В последующие годы М. И. Васильев-Южин находился на ответственной партийной и государственной работе: был председателем Саратовского губернского комитета партии, членом Реввоенсовета 15-й армии, членом коллегии НКВД, а затем Наркомпроса. Одновременно он выполнял ответственные поручения ВЦИК по снабжению страны продовольствием, возглавляя эту работу в Саратовской и Рыбинской губерниях.
С августа 1922 года М. И. Васильев-Южин стал Прокурором Верховного трибунала, а с января 1923 года — Прокурором Верховного Суда РСФСР.
Постановлением Президиума ЦИК СССР от 8 февраля 1924 г. М. И. Васильев-Южин был назначен заместителем Председателя Верховного Суда СССР. Работая в этой должности более 12 лет, М. И. Васильев-Южин внес заметный вклад в становление и развитие советской судебной системы, общесоюзного законодательства и юридической науки.
В первые годы существования Верховного Суда СССР, в период, когда складывались отношения между центром и союзными республиками, а также налаживалась деятельность союзных органов управления, Васильев-Южин много внимания уделял основной в то время функции высшего судебного органа страны — надзору за соблюдением Конституции СССР, в частности за соответствием издаваемых союзными наркоматами, а также Центральными исполнительными комитетами и наркоматами союзных республик постановлений и других правовых актов Конституции СССР, неизменно отстаивая как интересы Союза ССР в целом, так и суверенные права каждой союзной республики. Вместе с А. Н. Винокуровым и П. А. Красиковым он организовал систематическую проверку нормативных актов, которых только за 8 месяцев 1924 года поступило в Верховный Суд СССР более 2 тыс.
Нарушения, выявленные при проверках, заключавшиеся в превышении союзными и республиканскими органами своей компетенции, присвоении отдельными наркоматами законодательных функций и др., устранялись, как правило, по предложению Верховного Суда СССР самими ведомствами. В случае же разногласий эти акты опротестовывались в Пленум Верховного Суда СССР, постановления которого по этим вопросам вносились на утверждение Президиума ЦИК СССР.
М. И. Васильев-Южин много сделал для развития и другой функции Верховного Суда СССР — дачи судам союзных республик руководящих разъяснений по вопросам применения общесоюзного законодательства при рассмотрении судебных дел. Некоторые из руководящих разъяснений Пленума Верховного Суда СССР, подготовленные лично М. И. Васильевым-Южиным или под его руководством, не утратили силу и практического значения до сего времени. Таким, в частности, является постановление 3-го Пленума от 3 ноября 1924 г. «О недопустимости замены конфискации имущества денежной суммой, равной стоимости этого имущества». Основные его положения в качестве составных частей вошли в постановление Пленума Верховного Суда СССР от 29 сентября 1953 г. «О судебной практике но применению конфискации имущества».
Среди действующих постановлений, проекты которых докладывались на Пленуме М. И. Васильевым-Южиным, можно назвать также постановление от 16 января 1925 г. «О восстановлении в правах гра-жданства и об амнистии», постановление от 4 марта 1929 г. «Об условиях применения давности и амнистии к длящимся и продолжаемым преступлениям» и некоторые другие.
М. И. Васильев-Южин активно участвовал в разработке Основ общесоюзного законодательства, энергично отстаивая принципы соответствия республиканских законоположений общесоюзным законам. По этому вопросу он часто выступал со статьями теоретического и полемического характера в «Бюллетене» и «Вестнике Верховного Суда СССР» и других печатных изданиях. В своих статьях он призывал к ясности, четкости и конкретности формулировок закона, ибо, как говорил он, не только для граждан, но и для самых квалифицированных судей необходим четко сформулированный закон.
Васильев-Южин принимал активное участие в выработке и совершенствовании таких документов, как Положение о Верховном Суде СССР и Наказ Верховному Суду СССР.