла пронести туда еду – и вынести обратно четверых детей, использовав для этого мусорные корзины. Говорят, мать Мария была в списке лиц, которых безоговорочно готовы были принять в США, но она предпочла остаться во Франции, там, где в ней нуждались. Хотя ее предупреждали, что она ведет себя слишком вызывающе – мать Мария не собиралась делать вид, что терпит нацистов и при случае не стеснялась сказать им о своей ненависти – она продолжала делать все, что считала нужным. По ее убеждению, если она, хотя бы внешне, склонится перед оккупантами – это убьет веру в победу у ее прихожан. Сама она была безоговорочно уверена в том, что Германия будет разгромлена, и сделает это Советский Союз: «Я не боюсь за Россию, – писала она. – Я знаю, что она победит. Наступит день, когда мы узнаем по радио, что советская авиация уничтожила Берлин. Потом будет «русский период» истории. Все возможности открыты. России предстоит великое будущее. Но какой океан крови!»
Елизавета Скобцова с детьми вскоре после прибытия во Францию.
В феврале 1943 года, когда мать Мария была в отъезде, в общежитие на улице Лурмель пришли гестаповцы: Юрий Скобцов и ближайшие соратники матери Марии были арестованы за укрывательство евреев – как говорили, их выдали провокаторы. Софья Борисовна вспоминала то утро: «Утром ко мне в комнату пришел мой внук Юра Скобцов, относившийся ко всем старикам с особенной внимательностью, а ко мне и с сильной любовью. Затопил мне печь, пошел вниз за углем – и пропал. Я пошла посмотреть, отчего он не идет, и первый встречный сказал мне, что приехали немцы, арестовали Юру и держат его в канцелярии. Я побежала туда. Юра сидел в двух шагах от меня, но раздался окрик: «Куда вы? Не смейте входить! Кто вы такая?» Я сказала, что я мать хозяйки столовой и хочу быть с моим внуком. Гестаповец Гофман (он хорошо говорил по-русски, потому что был выходцем из Прибалтики) закричал: «Вон! Где ваш поп? Давайте его сюда». Потом, когда пришел отец Димитрий Клепинин, Гофман объявил, что они сейчас увезут Юру заложником и выпустят его, когда явятся мать Мария и Ф.Т. Пьянов. Я сейчас же послала за матерью Марией. Она и Пьянов, узнав, что Юру отпустят, когда они явятся, сейчас же приехали. Когда Юру увозили, мне позволили подойти к нему. Обняла я его и благословила. Он был общий любимец, удивительной доброты, готовый всякому помочь, сдержанный и кроткий. Если бы Юра не задержался, а поехал бы с матерью в деревню, может быть, они избежали бы ареста. На другой день увезли отца Димитрия, замечательного священника и человека, допрашивали его без конца и посадили вместе с Юрой в лагерь».
Сначала арестованных поместили в лагерь Компьень под Парижем, а затем мать Марию перевезли в немецкий Равенсбрюк, а мужчин в Дору, где они должны были работать на строительстве подземных ракетных заводов: условия там были настолько тяжелые, что редко кто выживал больше месяца. И отец Димитрий, и Юрий Скобцов не протянули и двух недель…
С. Б. Пиленко, Юра Скобцов, А. Бабаджан, мать Мария, Г. П. Федотов, о. Дмитрий Клепинин, К. В. Мочульский. Париж, осень 1939 г.