Заключение Бальбоа в тюрьму вызвало взрыв негодования среди колонистов, а само это проявление его популярности, в том числе и солдат, еще больше взбесило неуравновешенного и взбалмошного губернатора Энсисо и несколько его сообщников делали все возможное, чтобы еще больше опорочить Бальбоа, но у него тоже нашлись влиятельные защитники в лице епископа Кеведо и доньи Исабелы. Эти последние прекрасно видели огромные заслуги Бальбоа в обеспечении колонии мирной жизнью и продуктами питания, в установлении необходимых для ее выживания великолепных отношений с сильными индейскими племенами и их вождями, а также в достижении авторитета и популярности среди солдат и поселенцев благодаря его справедливости и благородству в обращении с ними. Епископу Кеведо удалось убедить нового мэра Санта-Марии Эспиносу в том, что Педрариас не только использует ложные обвинения и подтасованные факты против Бальбоа, но и что, затевая это недостойное дело, совершает превышение собственных полномочий. Эспиноса согласился снять с Бальбоа всякую вину, но приказал выплатить Энсисо высокий штраф. Не желая сдавать своих позиций, Педрариас тогда предпринял попытку выслать Бальбоа в кандалах в Испанию, чтобы он предстал там перед судом, но под давлением неутомимого епископа согласился выпустить узника на свободу, надеясь в ближайшее же время отправить его в трудную и опасную экспедицию подальше от друзей и защитников.
Бальбоа смог выйти на свободу, но за несколько недель его пребывания в тюрьме жизнь в колонии резко ухудшилась. К тому недовольству и неспокойствию, которые были вызваны несправедливым арестом и тюремным заключением бывшего временного губернатора, теперь каждодневно прибавлялось растущее разочарование не только отсутствием легкого золота, но и усугублявшимися элементарными условиями жизни. Дружественные племена индейцев после ареста Бальбоа перестали доставлять в колонию продукты и поставлять рабочую силу. Другие группы местных жителей продолжали вести себя враждебно и постоянно досаждали поселенцам, которые теперь не могли рассчитывать на помощь их бывших союзников. Жара, невероятная влажность и вездесущие насекомые изводили европейцев, которые не могли найти от них защиты или облегчения. Ко всем этим бедам добавился сильный пожар, в котором сгорел основной склад с продуктами и товарами, а привезенный из Испании провиант сгнил и был выброшен как непригодный для питания. В довершение всех проблем индейцы исчерпали интерес к испанским безделушкам и теперь не хотели вступать с поселенцами в обмен товарами. В колонии начал распространяться настоящий голод, слабеющие люди умирали в растущем числе как от болезней, так и от отсутствия питания.
Педрариас, который был в немалой степени повинен в сложившемся положении, возникшем из-за ареста Бальбоа и последствий разрушения кропотливо и умно созданной им системы управления колонией и добрых отношений с индейцами, пережил настолько большое разочарование и недовольство после нескольких месяцев в Золотой Кастилии, что стал обдумывать план возвращения в Испанию с передачей дел ряду своих приближенных. Сам 70-летний губернатор начал часто болеть, что еще больше подталкивало его к идее отъезда, но против этого решения твердо выступило большинство членов совета колонии как противоречившего указаниям короля. Губернатору пришлось отказаться от такого плана, но чтобы сократить число недовольных и без конца жалующихся на жизнь в колонии людей, он приказал выделить отдельное судно, чтобы вывезти на Кубу всех нежелающих оставаться, а многих других, включая Бальбоа, решил разослать в разные исследовательские экспедиции. По совету медиков он перенес свою резиденцию за несколько миль от Дариена в более климатически здоровое место на берег реки Коробари.