Ответ пришёл скоро, 3 февраля. «Желание ваше удалиться принесло мне такой помысл печали, который неохотно разрешается в разсуждении и слове. Можете догадаться, что мне нелегко вас отпускать: во-первых, потому, что, по благости Божией, вижу вас весьма полезным для обители, во-вторых, потому, что, имея к вам полную доверенность и веря вашей доверенности ко мне, нахожу в сём по управлению много облегчения и успокоения. Кроме сего, душа моя находит благо в общении с вашею. Вспомните, что вы просили моей дружбы, тогда как я уже имел её к вам, и просьбу вашу принял как залог и обещание с вашей стороны искреннего со мною общения. При внезапном теперь намерении вашем оставить меня и лишить вашей помощи не могу я роптать, и намерение ваше уважая и моё недостоинство признавая, но не могу не чувствовать глубокой печали... Дни лукавы. Делателей мало. Во время брани как не удерживать воинов на местах, требующих защищения и охранения?»
И отец Антоний остался.
Ещё два года прошло. На Пречистенке встали стены нового храма, а синодальные члены соблаговолили послать Житие преподобного Серафима преосвященному подольскому Кириллу. Владыка Кирилл не усомнился в справедливости всего изложенного в житии и счёл его полезным к напечатанию.
Так на радость любителей благочестия в 1841 году вышло в свет Житие преподобного Серафима. Радовался и владыка Филарет, не подозревая, чем занят был в те же годы граф Протасов.
Обер-прокурор Святейшего Синода служил не за страх, а за совесть, не только входя во все детали церковных дел, подобно своему предшественнику, но и намечая новые горизонты для Православной Церкви, главой коей он считал государя императора и себя. За исполнение обдуманных планов граф принимался летом, когда вечные его оппоненты, оба Филарета — Дроздов и Амфитеатров, ставший в 1837 году киевским митрополитом, — отбывали в свои епархии. Будучи неглупым человеком, граф понимал, сколь опасна для него полная безграмотность в богословии, литургике и истории Церкви. Надо было найти нужного человека.
Из представлявшихся в Синод конспектов богословских наук Протасову приглянулась работа ректора вятской семинарии архимандрита Никодима Казанцева. Граф послал её для рецензии московскому митрополиту и получил положительный отзыв, в котором митрополит заключал: в конспекте есть «зерно мысли, а не одно перечисление заглавий». Прочитав отзыв, граф Николай Александрович усмехнулся. Ему показалось забавным, что Филарет невольно сам выбрал орудие собственного умаления.
В июле 1838 года архимандрит Никодим прибыл в Петербург. Оставив узел с вещами в лавре, он взял извозчика и отправился в Синод, где был ласково принят обер-прокурором.
— Мы вас позвали на работу, ваше высокопреподобие, — твёрдо, но и доверительно начал Протасов. — Прошу потрудиться. Ваш конспект отличный. Он доказал, что вы с талантами. Нам такие люди нужны! Конспект ваш будет напечатан, вас ожидает докторство богословия и... многое другое, но — прошу знать меня, и ещё никого. Мы вам дадим всё. Не бойтесь никого, ниже ваших архиереев, как называл их мой предшественник — «мои старички». Вам старички не страшны, я — ваш заступник. Храните в тайне всё, что будет поручено вам... а поручено будет немало. Отправляйтесь теперь к директору департамента просвещения Сербиновичу, он вас ждёт, а завтра прошу ко мне в это же время.
Озадаченный отец Никодим отправился к Сербиновичу, от коего и узнал, что ему поручается написание новых уставов духовных училищ и семинарий, но это пока, а в дальнейшем готовится пересмотр и программ обучения.
Ночь архимандрит провёл без покоя, терзаемый сомнениями и опасениями, облегчить тяжесть коих никто не мог. Монашеский долг обязывал его повиноваться власти и добросовестно исполнять порученное дело. Гордость и честолюбие, обнаружившиеся в потайном уголке сердца, взыграли в предвидении блестящей церковной карьеры — архиерейское облачение можно было заказывать хоть завтра. Но дух православного монашества, смиренное преклонение лишь перед Царём Небесным подняло его над морем житейской суеты и подсказало нужное поведение.
На следующее утро граф Протасов встретил отца Никодима столь же радушно, но держался более официально.
—...Ваше богословие очень выспренное. Ваши проповеди высоки. Мы вас не понимаем. У вас нет народного языка. Даже практическое богослужение вам неизвестно...
Граф не ждал ответов на свои риторические вопросы, и отец Никодим, поначалу пытавшийся возражать, осел в кресле. Несмотря на крайности выражения, во многом обер-прокурор был прав.