Тогда почему Ватутину удалось избежать расстрельной статьи? Как вспоминала дочь, а она в свою очередь ссылалась на мать Татьяну Романовну, ему просто выпал счастливый жребий, благодаря которому он и не попал в кровавую мясорубку. Так в армии остался талантливый полководец, сыгравший ряд главных ролей на фронтах Великой Отечественной войны. Не случайно многие уцелевшие в те годы командиры и начальники регулярно получали новые назначения и быстро двигались по служебной лестнице. Ватутин не был исключением.
В ноябре 1938 года он был назначен начальником штаба Киевского особого военного округа. Его предшественника — комдива И. В. Смородинова перевели в Москву, где он занял должность заместителя начальника Генерального штаба РККА. Чуть раньше, в январе, повышение получил и командующий войсками округа командарм 2-го ранга Федько — его назначили 1-м заместителем наркома обороны СССР. Однако за взлетом последовало резкое падение: 7 июля Федько, к тому времени ставший командармом 1-го ранга, был арестован как «враг народа». Сначала он отказывался признать за собой какую-либо вину. Но опричники из НКВД вскоре добились своего: после жестоких избиений и пыток Федько сознался в том, что принимал участие в «военно-фашистском заговоре». 26 февраля 1939 года его приговорили к смертной казни и в тот же день расстреляли...
Дальнейшая служба Ватутина, его становление как начальника штаба проходили под началом уже нового командующего войсками округа — командарма 2-го ранга С. К. Тимошенко, с которым у Ватутина с первого дня знакомства сложились хорошие отношения. Семен Константинович принадлежал к славной когорте командиров, взращенных в сабельных атаках еще в годы Гражданской войны. По воспоминаниям современников, он являл собой тип человека, как бы созданного самой природой для военной службы: рост под два метра, крупные, словно литые, плечи и безупречная выправка, достойная кавалергарда. А военная форма на нем сидела так, будто он в жизни ничего не носил другого.
В Первую мировую войну Тимошенко воевал пулеметчиком в составе 4-й кавалерийской дивизии на Юго-Западном и Западном фронтах. За храбрость был удостоен трех Георгиевских крестов. На фронтах Гражданской войны Тимошенко командовал взводом, эскадроном, кавалерийской бригадой, а затем и дивизией. «В Гражданскую войну под Тимошенко было убито семнадцать лошадей», — уважительно говорил о нём Сталин. Был пять раз ранен. К прежним наградам Тимошенко добавились три ордена Красного Знамени и почетное революционное оружие. В дальнейшем он занимал высокие армейские должности, в том числе командовал корпусами, был заместителем командующего войсками Белорусского и Киевского военных округов, а затем последовательно командовал войсками Северо-Кавказского и Харьковского военных округов. Несмотря на занимаемые им высокие посты, Семен Константинович отличался простотой и общительностью, украинский акцент придавал его речи особую колоритность и задушевность, а потому его уважали и любили в войсках.
В военном отношении Тимошенко был подготовленный и разбирающийся в вопросах службы войск, тактики и оперативного искусства военачальник, что импонировало Ватутину. Для Тимошенко, в свою очередь, лучшей аттестацией Ватутина служили его отличные знания штабной работы, трудолюбие, хорошие организаторские способности, ясный ум, неторопливая обстоятельность, интеллигентность и выдержка.
Что на командующем Тимошенко, что на начальнике штаба Ватутине лежала огромная ответственность за положение дел в округе. Киевский особый военный округ (добавление «особый» округ получил 26 июля 1938 года) являлся приграничным, и это определяло его стратегическую значимость для обороны страны. На территории округа дислоцировалась наиболее крупная на Западном направлении группировка войск Красной армии. Перед войсками стояли задачи обороны огромной по протяженности государственной границы, в соответствии с которыми группировка должна была «не допустить вторжения как наземного, так и воздушного противника на территорию округа. Упорной обороной укреплений по линии госграницы прочно прикрыть отмобилизование, сосредоточение и развертывание войск округа. Противовоздушной обороной и действиями авиации обеспечить нормальную работу железных дорог и сосредоточение войск округа. Всеми видами разведки своевременно определить характер сосредоточения и группировку войск противника. Активными действиями авиации завоевать господство в воздухе и мощными ударами по основным группировкам войск, железнодорожным узлам и мостам нарушить и задержать сосредоточение и развертывание войск противника. Не допустить сбрасывания и высадки на территории округа воздушных десантов и диверсионных групп противника. При благоприятных условиях всем обороняющимся и резервам армий и округа быть готовыми по указанию Главного Командования к нанесению стремительных ударов для разгрома группировок противника, перенесения боевых действий на его территорию и захвата выгодных рубежей...»