При обследовании Коцебу залива и его окрестностей на корабельных шлюпках и байдарах путешественники не раз попадали в сложное положение из-за жестоких ветров и бурь. И О.Е. Коцебу в своем описании путешествия отмечает мужество моряков «Рюрика»: «Нашим спасением мы обязаны только мужеству матросов, и я с большим удовольствием торжественно свидетельствую здесь, что в продолжение всего путешествия я был совершенно доволен поведением всего экипажа. Неустрашимое мужество и твердость духа матросов всегда меня радовали. Поведение их везде было примерным; как в местах известных, так и в новых странах видно было их тщательное старание предотвратить всякое дурное о себе мнение. Таким образом, и самое затруднительное предприятие, совершаемое с русскими матросами, обращается в удовольствие» [16, с. 93].
Понимая, что попытка обогнуть Североамериканский континент с севера от залива Коцебу неизбежно приведет к встрече со льдами, начальник экспедиции решил попытаться это сделать в следующем году, используя байдары для плавания у самого берега и в разводьях между ледовыми полями. А пока, выйдя из залива, бриг направился на запад к мысу Дежнева и затем пришел в залив Св. Лаврентия, где было определено несколько астрономических пунктов, описаны берег и набольшие острова, названные в честь штурманов брига В. Хромченко и В. Петрова.
17(29) августа «Рюрик» проследовал к югу и через 9 суток стал на якорь в бухте Иллюлюк о. Уналашка Алеутской гряды.
Исходя из результатов исследований в Беринговом проливе, О.Е. Коцебу высказал предположение о том, «что Азия некогда была соединена с Америкой: острова Гвоздева суть остатки бывшего прежде соединения мыса Восточного [Дежнева
Находясь на Уналашке, О.Е. Коцебу подготовил и передал представителям РАК указания о приготовлении к проведению второго похода «Рюрика» на север, который планировал совершить летом следующего года. Необходимо было заготовить продовольствие, построить и снарядить большую двадцативесельную байдару, найти и снарядить для участия в экспедиции 15 сведущих алеутов, заготовить теплую одежду для всего эипажа «Рюрика», найти переводчика-«толмача» для переговоров с американскими эскимосами и индейцами.
3 (15) сентября «Рюрик» направился в Сан-Франциско, где члены экспедиции в течение месяца тщательно подготовились к проведению новых исследований в тропической части Тихого океана.
Натуралистами экспедиции А. Шамиссо и И. Эшшольцем были собраны материалы по флоре и фауне Калифорнии, был впервые описан калифорнийский мак, получивший латинское название «эшшольция» и ставший впоследствии одним из символов штата Калифорния, как и медведь гризли, по рисунку которого, выполненного художником экспедиции Л. Хорисом, великий французский зоолог Кювье сделал вывод о сходстве гризли с бурым медведем Евразии. Большую этнографическую ценность имели сделанные Хорисом рисунки калифорнийских индейцев.
Любопытно, что испанский губернатор Верхней Калифорнии решил использовать визит «Рюрика» в Калифорнию, чтобы оказать давление на начальника крепости Росс с целью добиться удаления русских поселенцев (к ним причисляли и кадьякцев, и алеутов, участвовавших в промыслах у побережья в интересах РАК) из Калифорнии в Русскую Америку. Губернатор жаловался Коцебу на поведение русских поселенцев в ходе конфликтов, возникавших между испанскими солдатами и поселенцами. В конце пребывания «Рюрика» в Калифорнии в Сан-Франциско состоялись переговоры испанского губернатора, Коцебу и приглашенного из Росса Кускова. Результатом переговоров стал протокол, в котором сообщалось о требовании за три года до этого, предъявленного Кускову об эвакуации поселения крепость Росс за пролив Хуан-де-Фука на севере, о ссылках Кускова на необходимость соответствующего приказа главного правителя РАК А.Баранова, о просьбе губернатора к Коцебу приказать Кускову покинуть Калифорнию и отказе Коцебу, ввиду отсутствия полномочий, но с обещанием донести об этих претензиях императору Александру I.
Покинув Калифорнию, бриг в начале декабря 1816 г. посетил Гавайи, где стал на якорь в Гонолулу, в то время малоизвестной гавани на о. Оаху. О.Е. Коцебу определил географические координаты гавани, произвел магнитные наблюдения и наблюдения над приливами.