Манко удалось тайно мобилизовать значительную часть индейцев, и вскоре партизанская армия начала действовать. Выманив кавалеристов из Куц-ко к самой Калке, инки позволили им захватить караван с сокровищами, и, пока испанцы подсчитывали добычу, тысячи индейцев окружили Куцко и перекрыли оросительные каналы, чтобы вода в них поднялась и затопила долину, сделав ее непригодной для передвижения на лошадях. Так началась четырехмесячная осада. Три отряда испанцев, подошедшие на подмогу, были буквально сметены сидевшими в засаде местными жителями. Они сталкивали вниз огромные камни, и, сбитые с ног, захватчики летели в пропасть. В Хаухе всех испанцев перебили во время внезапной атаки на рассвете. Однако конквистадоры отвечали хитростями еще более изощренными и в конце концов подавили мятеж со зверской жестокостью.
Четверо испанцев сбрили себе бороды и покрасили лица в более темный цвет, чтобы походить на индейцев. Затем с помощью местного предателя они проникли в неприступную крепость и открыли ворота изнутри. Войска конквистадоров ворвались в город. Сотни индейцев попрыгали в пропасть со скал, чтобы избежать смерти от испанских мечей. Морговехо де Куинонес, участвовавший в захвате Куцко, решил отомстить за гибель пятерых испанских путешественников, согнав двадцать четыре вождя и старейшины в крытую соломой хижину и спалив их заживо. Во время атаки испанцев камнем, пущенным из пращи, был убит Хуан Пизарро. Индейцы, прыгавшие со скал последними, выжили, потому что гигантская груда тел на дне пропасти смягчила удар о землю. Оставшиеся в Куцко жители, не успевшие добраться до обрыва, были изрублены кавалерийскими саблями. Конквистадоры под предводительством Гонцало Пизарро застали врасплох индейскую армию и вырезали всех мужчин. Тех, кто, спасаясь, нырял в озеро, настигали всадники и «насаживали на копья, словно рыбу».
Испанцы намеренно нагоняли ужас своими зверствами, чтобы деморализовать противников. Хер-нардо Пизарро приказал убить всех женщин, пойманных поблизости от поля битвы, потому что они все считались «женами и любовницами солдат инков». А брат Гонцало, пленив двести индейских воинов, выстроил их на площади в Куцко и отрубил всем правые руки. Затем калек отослали назад к их командирам «для острастки». Позже пленникам-мужчинам стали отрубать носы. Женщинам, избежавшим смерти, отрезали груди. Дома и поля индейцев уничтожали, мужчин и женщин сжигали или закалывали. В Куцко и ближайших окрестностях было убито шестьсот детей в возрасте до трех лет.
Когда армия индейцев под предводительством командира Квицо попыталась осадить столицу Франсиско Пизарро город Лиму, все надежды Манко были похоронены окончательно. Испанская кавалерия налетела на пеших солдат, когда они пересекали открытую равнину. Большинство инков погибло под копытами лошадей, остальных добили саблями. Бежать обратно в горы не удалось никому. Квицо погиб вместе с остальными сорока индейскими военачальниками.
Манко понял, что не сможет спасти Перу от испанцев. Более двадцати тысяч его людей уже погибло при неудачных попытках сражаться с незваными пришельцами. Великий Инка решил отступить к Вилкабамбе, укромной долине, скрытой за отвесными скалами, и спрятаться там от своих преследователей вместе с лесными индейцами. Но испанцам удалось схватить его жену, Кура Оклло. Франсиско Пизарро задумал выместить на ней свою злобу. Во время осады Лимы он уже доказал, что не испытывает никаких моральных предрассудков, убивая женщин. В Лиме его пленницей стала сестра Атахуалпы Азарпай. Подозревая, что девушка может вызвать лишние атаки местного населения, Пизарро задушил ее. Для Куры Оклло жестокий испанец уготовил еще более ужасную участь.
Несчастная женщина избежала насилия перевозивших ее солдат, вымазавшись экскрементами. В Куцко Пизарро, раздосадованный известием, что Великому Инке удалось скрыться, велел привязать его жену к столбу и немилосердно пороть плетьми. Затем Кура Оклло была застрелена из арбалета. Ес тело, обезображенное побоями, с торчащими из него стрелами, было уложено в корзину и пущено по реке, протекавшей через Вилкабамбу. Великий Инка должен был увидеть своими глазами, какая судьба постигла его супругу. Эта новая дикость ужаснула всех порядочных испанцев. Один из них назвал случившееся «деянием, совершенно недостойным христианского дворянина в здравом уме». К сожалению, подобные деяния становились все более и более обыденными в процессе покорения Перу.