Русские быстро распознали Башкирию, страну щедрую, красивую и ласковую. Ползучая крестьянская колонизация показалась башкирам нарушением их уговора с Русью, и начались бунты. Поначалу башкиры присоединялись к мятежам татар в Поволжье. Так было в 1616 году. Но в 1645 году башкиры восстали уже сами.
А русская власть решила, что ей проще усмирить башкир, чем прекратить самовольные переселения русских. В 1652 году с татарской стороны Башкирию огородили Закамской линией крепостей – от Самары на Волге до Мензелинска на Каме. Чтобы держать башкир под контролем, у них забирали аманатов – знатных заложников. Аманатов держали в крепостях и могли казнить, если их родичи затеют бунт. С опасными инородцами русские так поступали везде: от Кавказа до Камчатки.
Предосторожности были не напрасны. В 1661 году всю Башкирию поднял на мятеж батыр по прозвищу Сары Мерген – Жёлтый Мертвец. Почему Мертвец? Потому что поводом для бунта стал грабёж древних курганов бугровщиками – профессиональными копателями гробниц. Они так оборзели, что отбивались даже от воеводских команд: «стреляли и саблями метались». И верхотурский воевода Колтовский печально сообщил о гневе башкир на бугровщиков: «ездили в степь, раскапывали кладбища и имали серебро, и от таких воров преж сего учинилась ссора».
Сары Мергеном прикрылись потомки хана Кучума, чингизиды. Они жаждали реванша. Хан Девлет-Гирей, внук Кучума, задумал возродить Сибирское ханство. С Девлет-Гиреем бился тобольский воевода. Но хан имел немало союзников. Вогулы-манси Ермака Мамрукова и остяки-ханты Ивана Лечманова напали на северный город Берёзов. Самоеды-ненцы вытоптали заполярный город Пустозёрск в дельте Печоры. А в Башкирии отряды царевичей Кучука и Абугая, правнуков Кучума, сожгли Ирбитскую слободу, Катайский острог и Далматовский монастырь.
Сибирский царевич Девлет-Гирей – забытый злой гений России. в XVII веке он устроил грандиозную «сетевую войну», координируя десятки восстаний инородцев от Тобола до Терека. Девлет-Гирей – фигура, исторически наиболее близкая Пугачёву, хотя Пугачёв не знал о существовании Девлет-Гирея
Раскидав татар под Тобольском, сибирские драгуны поскакали в Башкирию и в камышах озера Иртяш порубили войско Сары Мергена. С запада в Башкирию вторглись полки казанского воеводы князя Волконского. Сабли звенели три года, пока в Москве башкирские тарханы наконец-то не замирились с царём Алексеем Михайловичем. Царь обещал блюсти условия грамоты Ивана Грозного.
В 1663 году, после войны Сары Мергена, русские выстроили в Башкирии ещё две крепости: на Сибирской даруге – Шадринск, на Осинской даруге – Кунгур. Городок Кунгур начался с деревни на реке Ирень. Деревня притулилась под боком Ленского острожка. Но Сары Мерген уничтожил на Ирени всё, что там было. Утёкшие от погрома «души», обливаясь слезами, написали государю челобитную и упросили дать им «место, где крепь». Царь даровал холмистый мыс на впадении Ирени в реку Сылву. Здесь поселенцы возвели восьмибашенный бревенчатый кремль, а вокруг – четыре малых острожка. Получился мощный узел обороны. Через 111 лет башкирские мятежники Салавата Юлаева займут все острожки и будут штурмовать обветшалый Кунгурский кремль. А в XXI веке от сооружений кремля сохранится только одна деревянная башенка. Её будут называть Пугачёвской. Но первый свой бой она приняла за 90 лет до пугачёвщины.
В 1681 году Москва задумала учредить в Уфе епархию и окрестить башкир. Зелёное знамя борьбы за веру поднял Сеит Садиир. Сеитами называют потомков Мухаммеда от его дочери Фатимы. За поддержкой Садиир обратился не к татарам Сибири, как Сары Мерген, а к тайшам Аюке и Замсе, вождям волжских калмыков.
Калмыки пришли из Великой Степи, из Монголии, в начале XVII века. Сперва они обосновались в южной Сибири, на Верхнем Иртыше, потом великий тайша Хо-Урлюк перевёл тысячи кибиток через Уральский хребет, прошёл Общим Сыртом и достиг Волги в районе Царицына и Саратова. А российские власти не возражали, если кочевое Торгоутское ханство калмыков примет русское подданство. Калмыки приняли подданство, но не обращали внимания на это пустое обещание верности: они всегда были только за себя. Калмыки поддержали бунт Сеита Садиира.
«Пугачёвская башня» в музее «Хохловка»
Война Садиира вздыбила русскую Азию. Повстанцы напали на Кунгур, Уфу, Мензелинск и Самару. Битвы гремели на Волге, Каме, Яике, Исети, Агидели и Тоболе. Русские войска, снаряжённые против мятежников, возглавляли казанские воеводы, уфимские дворяне и тобольские полковники. Правительница Софья отправила в Казань икону Богородицы и от лица малолетних царевичей Петра и Ивана заверила, что у России и в мыслях не было покушаться на веру башкир.