— При подготовке штурма, — разъяснил Василевский, — мы должны учитывать малейшие психологические нюансы. Вы помните, что произошло 19 февраля? Тогда войскам 39-й армии не удалось помешать гарнизону Кёнигсберга соединиться с группировкой войск на Земландском полуострове. Думаю, что в тридцать девятой эту неудачу не забыли. Войскам сорок третьей подобную неудачу, к счастью, пережить не пришлось. Вот почему я решил главную роль в штурме Кёнигсберга наряду с 11-й гвардейской предоставить ей. Имейте в виду, Иван Христофорович, что по мере разгрома хейльсбергской группировки противника я получу возможность для передачи в состав вашей группы одной-двух армий со средствами усиления. Первой такой армией, вероятнее всего, будет 2-я гвардейская генерала Чанчибадзе, которую необходимо выдвинуть на правое крыло ваших войск, что существенно облегчит смену и сосредоточение соединений и частей 43-й для штурма Кёнигсберга с северо-запада.
Генерал армии Баграмян согласился с таким решением. Прощаясь, маршал Василевский сообщил, что к обеспечению штурма Кёнигсберга он рассчитывает привлечь всю авиацию, действующую в Восточной Пруссии: 1, 3, 18-ю воздушные армии и военновоздушные силы Балтийского флота. Кроме того, в разрушении фортов крепости участие примет сверхмощная артиллерия РГК, вплоть до 305-мм калибра.
13 марта части 36-го гвардейского стрелкового корпуса генерал-лейтенанта П. К. Кошевого перешли в наступление на Бранденбург. Они прорвали оборону противника, овладели деревней Вердинген и перерезали шоссе, связывающее Бранденбург с Кёнигсбергом.
16 марта маршал Василевский направил Сталину доклад № 215/к плана разгрома кенигсбергской группировки противника. Замысел Василевского заключался в нанесении одновременных ударов по Кёнигсбергу с северо-запада, севера и юга по сходящимся направлениям для последующего окружения и уничтожения группировки противника. С целью сковать земландскую группировку врага и отсечь кенигсбергский гарнизон от главных сил планировался вспомогательный удар силами 2-й гвардейской, 5-й и 39-й армий из района севернее Кёнигсберга на Пиллау (Балтийск). Силы Балтийского флота должны были действовать на коммуникациях противника, ударами авиации и огнем артиллерии содействовать наступлению войск фронта.
К проведению операции привлекались войска 39, 43, 50-й, 11-й гвардейской армий, 1-я и 3-я воздушные армии, 1-й танковый корпус. Кроме того, из состава 3-го Белорусского фронта по решению маршала Василевского в ударную группировку были выделены 2-я гвардейская и 5-я армии, три артиллерийские дивизии прорыва (3,10,15-я), одна пушечная артиллерийская (4-я), одна гвардейская минометная и одна зенитная артиллерийская дивизии, восемь гвардейских минометных и пять тяжелых самоходных артиллерийских полков, три танковые и четыре штурмовые инженерно-саперные бригады. По решению Сталина 3-му Белорусскому фронту были предоставлены дополнительные мощные средства подавления из резерва ВГК. Всего 3-й Белорусский фронт насчитывал 187 тыс. человек, около 5,2 тыс. орудий и минометов, 538 танков и САУ. До 47 % орудий и минометов составляли тяжелые орудия, орудия большой и особой мощности (калибр от 203 до 305-мм). Для обстрела наиболее важных целей, а также для того, чтобы не дать противнику эвакуировать войска и технику по Кёнигсбергскому морскому каналу, предназначались 5 морских железнодорожных батарей (11–130-мм и 4–180-мм орудия, последние — с дальностью стрельбы до 34 км). Для восстановления некоторых танковых и самоходных частей Василевский просил Сталина выделить фронту 60 танков Т-34,120 самоходных артиллерийских установок СУ-76, 60 —ИСУ-122иИСУ-152.
На следующий день Сталин и генерал армии Антонов подписали директиву № 11 042 об утверждении представленного плана. Разгром восточнопрусской группировки противника юго-западнее Кёнигсберга предписывалось завершить не позднее 22 марта, а операцию по разгрому кенигсбергской группировки начать не позднее 28 марта. В ночь на 18 марта состоялся разговор по телефону между Сталиным и Василевским.
— Товарищ Сталин, сроки, указанные в директиве от 17 марта, считаю нереальными, — сказал Александр Михайлович. — Ликвидация хейльсбергской группировки будет закончена только 25–28 марта. На перегруппировку войск потребуется около 3–4 дней.
Поэтому прошу разрешения начать артиллерийское и авиационное наступление в первых числах апреля.
— Хорошо, согласен, — ответил Сталин. — Считаю необходимым привлечь к участию в операции авиацию 2-го Белорусского фронта, Балтийского флота и 18-й воздушной армии. С целью оказания вам помощи в штаб фронта прибудут товарищи Новиков и Голованов.
С учетом дополнительно выделенной авиации в штурме Кёнигсберга участвовало 2500 самолетов. Общее руководство авиацией осуществлял командующий ВВС главный маршал авиации A.A. Новиков.