Щербатова отмечает, что, установив свое господство над Явой в результате завоевания, голландцы не стремились разрушить прежние институты и резко изменить существующий порядок или заменить его новым. При незначительной своей численности они предпочитали оставлять прежних правителей и прежние обычаи. В одних случаях этот традиционный порядок выражался в сохранении прежних феодальных княжеств, но уже в качестве вассалов Нидерландов под строгим контролем голландских резидентов. Так, на Яве, в центральной ее части, существовало четыре таких княжества. В большинстве же случаев прежние феодалы были лишены владетельных прав и основной части своих земельных владений и превратились в служилое феодально-бюрократическое сословие, звено колониального административного аппарата, также поставленное под контроль голландских чиновников. «Государственный механизм остался и до сего дня еще странным сочетанием европейского и туземного элемента: везде существует как бы наслоение двух управлений. Вверху голландский генерал-губернатор, а внизу множество туземцев, потомков прежних раджей, сохранивших со своим титулом и различные привилегии. Далее следует местная администрация, основанная на тех же началах — распределение власти между параллельными должностными лицами, голландцами и туземцами» [20, с. 36].
При этой системе голландцы, забрав в свои руки все командные высоты, в том числе судебную власть, финансы и высший надзор, оставили за индонезийскими начальниками лишь местное управление, исполнительную и полицейскую власть. Этой системой управления, как подметила Щербатова, голландцы достигли того, что верхушка местного общества продолжает играть видную роль и при новых властителях, она получает щедрое жалованье и не имеет основания проявлять недовольство. Эта гибкая система дала возможность колонизаторам в определенной мере привлечь на свою сторону яванскую аристократию, участвовавшую в эксплуатации народных масс.
Но вся полнота высшей власти была сосредоточена в руках представителя голландской короны в лице генерал-губернатора. Облеченный самыми широкими полномочиями, он правит почти самостоятельно, подчеркивает путешественница. Для простых яванцев он «туан бесар», т. е. большой начальник. Он командует военными и морскими силами колонии, назначает резидентов (начальников провинций) и подвластных им голландских и местных должностных лиц, применяет законы, утвержденные голландским парламентом, имеет право на основании правительственных постановлений 1854 г. издавать приказы и административные распоряжения. Они действуют и до их утверждения или изменения законодательными органами Нидерландов. При генерал-губернаторе имеются назначенные по его представлению королем генеральный секретарь и совет Нидерландской Индии в составе вице-председателя и четырех советников, играющий роль совещательного органа. Выслушивая мнение совета при решении тех или иных вопросов, генерал-губернатор вовсе не обязан считаться с ним.
Вся Ява делится на ряд провинций или резидентств во главе с резидентами-голландцами. Резидентства же, в свою очередь, делятся на области-регентства (кабупатены), формально управляемые местными регентами, или бупати, из представителей родовитой яванской аристократии. При регентах находились голландские чиновники, чьи обязанности официально сводились только к общему надзору, советам и содействию. Однако фактический механизм взаимоотношений местного регента и его голландского советника показан Щербатовой достаточно убедительно: «Можно сказать, что все это лишь самообольщение, так как голландцы хозяева страны, и хорошо известно, что все приказания и требования исходят от них, кем бы они ни выполнялись, но на деле это так. Резидент может и в случае нужды действительно внушает регенту отдать такие и другие приказания низшим туземным начальникам, но, за исключением особенных и безотлагательных случаев, никакая перемена не производится без предварительного совещания между резидентом, регентом и другими членами ландраада» [20, с. 45]. Путешественница отмечает далее, что должность регента в большинстве случаев наследственная. «Он окружен всей пышностью и представительностью туземного двора и держит многочисленную свиту» [20, с. 49]. Общеизвестно мздоимство, взяточничество, злоупотребление своим служебным положением местных чиновников. На все это голландские власти смотрят сквозь пальцы. Как подчеркивает Щербатова, регент весьма редко увольняется с должности.
Дискриминация яванцев проявляется, в частности, и в существовании раздельных судов для «белых» и «туземцев». «Туземный» суд имеет право рассматривать лишь дела местных жителей. Европеец, какое бы преступление он ни совершил, может быть арестован только европейцами. Для него существует особый европейский суд.