Крутые приемы, с какими приступил к этому делу великий князь Иван III, должны были глубоко встревожить мир крупных землевладельцев. Отдельные и массовые конфискации с «выводом» владельцев из насиженных гнезд для их «испомещения» в иных местностях грозили, казалось, полным разгромом вотчинного землевладения. Великий князь Иван III оставил за княжатами многие их вотчины в родовом владении, но сузил само вотчинное право запрещением их отчуждения по воле владельца. При Василии III эти ограничения сложились в целое «уложение» и были распространены на второстепенных вотчинников – детей боярских. Эти постановления были подтверждены верховной властью в начале самостоятельного правления Ивана Грозного, но в эпоху деятельности «избранной рады» - интимного совета при молодом царе, утратили, в значительной мере, силу. Влиятельный кружок протопопа Сильвестра и А.Ф. Адашева стремился сгладить напряженные отношения между самодержавной властью и ее родословными слугами, провел возвращение многих вотчинных владений в княжеские и боярские руки и действовал в духе умиравшей «старины и пошлины», сдерживая царское самовластие. «Политическое противоречие» между строем государевой власти и социальным укладом правительствующей среды, так ярко охарактеризованное в трудах В.О. Ключевского, от этого только обострилось и нашло бурное разрешение в судорожном разгроме боярской среды кровавыми казнями, а боярского землевладения «перебором земель и людей» целыми уездами в эпоху опричнины. Законодательство шестидесятых и семидесятых годов XVI века обрушилось, преимущественно, на старинные княжеские общины. С одной стороны, они представляли собой наиболее крупную социально-политическую силу, а с другой, были обломками прежней удельно-вотчинной княжеской самостоятельности, причем, однако, их превращение в обычные вотчины с широким правом отчуждения и распоряжения противоречило, по существу, идее сосредоточения всей княжеской власти на Руси в руках государя великого князя и старой традиции об их семейно-княжеском характере с правом перехода к прямым вотчинам, но с притязанием великого князя на все выморочные вотчинные княжества, которое Иваном III возведено в общую норму московского княжеского права. Указное законодательство Ивана Грозного воспретило княжатам все виды отчуждения вотчин – продажу, отдачу в монастыри, мену, дарение, поставило переход вотчин в иные руки в зависимость от особого на каждый раз соизволения государя, ограничило долю вдов и дочерей в наследовании, сведя ее к временному пользованию «на прожиток». Вотчинное землевладение, подчиненное общей норме службы с земли, должно было принять характер части государственного земельного фонда, с определением объема прав владельцев в прямой зависимости от потребностей «государева дела» и общей земельной политики правительства. Сложнее было дело с церковным землевладением. Обязанность военной службы лежала и на нем: митрополичьи отряды шли в войско великого князя, подобно княжеским, под командой особых, митрополичьих воевод. В Новгороде владычный полк составлял особую боевую единицу, подвластную архиепископу, и все святительские и монастырские общины давали воинскую силу, подобно боярским. Значение церковных земель, как фонда, обеспечивающего ратную силу, не могло не привести к постановке вопроса о дальнейшем использовании их на государево дело, и вопрос этот стал крайне остро при Иване III. Не только общая презумпция верховного права великокняжеской власти на всю землю княжения, обусловленная вотчинным характером этой власти, но и особые отношения ее к церковным учреждениям, особенно к землевладельцам-монастырям, внушали великому князю притязание на прямое распоряжение церковными землями. Пересмотр владычного и монастырского землевладения в Новгородской области привел к отписке на государя значительной его части, насколько знаем, без протеста со стороны русских церковников. Осуществляя эту меру, Иван III выдвинул утверждение, что, по существу, это земля государя великого князя, неправильно освоенная церковными учреждениями: потому неправильно, что по постановлениям новгородской вечевой власти, а не по единственному основанию признанного, с московской точки зрения, права – великокняжеским пожалованиям. Дело не ограничилось пределами Новгородской области. Иван III приступил к пересмотру владельческих прав монастырей-землевладельцев в более широких размерах. Грамоты, удостоверяющие способ приобретения вотчин – данные, купчие, меновые – взяты в казну великого князя, например, у Кирилло-Белозерского монастыря. В пригородных слободах великокняжеские писцы отбирали на государя монастырские дворы, оставляя за монастырями только некоторые, в указанном числе. В то же время Иван III устанавливает ряд ограничений для расширения церковного землевладения в будущем, запрещает – по крайней мере, в некоторых областях – церковным учреждениям приобретать вотчины, а князьям и боярам отдавать их в монастыри. Поход на церковное землевладение сопровождался расширением иного способа содержания церковных учреждений, так называемой «ругой», т.е. выдачей из государевой казны соответствующих средств деньгами и натурой. Закончив цикл новгородских конфискаций отпиской с благословения митрополита Симона земель и угодий для наделения служилых людей, Иван III дает, с другой стороны, грамоту на ругу со всех новгородских пятин Софийскому собору. Исследователь «попыток к обращению в государственную собственность поземельных владений русской церкви в XVI веке» А.П. Павлов склонялся к признанию, что в этих мероприятиях крылась цельная программа перестройки на новых основаниях всей системы содержания церковных учреждений. Принятые на государево иждивение, они вошли бы тесно и покорно в рамки его вотчинного властвования.