На протяжении всех этих лет, с момента, когда начались раскопки, и вплоть до 1909 года, Роберт Кольдевей ни разу не позволил себе съездить в отпуск на родину: он продолжал неустанно трудиться в Вавилоне, стойко перенося тяжелейшие климатические условия. Это не прошло бесследно для его здоровья, из-за ухудшения которого ему в конце концов пришлось в апреле 1910 года на длительное время уехать домой. В его отсутствие архитектор Фридрих Ветцель занимался главным образом Эсагилой и ее ближайшим окружением. Была расчищена часть стен и построек, окружавших то самое место, где, как удалось установить, некогда стояла Вавилонская башня. Однако развалины разыскиваемого на протяжении столетий зиккурата[3] оказались весьма невзрачными. Вместо высоко вздымающейся башни наподобие тех, которые и поныне можно видеть в Бирс Нимруде и Акаркуфе, здесь, в ложбине Захн, севернее горы обломков, оставшихся от Главного храма, открывался взору тянущийся в южном направлении широкий ров, заполненный водой. Посередине его находился квадратный в основании массивный блок из кирпичей и обломков, и сначала даже не верилось, что это и есть Вавилонская башня. Между тем не оставалось места для сомнений, так как в ходе раскопок здесь обнаружили много надписей, чаще всего на кирпичах, где древнее название башни — Этеменанки[4] — и наименование главного храма — Эсагила — упоминались вместе. Остатки башни, немало претерпевшей уже в древности, особенно сильно пострадали в более позднее время. Добраться до ее стен, сложенных из обожженного кирпича, не представляло особого труда, и население разобрало и использовало их для собственных нужд. Подобное произошло с большинством сооружений Вавилона, построенных, как и Башня, из обожженного кирпича и претерпевших по этой причине серьезный урон. Провести в период раскопок более пристальное археологическое обследование остатков башенных стен оказалось невозможно: мешал высокий уровень почвенных вод, всегда затруднявший раскопки Вавилона.
Лишь однажды, в 1913 году, когда прорвало плотину на Хиндие и к тому же выпало очень мало осадков, уровень почвенных вод упал так сильно, что представилась возможность заняться непосредственным изучением развалин Башни. Обмеры оболочки из обожженного кирпича, расположенной в той части зиккурата, которая обычно находится ниже уровня почвенных вод, заняли несколько месяцев. И все-таки позже в своей публикации Ветцель назвал проведенные исследования предварительными, так как и они не смогли решить всех проблем.
Археологические работы в Вавилоне, первоначально запланированные на пять лет, давно успели выйти за пределы этого срока. Их объем и вызываемые ими трудности, а соответственно и расходы постоянно возрастали. Кольдевей не смог осуществить многого из первоначально им намеченного: в частности, ему не удалось обнаружить остатки Башни. И в дальнейшем, при публикации результатов экспедиции, также происходили многочисленные задержки. Из-за того что отвечавший за исследования Башни архитектор Фридрих Ветцель страдал серьезной болезнью глаз и позже вовсе ослеп, а сам Роберт Кольдевей тоже тяжко болел и в 1925 году умер, научная публикация, посвященная Башне и храму Мардука, смогла быть доведена до конца лишь с участием других ученых и увидела свет только в 1938 году.
Вавилонская башня, являвшаяся первоначально одной из главных целей всего предприятия, постепенно отступила на задний план, и даже сегодня далеко не на все вопросы, связанные с нею, можно получить исчерпывающий ответ.