Клейсту и Шернеру было предъявлено обвинение в активном участии в подготовке и ведении агрессивной войны против СССР, т. е. в преступлении против мира, а также в том, что с их ведома и по их приказу подчиненные им войска чинили на временно оккупированной территории Советского Союза зверства и насилия над мирным гражданским населением и производили массовые разрушения, т. е. в преступлениях против законов и обычаев войны и против человечности. Юридическим выражением этого обвинения являлись пп. «а», «Ь», и «с» § 1 ст. 2 Закона №10 Контрольного Совета в Германии и ст. 1 Указа Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1943 г. «О мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, виновных в убийствах и истязаниях советского гражданского населения и пленных красноармейцев, для шпионов, изменников Родине из числа советских граждан и для их пособников».
Уместно заметить, что перед советским судом Клейст предстал, имея судимость за злодеяния, чинившиеся его войсками на территории Югославии (в августе 1948 года югославский суд приговорил его к 15 годам лишения свободы).
И Шернер, и Клейст перед советским судом защищались фактически одинаково, хотя Шернер в отличие от Клейста после оглашения обвинительного заключения признал себя виновным. Оба утверждали, что ни о каких злодеяниях на временно оккупированных их войсками советских территориях они не знали и что эти злодеяния чинили не войска, а СС, СД и гестапо, а то, что делали войска, вызывалось военной необходимостью либо было совершено по приказу свыше.
Как установил суд, войска Клейста производили не вызывавшиеся военной необходимостью разрушения промышленных предприятий, транспорта, школ, больниц и детских учреждений, расхищали и уничтожали материальные и культурные ценности, занимались грабежами, изымали скот и продовольствие, угоняли советских граждан в рабство в Германию, зверски подавляли партизанское движение, особенно в Крыму, где в районах действия советских партизан создавались «мертвые зоны». Карательные органы при соединениях, находившихся под командованием Клейста, истребили много невинных советских граждан. Например, только в Краснодарском крае немецко-фашистские захватчики, в том числе войска, действовавшие во исполнение преступного приказа Клейста об «экономическом очищении» Кубани, истребили более 61 тыс. мирных советских граждан, уничтожили 63 тыс. промышленных и хозяйственных строений, разграбили и отобрали у колхозов и отдельных граждан более 500 тыс. голов различного скота, сожгли десятки станиц, уничтожили около миллиона гектаров посевов, разрушили 1334 школы, 368 театров и клубов, 377 лечебных учреждений.
Такой же след на советской земле оставили и войска под командованием Шернера. Только в Эстонской ССР, например, было истреблено около 30 тыс. советских граждан, полностью уничтожены предприятия сланцевой и металлообрабатывающей промышленности, сожжено или разрушено 9200 домов, отобрано у крестьян и вывезено в Германию 107 тыс. лошадей.
В декабре 1941 года вблизи деревни Лилихамари на Мурманском фронте по личному приказу Шернера было расстреляно около 160 советских военнопленных. Во время «акции» Шернер с группой офицеров находился позади команд, производивших расстрел. Этот факт наряду с другими доказательствами установлен показаниями пленных немецких военнослужащих, в том числе Гинша, руководившего одной из трех групп солдат, осуществлявших «акцию».
Вопреки неопровержимым фактам Клейст и Шернер пытались все отрицать. Клейст отрицал эти факты даже тогда, когда не мог спрятаться за спину СД и гестапо. Например, на территории Кабардино-Балкарской АССР, как это признал и сам Клейст, ни СД, ни гестапо не действовали. Однако и здесь немцы истребили более 2000 мирных советских граждан, разрушили Баксан-ГЭС, другие крупные предприятия, элеваторы, больницы, школы, детские учреждения, причинили крупный ущерб сельскому хозяйству республики. Эти факты были установлены актом республиканской чрезвычайной комиссии, составленным на основании показаний многочисленных свидетелей, актов государственных и общественных организаций и фотодокументов. Председательствующий оглашает акт и спрашивает Клейста, признает ли он, что эти злодеяния совершили подчиненные ему войска. Клейст отрицает все и заявляет, что подобных фактов вообще не было и что акт чрезвычайной комиссии составлен на основании ложных показаний.
Шернер в этом отношении оказался покладистее Клейста, хотя он также старался уйти от ответственности. «Я неоднократно знакомился с актами государственных чрезвычайных комиссий и признаю эти документы... Я изучал военную историю и считаю, что злодеяния немецких войск, чинимые ими над советскими военнопленными и мирными гражданами, были самыми страшными в истории человечества». Шернер даже нашел мужество признать, что «командующий войсками должен отвечать за действия своих подчиненных, даже если и не знает об этих действиях».