Удрученный смертью брата, Семен Романович послал в Петербург прошение об отставке. 15 мая 1806 года Александр 1 подписал указ Государственной коллегии иностранных дел об увольнении генерала от инфантерии графа Воронцова, находившегося в должности чрезвычайного и полномочного посла при Лондонском дворе, и о назначении ему «в воздаяние долговременной службы и отличных трудов, понесенных им на пользу Отечества» пенсиона в 6 тысяч рублей3. Прежде, при жизни брата, Семен Романович намеревался возвратиться после отставки в Россию. Теперь же он решил доживать свой век в Англии.
Мирная жизнь Михаила Семеновича продолжалась недолго. В сентябре 1806 года началась новая война с Наполеоном. Теперь в коалицию вошли Россия, Англия, Пруссия, Саксония и Швеция. С. Н. Марин отметил начало войны стихотворением «К русским», которое начинается так:
В конце стихотворения поэт вновь выражает надежду на сокрушение врага:
В ноябре 1806 года Марин пишет Михаилу Семеновичу: «Посылаю тебе стихи, поднесенные мною Государю. Они ему очень понравились, и он приказал их напечатать. Дай Бог, голубчик мой сизой, чтоб мои предсказания исполнились»5.
Граф П. А. Толстой, в то время командир Преображенского полка, был назначен командующим главной армии союзников. Предстояло наладить взаимодействие между прусскими и русскими войсками. П. А. Толстой поручил эту миссию М. С. Воронцову. После переговоров с прусским королем Михаил Семенович был прикомандирован к корпусу А. А. Беннигсена, который двигался к Варшаве. А навстречу этому корпусу шел Наполеон. Наполеон оказался проворнее, и 28 ноября 1806 года передовые части французской армии заняли столицу Польши.
После нескольких мелких стычек первое крупное сражение между русскими и французскими войсками произошло 14 декабря при Пултуске у реки Наревы. Русскими войсками командовал Беннигсен, французскими маршал Ланн. Битва продолжалась с утра до вечера под непрерывным дождем со снегом. И хотя французы имели численное превосходство, победитель так и не определился.
Во время этого сражения лошадь под Михаилом Семеновичем упала и придавила ему ногу. Он попал в госпиталь и пролежал там шесть недель. За храбрость, проявленную в этом бою, М. С. Воронцов 12 января 1807 года был произведен в полковники. Вскоре в армию Беннигсена прибыли гвардейские полки. Воронцову было поручено командовать 1-м батальоном Преображенского полка. С этим батальоном он участвовал в сражениях при Гутштате 24 и 25 мая 1807 года.
В том, что эти сражения не завершились разгромом противника, Беннигсен обвинил генерала Ф. В. Сакена, и тот был предан суду. М. С. Воронцов, будучи членом этого суда, выступил в защиту Сакена, а на принятом судебном решении оставил свое особое мнение: «Полагаем, что генерал Сакен ни в чем по сему делу виновным не нашелся, и во всем, что доносит на него генерал Беннигсен, совершенно оправдался»6.
Ввиду разногласия между судьями был образован совет из наиболее опытных генералов. Они признали Сакена виновным. Сакен был отправлен в отставку и 5 лет жил в Петербурге в крайней нужде. В 1812 году по высочайшему повелению следствие по его делу было прекращено, и он возвратился в армию. Александр I, узнав, как храбро воюет Сакен против французов, заявил, что чувствует себя виновным в том, что Сакен был оклеветан Беннигсеном. И повелел поздравить генерала с Андреевской лентой, то есть с орденом Св. Андрея Первозванного. Таким образом, двадцатипятилетний полковник М. С. Воронцов показал себя во время суда более прозорливым и независимым, чем заслуженные генералы.
29 мая 1807 года М. С. Воронцов участвовал в ожесточенном рукопашном бою под Гейльсбергом, а 2 июля — в Фридландском сражении. Из-за численного превосходства противника, а также из-за медлительности и грубых ошибок Беннигсена русские дивизии потерпели при Фридланде поражение. Французы заняли Кенигсберг, а в дальнейшем полностью вытеснили русских из Пруссии. Александр I вынужден был согласиться на мирные переговоры с Наполеоном.