Благодаря усилиям С. Зайцева (главным образом) вместо «Ваганта» под крылом книжного центра «Москва» был организован журнал «Вагант-Москва». Любая литература этого издательства была запрещена к распространению в киоске ГКЦМ его дирекцией. Вот как об этом рассказывает редактор бюллетеня Сергей Зайцев: «В мае 1996 года история наша могла закончиться печально. В центр-музей директором пришел младший сын Владимира Семеновича Никита. Уж не знаю, чем руководствуясь, только не здравым смыслом, он тут же уволил подавляющее большинство сотрудников. Без объявления причин, походя. Ну что ж,
…А ушли мы, надо сказать, с пользой для дела и для себя: выпуск печатной продукции увеличился более чем в четыре раза. Однако пришлось отказаться от одного из трех наших изданий – Приложений к «Ваганту», поскольку в этих выпусках публиковались материалы чисто музейного характера».
25 января 1997 года в Доме любителей книги на Старой Басманной состоялся вечер презентации нового независимого журнала «Вагант-Москва», который был заявлен издателями как преемник прекратившего свое существование журнала «Вагант», издававшегося до середины 1996 года в ГКЦМ Высоцкого. Издательство «Вагант-Москва» переместило свою работу в столичный книжный магазин «Москва», что на Тверской, 8.
В 1998 году в Доме-музее была создана тон-студия, где производится перевод в цифровую форму записей со старых бобин-кассет. Приступили в музее и к систематизации архива, который насчитывал около 10 тысяч единиц хранения. К концу 1998 года общие фонды Музея составляли свыше 23 500 единиц хранения.
Н. Высоцкий приглашал к участию в работе музея М. Влади, но она, по словам Л. Абрамовой, «не желает говорить о жизни и творчестве Владимира Семеновича, она хочет жить только той частью своей жизни, которая принадлежит только ей».
8—12 апреля 1998 года в Государственном культурном центре-музее В. С. Высоцкого прошла Международная конференция «Владимир Высоцкий и русская культура 1960—1970-х годов». Она была посвящена 60-летию со дня рождения поэта и проведена при участии кафедры истории русской литературы ХХ века филологического факультета МГУ, кафедры литературно-художественной критики факультета журналистики МГУ при поддержке «Института Открытое общество» (Фонд Сороса) и Благотворительного фонда Владимира Высоцкого. Впервые так широко была представлена география участников: 27 городов России – от Калининграда до Уссурийска, от Якутска до Краснодара; Узбекистан и Литва, Украина и Казахстан, а также Австрия, Германия, Израиль, Польша, Болгария, Италия, Румыния, Швеция, США, Великобритания. Недавно сформировавшаяся, но уже вполне серьезно заявившая о себе новая ветвь литературоведения – высоцковедение – собрала для общей работы специалистов разных профилей: филологов, лингвистов, музыковедов, социологов, философов, педагогов – всех тех, кто в различных аспектах исследует творчество Владимира Высоцкого в контексте русской культуры. К началу конференции в ГКЦМ был открыт новый актовый зал. В этом небольшом, но хорошо спланированном и оснащенном современным оборудованием помещении, а также в удобном фойе при нем и в расположенной рядом галерее «Сэм Брук» и проходила работа секций.
На этой конференции Музею был вручен разработанный учеными МГУ том учебника «История литературы ХХ века», где в число десятка основных имен поэтов столетия вошло и имя Высоцкого.
25 июля 2000 года, двадцать лет спустя после смерти Высоцкого, в музее открылась постоянная экспозиция.
Высветился ГКЦМ Высоцкого на официальном и красиво оформленном сайте в Интернете , на котором основной интерес у посетителей может вызывать альманах «Мир Высоцкого». Обидно, однако, что к подавляющему большинству статей альманаха нет доступа.
В первомайские праздники 2002 года ночью музей Высоцкого был ограблен. Грабители забрались по стене на площадку второго этажа, выломали крепления решетки и попали внутрь. Сигнализация почему-то не сработала… Список похищенного был странным – не тронув ничего ценного, грабители вскрыли компьютер, вырвали электронную начинку и прихватили дешевый диктофон. Вместе с жестким диском пропала база данных и верстка альманаха «Мир Высоцкого»… «Все будет восстановлено!» – обещал директор музея и обратился с просьбой к фирмам – продавцам компьютерного оборудования: «Помогите нам! Нас устроит любой компьютер». Наверно, помогли… В том же году ГКЦМ издал шестой выпуск ежегодного альманаха «Мир Высоцкого. Исследования и материалы».
В марте 2003 года в ГКЦМ Высоцкого прошла Третья международная научная конференция «Владимир Высоцкий: взгляд из XXI века». Главными вопросами программы конференции были: В. Высоцкий и русская литература XIX–XX веков и проблемы изучения биографии поэта.