С 540-х годов религиозные разделения стали более жесткими и формализованными, что отчасти объясняется бедствиями, обрушившимися на цивилизованный мир. 541 год ознаменовался началом масштабной эпидемии чумы, сравнимой со знаменитой «черной смертью» XIV века. По отчетам современников, в одном только Константинополе погибло триста тысяч человек. На протяжении нескольких последующих десятилетий поветрие убило миллионы людей в Европе, Азии и Африке, что ослабило империю, которая и без того была обессилена десятилетиями войн. Это был катастрофический период в истории античного мира, один из критических моментов перехода к менее богатому и более локализованному миру Средневековья[414]. Поскольку общество привыкло видеть в таких событиях знамения, эти бедствия наложили отпечаток и на религиозную жизнь. И халкидонцы, и монофизиты видели здесь проявление Божьего гнева из-за уступок неправой вере. Поляризацию двух сторон усилила смерть Феодоры, с которой умерли и последние надежды монофизитов. Здесь даже самые оптимистичные из них ясно поняли, что империя отвергла то, что они считали истинным христианством.
Главным монофизитским деятелем той эпохи стал сириец Иаков Барадей, «Бродяга», который продолжил дело Севира по созданию альтернативной церкви в Сирии и на Востоке. В начале царствования Юстиниана Иаков вместе с соратниками приходил к Феодоре просить ее за монофизитских епископов и священников Востока, отправленных в ссылку или заключенных в темницу. С начала 540-х годов он действовал как епископ, а его миссионерским центром была Эдесса. Он без конца проповедовал, где только мог, и так появилась новая или возрожденная к жизни церковь, которую называют Яковитской. Как отмечают некоторые источники, он рукоположил буквально тысячи священнослужителей и создал новую церковную иерархию. В 544 году он поставил нового патриарха Антиохии и принял все меры, чтобы в этом городе всегда существовала параллельная независимая иерархия, отделенная от сторонников Халкидона, как это уже было в Александрии. В 558 году он назначил альтернативным епископом Эфеса некоего Иоанна, чьи исполненные ярости и фанатизма тексты остаются важным источником исторических сведений о той эпохе. После смерти Феодосия Александрийского в 566 году деятельный Иоанн возглавил местную партию монофизитов[415].
К концу VI века Яковитская церковь широко распространилась на территориях Сирии и Востока, подобно великой церкви Египта. Не только епископы и патриархи, но и простые монахи и священнослужители начали создавать то, что потом стало богатой монофизитской культурой с ее особой литературой и особым менталитетом. Здесь создавались жития святых и мучеников, отражавшие благочестие верных, и появились альтернативные труды по истории христианства. Здесь героями веры считали таких людей, как Севир и Петр Ивер. Как основоположники христианской историографии сохраняли для следующих поколений воспоминания о страданиях мучеников от рук языческой власти, так и их монофизитские преемники рассказывали о гонениях святых со стороны империи, исповедующей ложную версию христианства. В новых церквах изменился также и язык. Хотя греческий оставался главным языком христианства, монофизиты Сирии все больше пользовались сирийским, а египетские – коптским[416].
Эти церкви распространяли свое влияние за пределы воображаемых границ римского мира. Как Египет был духовным центром для христиан соседних африканских царств, так и Сирия обрела свои сферы влияния на Востоке. В Армении два собора в Довине (506 и 554) официально отвергли Халкидон, так что местная церковь влилась в широкую сеть монофизитов[417]. Богословские представления той эпохи не позволяли христианской Римской империи мириться с существованием независимых деноминаций, однако не все императоры прилагали жестокие меры для введения ортодоксии Халкидона. Положение монофизитов ухудшилось во время правления Юстина II, преемника Юстиниана. Это был глубоко тревожный человек, который все больше погружался в безумие: рассказывают, что он для облегчения своей тоски требовал, чтобы в его дворце непрерывно ревел во всю мощь орган. Но в ту пору, когда он еще не страдал так сильно, Юстин пытался найти окончательное решение проблемы монофизитов, используя для этого как ключевую фигуру константинопольского патриарха Иоанна Схоластика. Этот ученый муж мучительно искал такую формулировку, которая бы удовлетворила обе стороны, и довольно быстро, казалось бы, нашел гениальное решение, так что в 571 году ему в какой-то степени удалось добиться их примирения и восстановления отношений. Но мирный период длился ровно один год, после чего монофизиты в очередной раз предали Халкидон проклятию[418].
По версии монофизитских источников Иоанн после этого сделался ужасным гонителем веры, так что его образ приобрел демонические черты.