Фараби жил в IX–X веках — во времена Арабского халифата и активной экспансии ислама на территориях Средней и Центральной Азии. К тому времени ислам распространился до самых берегов Сырдарьи, где собственно и находился город Фараб. Именно эта местность была примерной границей влияния новой религии и арабских владений, точнее владений наместников халифа Саманидов. Их власть постепенно усиливалась, и вскоре было создано отделившееся от халифата самостоятельное феодальное Саманидское государство. Здесь же, к северу от Фараба на берегах Сырдарьи жили кочевые тюркские племена (в основном карлуки и огузы), еще не принявшие мусульманства, которые, получив земельные участки от Саманидов, должны были охранять границы саманидских владений от набегов кочевых тюрков. По данным восточных географов установление ислама в этих краях относится где-то к середине IX века, поэтому ислам мог бы принять только отец Фараби, а его дед мусульманином не был. Согласно историческим исследованиям, Фараби родился в семье военного одного из местных тюркских племен, однако не исключается его персидское происхождение. На территории Мавераннахра в те времена было еще два селения под названием Фараб (в районе современных Чарджоу и Самарканда), поэтому в некоторых источниках существует путаница относительно места рождения Абу Насара, хотя многие данные свидетельствуют о том, что его родина — на Сырдарье.
В связи с этим возникает вопрос о вероисповедании Фараби, а также его принадлежности к той или иной культуре. Этот вопрос имеет определенную значимость хотя бы в связи с тем, что именем этого человека названа одна из важнейших кузниц идеологических кадров страны, а значит, дела этого человека уже заложены в коллективном бессознательном тысяч людей. Согласно историческим данным, среди тюрков (как кочевых, так и оседлых) наряду с исламом было широко распространено манихейство [46] — лжеучение, в котором сформулированы всевозможные искажения зороастрийской религии о Добре и Зле. Но, если на столь огромной территории существовало «искаженное учение», то можно с уверенностью предположить, что здесь были и приверженцы истинного учения, противники манихейской ереси, исповедовавшие зороастризм. Известно, что многие тюрки принимали активное участие в антиарабских восстаниях, прокатившихся в странах Средней Азии и Закавказья в VII–VIII веках, имеются также сведения о том, что царь Отрара (Фараба) числился среди врагов халифа Мамуна и находился в оппозиции к халифату. Дух этой борьбы был еще значительно силен и в эпоху самого Фараби, что, без сомнения, оказало определенное влияние на формирование мировоззрения будущего ученого. Известно также, что прежде чем Фараби прибыл в Багдад, он побывал в Шаше и Самарканде, учился и работал в Бухаре, а также посетил многие города Ирана (Исфахан, Хамадан, Рею (Тегеран) и др.). Более того, прибыв в Багдад, Фараби не смог вынести обстановку исламского террора и преследования инакомыслия, в связи с чем был вынужден покинуть этот город. О смерти Фараби существуют две версии. Согласно одной, он умер естественной смертью в Дамаске, согласно второй — был убит вооруженными бандитами в степи. Погребение Фараби происходило без участия духовенства и совершения молитв (по мусульманскому закону, погребение происходит при непосредственном участии духовных лиц), это указывает на то, что духовенство объявило Фараби еретиком. Этот факт подтверждается и другими материалами, хотя отдельные мусульманские авторы стремятся представить Фараби апологетом ортодоксального ислама и «реабилитировать» его в качестве правоверного мусульманина. Все эти сведения о Фараби характеризуют его отнюдь не как приверженца ислама, и уж тем более не как манихея, а говорят о его явной принадлежности именно к маздаяснийской вере и зороастрийской религии.