В 1826 г. Беллинсгаузен получил назначение на должность командующего отрядом кораблей гвардейского экипажа. Отряд в составе кораблей «Царь Константин» и «Елена» был направлен в Средиземное море с официальной целью: обучение молодых матросов. Ну а фактически отряд крейсировал вблизи побережья Турции, с которой назревала война. За это успешное плавание, которое длилось 9 месяцев, Беллинсгаузен был произведен в контр-адмиралы, а по возвращении в Кронштадт назначен командиром гвардейского экипажа.
Весной 1828 г. началась очередная война с Османской империей, которая не хотела сдавать свои позиции на Черном море. Из Кронштадта к западным берегам Черного моря, находившимся под властью Турции, на усиление Черноморского флота был направлен в пешем походном порядке гвардейский экипаж в составе восьми рот. 18 августа 1828 г. Беллинсгаузен с гвардейцами прибыл к Варне. Подняв свой флаг на линейном корабле «Пармен», он принял активное участие в осаде и штурме этой крепости. 29 сентября после ожесточенного штурма крепость Варна капитулировала.
По возвращении с Черного моря Беллинсгаузен уже в чине вице-адмирала был назначен командиром 2‑й флотской дивизии, которой командовал до 1839 г., т. е. до момента назначения на пост главного командира Кронштадтского порта и Кронштадтского военного губернатора.
За время пребывания в этой должности Беллинсгаузен много сделал для укрепления Кронштадта и для поднятия боеготовности Балтийского флота. Под его личным наблюдением были выстроены новые и перестроены многие портовые сооружения и здания – гранитные форты, доки, судостроительный завод.
Он постоянно заботился о подчиненных, добился резкого улучшения питания матросов, увеличения матросского мясного пайка, завел огороды, продукция которых шла для снабжения экипажей кораблей свежими овощами. Он заботился о благоустройстве крепости и города Кронштадт. При нем островной город украсился скверами, новыми насаждениями и фонтанами. Он был основателем Кронштадтской морской библиотеки, одной из крупнейших в то время в России. Скончался он в чине адмирала 13января 1852 г.
Имя Ф.Ф. Беллинсгаузена 13 раз запечателено на географических картах: 1) научная станция, Антарктида, о. Кинг-Джордж (Ватерлоо). 62°12′ ю. ш., 58°58′ з. д., основана в 1968 г.; 2) банка, Аральское море, образовалась на месте размытого острова, который был открыт в 1849 г. А.И. Бутаковым и назван в честь Ф.Ф. Беллинсгаузена, после размытия острова название осталось за банкой; 3) берег, Антарктида, о. Петра I, 68°47′ ю. ш., 90°30′ з. д., открыт в 1821 г. русской антарктической экспедицией, назван так в 1929 г. норвежской экспедицией на судне «Норвегия»; 4) гора, Антарктида, Земля Виктории, 75°12′ ю. ш., 162°25′ в. д., обнаружена в 1901–1904 гг. английской экспедицией Р. Скотта и названа так; 5) гора, Охотское море, о. Сахалин, названа так по заливу Беллинсгаузена, на побережье которого она находится; 6) залив, Охотское море, о. Сахалин, открыт участниками Амурской экспедиции 1851–1955 гг. и назван так; 7) котловина, Тихий океан, субантарктическая часть, 60° ю. ш., 100° з. д., названа так в 1935 г. немецким океанографом Г. Шоттом; 8) море, Тихий океан, Антарктида,70° ю. ш., 85° з. д., открыто в 1821 г. русской антарктической экспедицией, названо так французским исследователем Антарктиды Ж.Шарко; 9) мыс, Антарктика, о. Южного Георгия, 54°03′ ю. ш., 37°13′ з. д., назван так в 1912–1913 гг. американским натуралистом Р.К. Мерфи; 10) мыс, Охотское море, о. Сахалин, открыт в 1805 г. шлюпом «Надежда» и назван так по фамилии члена экипажа шлюпа мичмана Ф.Ф. Беллинсгаузена; 11) [Моту-Оне], остров, Тихий океан, острова Общества, 15°30′ ю. ш., 155° з. д., открыт в 1824 г. Коцебу на шлюпе «Предприятие» и назван так; 12) остров, Антарктика, Южные Сандвичевы острова, 59°25′ю. ш., 27°03′ з. д., открыт в 1820 г. русской антарктической экспедицией, назван так в 1930 г. английским комитетом «Дисковери 11»; 13) шельфовый ледник, Антарктида, Земля Королевы Мод, 69°30′ ю. ш., 00°30′ з. д., нанесен на карту Советской антарктической экспедицией в 1961 г., назван так не позже 1965 г.
Замечательна и дальнейшая судьба лейтенанта Михаила Петровича Лазарева. Беллинсгаузен в своем ходатайстве о награждении Лазарева отметил: «Во все время плавания шлюп “Мирный” всегда находился в соединении, невзирая на туманы, мрачность, снега и льды, чему в истории флота еще примера не было: все сие приписываю бдению и искусству лейтенанта Лазарева». [25, с. 206]
Ходатайство было удовлетворено. Лазарев получил ряд наград и чин капитана 2‑го ранга, минуя чин капитан-лейтенанта.
В 1822–1825 гг. он совершил свое третье кругосветное плавание в качестве начальника экспедиции и командира фрегата «Крейсер».
36-пушечный фрегат «Крейсер» под командой капитана 2‑го ранга М.П. Лазарева и 20‑пушечный шлюп «Ладога», которым командовал капитан-лейтенант Андрей Петрович Лазарев, посылались для доставки грузов в Петропавловск-Камчатский и Ново-Архангельск. «Крейсер», кроме того, должен был охранять поселения и промыслы РАК.