Он начал опыты по добыванию калийных солей из морской воды, что было важно в то время, когда наши богатейшие отечественные месторождения калия на Северном Урале еще не были открыты. Каблуков также возглавил созданную при сельскохозяйственном институте специальную комиссию по добыванию азотистых соединений из воздуха.
В 1894 году во вновь открытый институт был приглашен для заведования кафедрой ботаники Семен Иванович Ростовцев (1862–1916), большой знаток русской флоры, специалист одновременно и по высшим и по низшим растениям, что свойственно лишь «немногим ботаникам. Ростовцев хорошо вел свой курс, организовывал для студентов многочисленные ботанические экскурсии по Подмосковью; на первых порах ему в этом много помогал Вильямс — знаток растительных богатств окрестностей Москвы. Вильямс оказал большое влияние на направление работ Ростовцева: многие научные интересы обоих ученых совпадали. Ростовцев создал при своей кафедре обширный гербарий и организовал небольшой ботанический сад. Много занимаясь исследовательской работой, Ростовцев постепенно все больше сближался с интересами сельскохозяйственной науки; особенно успешно потрудился он в области фитопатологии — науки о болезнях растений.
В институте на должностях ассистентов и лаборантов работало немало, начинающих ученых, и они-то особенно охотно посещали сад и дом гостеприимного профессора Вильямса. Желанным гостем всегда был Д. Л. Рудзинский [14]— ассистент самого Вильямса; ему была на кафедре поручена селекция, то-есть работа по выведению новых сортов культурных растений.
Совет института собирался в те времена не часто. Других мест, где профессора и преподаватели могли запросто встречаться и обсуждать вопросы — научной и педагогической работы, не было. И вот гостеприимный дом Вильямса зимой и его сад летом становятся своеобразным научным клубом профессоров Петровки. На «заседаниях» этого «клуба» для института только и признавалось название «Петровка». Здесь не умирали ее передовые демократические традиции. Собираясь у Вильямсов, ученые Петровки обсуждали планы научной работы, рассказывали друг другу об успехах, достигнутых в тех или иных научных исследованиях. Хозяин дома, неизменно доброжелательный и веселый, большой любитель музыки, смешных историй и всяких развлечений, как-то незаметно направлял интересы всего этого большого научного коллектива к одной цели — к общей работе на пользу земледельческой науке. И вот не только агрономы, но и химики, и биологи, и зоологи, и представители других наук сосредоточивали свои усилия все больше и больше на обслуживании интересов агрономии, так как все они понимали, что эта важнейшая для человечества наука может благотворно развиваться и расти, только оплодотворяемая достижениями всех отраслей современного естествознания.
Реакционный, полуполицейский устав Московского сельскохозяйственного института постепенно расшатывался передовой профессурой и студенчеством. Привилегированного дворянского института из бывшей Петровки не получилось: сынки богатых помещиков не так уж охотно шли в высшую агрономическую школу, и их число в составе студенчества постепенно падало.
Говоря об этом периоде в жизни Петровки после официального закрытия Академии, ее питомец академик И. В. Якушкин отмечает:
«…школа оправилась от перенесенного удара, великие традиции Петровской Академии не умирали в старых стенах, и новые петровцы, иронически называемые иногда «институтками», выносили из этих стен те же демократические идеалы — идеалы народного благоденствия».
По общему признанию главную роль в поддержании демократических и научных традиций старой Петровки играли профессора-петровцы, бывшие питомцы Академии и ее сотрудники — Вильямс, Демьянов, Прянишников, Фортунатов.
Немалое значение в демократизации настроений студенчества и профессуры, а также и в поднятии уровня научной работы имели профессора, появившиеся в институте в середине девяностых годов, — Евграф Степанович Федоров (1853–1919) и Константин Антонович Вернер (1850–1902); оба они в самом скором времени стали близкими друзьями Вильямса.
Е. С. Федоров, гениальный ученый, крупнейший русский кристаллограф, минералог и геолог, известный также своей революционной деятельностью, был в 1896 году назначен профессором по кафедре минералогии и геологии института. Первоначально Федоров и Вильямс сходятся на почве научных интересов. Беседы с Вильямсом были чрезвычайно полезны Федорову, ибо он, придя в институт, мало был знаком с сельским хозяйством. Большая геологическая эрудиция Вильямса, естественно, сближала обоих ученых. Впоследствии их дружба стала крепнуть и ввиду сходства политических взглядов, отрицательного отношения к порядкам, существовавшим в царской России.