Перед новым штурмом Кёнигсберга по воспоминаниям ветеранов войны В. Г. Казанина и Н. Бугаенко священнослужители вынесли Казанскую икону Божией Матери, отслужили молебен и пошли во весь рост к передовой. Утром 7 апреля погода улучшилась и авиация 1, 3 и 18-й воздушных армий и Балтийского флота начала действовать с полным напряжением. В результате активность сопротивления противника снизилась. В ночь на 8 апреля войска 11-й гвардейской армии форсировали р. Прегель и к середине дня в районе Амалиенау соединились с частями 43-й армии, наступавшей с севера. К исходу дня были захвачены порт и железнодорожный узел Кёнигсберга, отрезан гарнизон крепости от войск, действовавших на Земландском полуострове. Василевский, стремясь избежать бесцельных жертв, снова обратился к противнику с предложением сложить оружие. Комендант крепости генерал О. фон Ляш отверг это предложение.
Вечером 8 апреля маршал Василевский приказал командующему 43-й армией постепенно вывести главные силы из Кёнигсберга и развернуть их западнее города с задачей отбросить земландскую группировку противника. Принимая решение о перенацеливании 43-й армии с внутреннего фронта окружения Кёнигсберга на внешний фронт, Александр Михайлович учитывал реальное соотношение сил, боевые возможности противника и его вероятные действия. Противник, понимая, что не сможет удержать Кёнигсберг, мог осуществить прорыв на запад на воссоединение с армейской группой «Земланд». Маршал Василевский определил, что направление этого прорыва могло быть одно — из центра Кёнигсберга через Иудиттен и далее вдоль железной дороги на Фишхаузен, то есть через боевые порядки 43-й армии. Перегруппировка ее войск, новые задачи, поставленные двум из трех корпусов (54-й стрелковый корпус продолжал штурм центральной части Кёнигсберга), позволил создать тройной заслон на путях возможного прорыва кенигсбергского гарнизона и встречного удара группы «Земланд».
Предвидение маршала Василевского сбылось. В ночь на 9 апреля кенигсбергский гарнизон предпринял две попытки прорваться из окружения. Одна группа с танками, бронетранспортерами и артиллерией нанесла удар из района городского кладбища и была истреблена в ночном бою частями 87-й гвардейской стрелковой дивизии 43-й армии. Другая группа атаковала боевые порядки 24-й гвардейской стрелковой дивизии севернее Лавскена, но также потерпела полное поражение. Одновременно с внешнего фронта окружения в направлении на Иудиттен нанесла встречный удар группа войск «Земланд». После упорных боев 90-й стрелковый корпус 43-й армии к утру нанес поражение 5-й танковой, 1-й и 28-й пехотным дивизиям, которые были отброшены назад.
Когда маршалу Василевскому доложили, что нет никаких признаков капитуляции, он вызвал командующего артиллерией фронта генерал-полковника М. М. Барсукова и приказал ему сосредоточенным огнем всей артиллерии по центральным кварталам города помочь армиям к концу дня завершить штурм Кёнигсберга. Огонь 5 тыс. орудий и минометов, удар с воздуха 1,5 тыс. самолетов оказали сильное воздействие на противника. Комендант Кёнигсберга наконец-то выслал парламентеров с сообщением о прекращении дальнейшего сопротивления. В 18 часов 30 минут 9 апреля генерал Галицкий доложил маршалу Василевскому о прибытии в штаб 11-й гвардейской стрелковой дивизии представителей коменданта полковника Хевке и подполковника Кервина. Маршал Василевский распорядился послать с ними представителей от дивизии в штаб генерала Ляша для принятия капитуляции. В качестве парламентеров в расположение противника пошли начальник штаба 11-й гвардейской стрелковой дивизии подполковник П. Г. Яновский, капитаны В. М. Шпитальник и А. Е. Федорко. С опасностью для жизни они пробрались к бывшей Университетской площади по заваленным обломками, подбитой техникой и заминированным улицам. В 21 час 30 минут генералу Ляшу был вручен ультиматум советского командования, и он после некоторых колебаний подписал письменный приказ своим войскам о прекращении сопротивления. К исходу четвертых суток непрерывных боев Кёнигсберг пал.