Тогда же фактом было образование мощного нацистского государства в центре Европы, в общем-то поддерживаемого западными демократиями, и СССР правильно оценил надвигающуюся на страну опасность. Среди крупных военачальников первым в открытую заговорил о ней Тухачевский. Он аргументированно доказывал, что Германия готовит сильную армию вторжения, основную мощь которой составляют высокоманевренные бронетанковые, механизированные, десантные соединения. Он неоднократно отмечал гигантский рост военно-промышленного потенциала Германии, ее возможностей по массовому производству самолетов, танков и прямо заявлял, что наш враг номер один — гитлеровская Германия.
И армия готовилась к защите Отечества. Повышались требования к комсоставу, а значит, нужно было совершенствовать систему его подготовки. Расширяется сеть военных училищ, причем упор делается на авиационные, бронетанковые, артиллерийские, технические. Для старшего комсостава открывается ряд академий: механизации и моторизации, артиллерийская, военно-химическая, военно-электротехническая, военно-инженерная и военно-транспортная. Увеличился набор в академию им. Фрунзе и военно-политическую. Уже к 1932 году в высших военно-учебных заведениях обучалось 16,5 тыс. слушателей. Начали работать различные курсы усовершенствования. В 1934 году на такие курсы при академии им. Фрунзе был направлен Ватутин. Через пять лет он вновь переступил порог знакомого здания. В Москву на сей раз приехал один. Курсы были краткосрочными, без исключения из списков части, а переезд с маленькими детьми представлял определенную трудность. У Ватутиных к тому времени родился сын Витя. Да и Татьяна Романовна заканчивала вечернюю школу.
Академией с 17 апреля 1932 года руководил один из кумиров Ватутина — Шапошников. Николай Федорович получил счастливую возможность видеть, слышать видного военного теоретика и непосредственно у него учиться.
Борис Михайлович Шапошников, бывший полковник Генерального штаба царской армии, был из когорты тех военспецов, которые пришли в Красную Армию и отдали все свои силы и знания молодой республике. В 1918 году он добровольно вступил в РККА. Руководил разведывательным, а потом оперативным управлениями полевого штаба РВСР. Принимал самое непосредственное участие в разработке планов разгрома Колчака, Деникина, Юденича, Пилсудского. После Гражданской войны командовал войсками Ленинградского, Московского, Приволжского военных округов, три года возглавлял Генеральный штаб РККА. Авторитет его в армии был необычайно высок, а после выхода в свет трехтомного труда «Мозг армии» Борис Михайлович занял место одного из ведущих теоретиков.
Образованнейший военачальник, обладавший большими и разносторонними знаниями, человек высокой культуры, Шапошников развернул в академии серьезную работу по улучшению учебно-методического процесса, повышению уровня знаний не только слушателей, но и преподавательского состава. Разработанные под его руководством учебные планы отличались большой продуманностью, полноценным содержанием.
Несмотря на то что в академии преподавали лучшие теоретики, методисты, Шапошников особое внимание уделил подготовке профессорско-преподавательского состава. Кроме ежегодных общеакадемических сборов, где изучались новые образцы боевой техники, вопросы военного строительства, были установлены дни командирской подготовки, проводились занятия по иностранному языку и ежегодные пятидневные оперативные игры.
Столь серьезное отношение к подготовке преподавателей объяснялось еще и тем, что состав слушателей стал намного образованней. Особенно в этом отношении выделялись слушатели академических курсов.
На них Ватутин познакомился с Ф.И. Толбухиным, А.И. Антоновым, И.С. Коневым. Вместе они с увлечением играли в военные игры друг против друга.
Шапошников лично курировал курсы, читал слушателям лекции, проводил иногда практические занятия, военные игры. Серьезнейшее значение придавалось изучению новой боевой техники во вновь оборудованных технических классах, при этом ее изучение увязывалось с освоением теории глубокого боя, операции. Именно тогда будущие полководцы впервые услышали о массированном применении танков, авиации, артиллерии на направлении главного удара и организации взаимодействия при прорыве полевой и долговременной обороны.
В оперативно-тактической подготовке делался упор на вопросы управления войсками. От слушателей курсов требовалось, чтобы они, выступая в роли общевойсковых командиров, могли не только принимать правильные решения, но и ставить задачи частям различных родов войск, организовывать между ними взаимодействие и контролировать выполнение своего решения. Шапошников значительно изменил ход проведения практических занятий. До него в процессе обучения доминировали групповые упражнения. Он же ввел военные игры на карте. Руководил ими, как правило, сам и был убежден, что именно игры лучше всего развивают оперативное мышление.