Много лет спустя Королев, который никогда ничего не забывал, разыскал Усачева и взял его на работу.
Тот за много лет унижений опустился, стал выпивать, но Королев заявил заместителю: «Что бы ни делал этот человек, ты его не тронь».
Пока Королев добирался до Магадана, оставшиеся в Москве родные как могли хлопотали за арестованного. На семейном совете было решено, что, поскольку жена с малолетней дочерью были следующими кандидатами на арест, по инстанциям будет ходить мать Королева, Мария Николаевна Баланина. Она обивала все возможные пороги, и даже обратилась к знаменитым летчикам Михаилу Громову и Валентине Гризодубовой – те, не побоявшись разделить участь Королева, написали на имя Лаврентия Берии запрос о судьбе авиаконструктора. Наконец его вызвали для пересмотра дела в Москву.
Обратную дорогу Королев едва смог преодолеть. По дороге до Магадана он едва не умер от голода – спасла оставленная кем-то на дороге буханка хлеба. В Магадане Королев должен был сесть на пароход «Индигирка», однако к его великому огорчению, на борт его не пустили: мест на корабле уже не было. Как оказалось, к счастью – через несколько дней пароход во время шторма потерпел крушение в проливе Лаперуза. Подошедшие на помощь японские суда смогли спасти лишь команду и пассажиров с палубы, а более семисот заключенных навсегда остались в трюмах… В Хабаровске начальник пересыльной тюрьмы в нарушение всех инструкций отправил обессиленного заключенного без конвоя к местному врачу – если бы не все эти поистине счастливые случайности, Сергей Королев так никогда бы не вернулся в Москву.
Повторное следствие шло несколько месяцев. Накануне судебного заседания Королев написал письмо Сталину – но не для того, чтобы просить об освобождении, а чтобы рассказать о необходимости реактивного самолетостроения, за которым, по мнению авиаконструктора, было будущее. «Я могу доказать свою невиновность и хочу продолжать работу над ракетными самолетами для обороны СССР». Однако желанного оправдания не последовало: суд лишь сократил срок с десяти лет лагерей до восьми, вернул осужденному политические права и присудил денежную компенсацию за часть конфискованного имущества. Однако вместо указанного в новом приговоре Севжелдорлага Королева отправили – по запросу Туполева – в спецтюрьму НКВД ЦКБ-24, в так называемую «шарашку»: полноценное авиаконструкторское бюро, все работники которого были заключенными. Это изобретение сталинской эпохи было одновременно и спасительным (условия жизни здесь были не в пример лучше лагерных), и губительным для творческих людей: о каком полете мысли можно говорить, если люди фактически находились на положении рабов, а все изобретения делались строго по спущенному сверху плану, в тюремных условиях и под охраной?
В «туполевской шарашке» Королев работал над самолетами-бомбардировщиками Ту-2 и Пе-2, проектами управляемой радиоторпеды и ракетным перехватчиком. Леонид Кербер в своих воспоминаниях «Туполевская шарага» описывал Королева: «Небольшого роста, грузный, с косо посаженной головой, умными карими глазами, скептик, циник и пессимист, абсолютно мрачно смотревший на будущее. «Хлопнут без некролога», – была любимая его фраза».
Но даже в тюрьме Королев продолжал мечтать о ракетах – и когда узнал, что в Казани, в другой «шарашке» его бывший коллега Валентин Глушко разрабатывает ракетные двигатели, попросил перевода туда. По словам дочери Королева Натальи Сергеевны, этим он продлил себе срок заключения – туполевцев за создание Ту-2 освободили почти на год раньше – но любимое дело Королеву было дороже даже свободы…
Сергея Королева освободили по амнистии, за заслуги, только в июле 1944 года – со снятием судимости, но без реабилитации. Ее он добьется только в 1957 году, когда до запуска первого спутника оставались считанные месяцы.
Никогда Сергей Королев не вспоминал о времени, проведенном на Колыме: лишь однажды, едва вернувшись, рассказал все семье – «чтобы больше не вспоминать». Но и забыть он так и не смог: всю жизнь ненавидел золото, всегда был готов к худшему, да и его здоровье после перенесенных тягот было серьезно подорвано. Старался не тратить время зря: каждая минута должна была быть потрачена с пользой, пусть даже в ущерб отдыху или сну. И в то же время Королев отучился бояться: словно уверовав, что ничего хуже с ним уже не может случиться, он мог в лицо сказать самым первым людям страны все, с чем он был не согласен. И точно так же мог броситься на защиту тех, кто, по его мнению, нуждался в помощи, невзирая на обстоятельства и звания. Всегда брал на себя ответственность за любые просчеты подчиненных, не стеснялся признавать собственные ошибки и никогда не переставал мечтать.