Когда в марте 1999 года безумные многонациональные попытки переговоров провалились, вызвав волну новых жестокостей в провинции, Клинтон все еще отказывался вводить американские войска, но поддержал бомбардировки НАТО сербских позиций. Пилотам было приказано лететь высоко - на высоте 15 000 футов, чтобы не попасть под удар. Кларк жаловался, что бомбардировки, которые он называл "танковой стрельбой", приносят очень мало результатов. Поскольку наблюдателям на местах (размещенным там в результате переговоров в октябре 1998 года) было приказано уехать до начала бомбардировок, Милошевич воспользовался этим случаем, чтобы усилить этнические чистки. После сорока пяти дней атак на высшем уровне Клинтон согласился на эскалацию действий и санкционировал удары по столице Сербии Белграду. Один из таких ударов (бомбардировщик B-2 Stealth, пролетевший 10 750 миль из Миссури и обратно, чтобы завершить свою тридцатичасовую миссию) был нанесен по китайскому посольству в середине мая, в результате чего погибли несколько сотрудников посольства и обострились китайско-американские отношения. (Соединенные Штаты заявили, что удар был случайным.) Налеты самолетов НАТО, а также отказ России от дипломатической поддержки сербов, наконец, вынудили Милошевича согласиться на урегулирование в июне. Общая бомбардировка, продолжавшаяся семьдесят восемь дней, разрушила Косово и, по оценкам, унесла жизни около 5000 сербских военнослужащих, сотен мирных жителей и 500 косовских повстанцев. Ни один пилот не погиб во время этой кампании.20
О долгосрочных результатах этой интервенции судить сложно. С одной стороны, Клинтону удалось заручиться поддержкой стран НАТО. Косовские беженцы начали возвращаться в свои деревни и города. ООН, которой было поручено осуществлять надзор за краем, руководила миротворческой деятельностью сил НАТО, в состав которых входили американские солдаты. В 2000 году Милошевич был отстранен от власти и впоследствии привлечен к ответственности как военный преступник. Клинтон, избрав курс, не подвергавший опасности жизни американских солдат, сумел избежать политической катастрофы.
Но соглашение требовало разоружения Освободительной армии Косова и ничего не говорило о проведении выборов, которые могли бы предложить независимость Косову. В последующие несколько лет безработица опустошила край. Мстительные албанцы-мусульмане, разъяренные тем, что край остался частью Сербии и Черногории, периодически убивали сербов, не покинувших регион. Спустя пять лет после окончания бомбардировок около 18 000 военнослужащих - крупнейшие миротворческие силы в мире - все еще участвовали в нелегкой борьбе за охрану порядка в этом районе. Около 1800 человек были американцами. Другие американские войска оставались в Боснии еще долго после того, как Клинтон заявил об их выводе. В водовороте ненависти, который долгое время бушевал на Балканах и где навязанные международным сообществом протектораты были необходимы, чтобы свести к минимуму кровопролитие, даже такой военный гигант, как Соединенные Штаты, не мог навязать свою волю.21
В 1999 и 2000 годах Клинтону удалось отстоять ряд либеральных политик перед решительной консервативной оппозицией. Как уже говорилось ранее, эта оборонительная позиция стала главным наследием его пребывания у власти. Однако, усвоив тяжелый урок борьбы за здравоохранение в 1993-94 годах, он знал, что Конгресс, в котором доминируют республиканцы, не примет либеральные законы, касающиеся социального обеспечения, здравоохранения или образования. Зализывая раны, нанесенные импичментом, республиканцы отказались согласиться на очередное повышение минимальной заработной платы, одобрить так называемый билль о правах пациента или принять закон, обеспечивающий пожилых людей рецептурными лекарствами. В октябре 1999 года Сенат нанес Клинтону резкий удар, отклонив договор, направленный на введение ограничений на ядерные испытания. Стало ясно, что республиканцы в Конгрессе, которые ранее позволили Клинтону добиться двух самых значительных законодательных изменений за время его президентства - НАФТА и реформы социального обеспечения, - продолжали держать руку на пульсе Капитолийского холма.