Основными оперативно-тыловыми документами органов стратегического тыла стали директивы по тылу, которые отдавались фронтам, как правило, за подписью начальника Генерального штаба и начальника Тыла Красной Армии. Во фронтах, армиях, дивизиях и полках — директивы (во фронте), приказы и распоряжения по тылу. Они как оперативно-тыловые документы себя полностью оправдали.
Руководствуясь общими положениями постановления ГКО о реорганизации тыла, в августе 1941 г. удалось преобразовать органы тыла ВВС, в ноябре 1941 г. создать стройную структуру тылового обеспечения войск противовоздушной обороны, а в мае 1942 г. — Военно-морского флота. Начальнику тыла ВМФ были подчинены управления — продовольственного, вещевого и шкиперско-хозяйственного, топливного снабжения, квартирно-эксплуатационное управление, отделы плавсредств гаваней, автотранспортный, труда и зарплаты, инспекция противопожарной службы и ветеринарный отдел.
В зимней кампании 1941–1942 гг. служба продовольственного снабжения работала в особенно тяжелых условиях. Запасы продовольствия в стране уменьшились, а пищевые предприятия, эвакуированные на восток, еще не начали поставлять продукты для действующей армии. Наряду с трудностями экономического характера выявилось несоответствие организационной структуры службы применительно к сложившимся условиям ее деятельности: малочисленность аппарата и особенно слабость заготовительных органов, а также многоступенчатость в управлении службой. Требовалась более высокая централизация в управлении продовольственным обеспечением Красной Армии. Поэтому 24 января 1942 г. ГКО своим постановлением усилил органы продовольственного снабжения во всех звеньях Красной Армии. В центре было создано Главное управление продовольственного снабжения (ГУПС), непосредственно подчиненное наркому обороны СССР121.
История умалчивает о том, знал ли Сталин, подписывая приказ о передаче в собственное подчинение продовольственного дела армии, что все великие полководцы древнего и нового мира ставили себе и высокую обязанность «пещись» о благосостоянии войск им вверенных, потому что с войсками, изнуренными от недостатков, трудно рассчитывать на победу. Меттель, Марий, Юлий Кесарь, Густав Адольф, Петр Великий, Суворов, Кутузов и другие великие полководцы сами распоряжались продовольствием своих армий. Однако известно, что он непосредственно руководил Главным продовольственным управлением Красной Армии около трех месяцев. 19 апреля того же года это весьма хлопотное дело И. Сталин передал своему заместителю по Тылу генералу А. Хрулеву122. Возглавлял это управление до конца войны генерал-лейтенант Д. Павлов.
Во фронтах продовольственные органы были реорганизованы в управления продовольственного снабжения, в армиях — в продовольственные отделы с непосредственным подчинением начальникам тыла фронтов и армий, а по специальным вопросам — соответствующим вышестоящим органам продовольственного снабжения.
Этим же постановлением ГКО были персонально утверждены начальники управлений продовольственного снабжения всех десяти в то время существовавших фронтов.
В последующем организационно-штатная структура продовольственной службы во всех ее звеньях претерпевала существенные изменения в зависимости от конкретно складывающейся обстановки на фронтах и изменений в народном хозяйстве страны.
Санитарное управление Красной Армии преобразовали в Главное военно-санитарное управление (ГВСУ) и передали в подчинение начальнику Тыла. Начальникам тыла объединений и соединений были подчинены соответствующие органы медицинской службы. В полках сохранилось прямое подчинение старшего врача командиру. Ввиду особой важности противоэпидемической работы и передачи банно-прачечного обслуживания медицинской службе санитарно-эпидемический отдел ГВСУ был реорганизован в противоэпидемическое и банно-прачечное управление. В его составе вскоре сформировали отдел гигиены питания и водоснабжения.
Существенно изменился также состав армейских сил и средств медицинской службы. Было упразднено управление госпитальной базы. Вместо двух типов армейских госпиталей создается единый тип ППГ на 200 коек с гораздо меньшей численностью личного состава.
Медико-санитарный батальон дивизии сократился до 12 врачей, в том числе хирургов — с 15 до 8 человек.