Организационный период в секретариате оказался довольно напряжённым. Он совпал с выполнением срочного и ответственного задания. В это время в связи с учреждением генеральских и адмиральских званий указами Президиума Верховного Совета СССР от 7 мая 1940 года «Об установлении воинских званий высшего командного состава Красной армии» и «Об установлении воинских званий высшего командного состава Военно-Морского Флота» на Комитет, в частности на секретариат, была возложена большая подготовительная работа — в кратчайший срок оформить огромное количество документов. По этим документам 4 июня 1940 года Совет народных комиссаров СССР присвоил генеральские звания 556 высшим командирам Красной армии и 116 высшим командирам Военно-морского флота. Звание генерала армии получили Г. К. Жуков, К. А. Мерецков, И. В. Тюленин; генерал-полковника артиллерии Н. Н. Воронов, генерал-лейтенанта В. И. Чуйков, В. Д. Соколовский, А. И. Ерёменко, М. М. Попов; генерал-лейтенанта артиллерии Ф. Д. Дроздов, А. К. Сивков, Н. Д. Яковлев; генерал-лейтенанта танковых войск Я. Н. Федоренко; генерал-лейтенанта инженерных войск Д. М. Карбышев, генерал-майора А. М. Василевский, Ф. И. Толбухин, К. К. Рокоссовский, адмирала Л. М. Галлер, И. С. Исаков, Н. Г. Кузнецов и другие.
Хотя секретариат был невелик по численности, однако с непомерным объёмом работы всегда справлялся в установленный срок. Люди подобрались толковые, энергичные, из них сложился дружный и по-настоящему работоспособный коллектив.
Михаил сначала выполнял обязанность рядового секретаря, потом его повысили до должности старшего. Ему часто приходилось взаимодействовать с сотрудниками соседних секретариатов: наркоматов финансов, внешней торговли и других.
Работали помногу. Обычно на службу приходили к десяти часам утра, а уходили зачастую с зарей. Комитет обороны, и, естественно, его аппарат, решал исключительно ответственные задачи. Он держал постоянную связь с Наркоматом обороны, различными промышленными наркоматами и ведомствами.
Раньше (с 28 апреля 1937 года по 7 мая 1940-го), когда Комитет возглавлял согласно статусу председатель СНК В. М. Молотов, он обладал высокими функциями разрабатывать государственные директивы для всех органов власти, которые затем оформлялись в постановления ЦК партии и правительства СССР. Теперь, с приходом Ворошилова, он занимался мобилизационными планами для народного хозяйства, для чего специально был создан мобилизационно-плановый отдел, начальником которого стал недавний заведующий секретариатом Комитета обороны И. А. Сафонов.
В то время как созданный отдел работал с мобпланами, секретариат «переваривал» всякие текущие дела, разбирался с обильной почтой.
Ворошилов пользовался в стране, у советского народа широкой популярностью. Ему ежедневно приходила масса писем, телеграмм. Многократно увеличился их поток в начале февраля 1941 года, в канун его шестидесятилетия. Дорогого Климента Ефремовича, прославленного полководца (в сознании простых людей он оставался таковым, несмотря на отстранение его от руководства Наркоматом обороны за серьёзные провалы в работе) поздравляли не только его личные друзья, сослуживцы, знакомые, но и коллективы учреждений и организаций, заводов и фабрик, воинских частей, училищ и академий, комсомольцы, пионеры, спортсмены — «ворошиловские стрелки». Поздравления летели в почтовых конвертах, на телеграфных бланках со всех концов страны. Михаил Петров с Сергеем Соколовым едва успевали составлять их перечень для доклада маршалу; знакомиться с ними, сортировать их — об этом не могло быть и речи.
В конце мая 1941-го Петров заболел: нервное перенапряжение и простуда. Пролежал неделю в госпитале, а потом взял отпуск и отправился в Болшевское санаторное отделение, где обычно отдыхали, восстанавливались после болезни работники Комитета.
О начале войны Михаил узнал 22 июня из обращения по радио Молотова. Он тут же примчался из Болшева в Москву. Домой забежал буквально на несколько минут и — на службу. В Комитете все были в сборе. Царила тревожная атмосфера, суматоха. Утром следующего дня было объявлено: создана Ставка Главного командования, Ворошилов назначен её членом. С тех пор он редко появлялся в Комитете, находился на различных заседаниях и совещаниях, проводившихся на самом высоком уровне.
27 июня Ворошилов в срочном порядке отбыл в Могилёв по решению Ставки. Немецко-фашистские войска там совершили глубокий прорыв на флангах советской обороны и угрожали окружением нашим частям в районе Гродно — Белосток — Вельск. Требовалось создать новые оборонительные рубежи на Березине и Днепре и задержать на них гитлеровские полчища.
В тесной связке с Ворошиловым работал маршал Шапошников. Он принял участие в разработке плана обороны Могилёва, в подготовке мероприятий по развёртыванию партизанской борьбы в тылу немецко-фашистских войск на территории областей Белоруссии, захваченной оккупантами.