Одновременно с Туполевым было арестовано большинство его ближайших помощников: В. М. Петляков, Д. С. Марков, С. П. Королев, Н. И. Базенков, А. М. Изаксон, Б. М. Кондорский, К. В. Минкнер, В. М. Мясищев, А. В. Надашкевич, Л. Л. Кербер, А. И. Некрасов, Е. И. Погосский, А. И. Путилов, Б. А. Саукке, Б. С. Стечкин, А. М. Черемухин, десятки других видных авиационных специалистов и конструкторов. Многие крупные авиационные специалисты, в частности В. С. Егер, считали, что неспособность советской промышленности модернизировать и «довести» некоторые типы самолетов к началу войны (в частности СБ, И-185) была связана с волной репрессий, обрушившейся на цвет отечественного самолетостроения.
Большинство из нас — дети своего времени, и многие официальные лица тогда считали Туполева виновным. Начальник ВВС Я. И. Алкснис, в частности, писал Ворошилову, говоря о низком уровне производственной культуры в авиационной промышленности: «Теперь ясно, что все это было маскировкой преступных сознательных действий врагов народа — вредителей: Туполевых, Марголиных, Беленковичей, Тухачевских, Лавровых и иже с ними“».
«Наконец-то свалили „Дуба“», — комментировал арест Туполева В. П. Чкалов.
«Для ликвидации последствий туполевщины и превращения завода в активно действующий центр самолетостроения…» — писал в июле 1938 года нарком оборонной промышленности M. M. Каганович председателю Комитета обороны при СНК СССР В. М. Молотову.
Количество «закладных» на А. Н. Туполева было до смешного велико, и насколько сопоставимо с масштабом его огромной фигуры, настолько ничтожно по своей сути.
«Наиболее пагубным изо всех бедствий, какие принесли с собой те времена, было то, что даже виднейшие из сенаторов не гнушались заниматься сочинением подлых доносов, одни явно — многие — тайно», — доводит до нас в своих «Анналах» Тацит, говоря об обстановке в Римской империи (I век н. э.), только что сменившей Республику.
Разные люди: и специалисты, и чиновники, и энкавэдэшники, и анонимщики ставили ему в вину затруднения с каждым большим самолетом, работы над которым хоть как-то велись в СССР:
«Вредительская позиция Туполева не позволила довести до производства самолет АСК…»
«Туполев… систематически создает препятствия для создания самолета „Сталь-5“…»
«Необходимо отметить вредительскую деятельность Туполева при работе над тяжелым бомбардировщиком К-7…»
«Используя положение главного инженера ГУАП, затруднял выбор решений при проектировании ЦКБ-30 (ДБ-3)…»
Еще одной причиной недоверия, а порой и ареста крупных инженеров и ученых был тезис об их «буржуизации» в ходе социалистического строительства, обсуждавшийся высшим партийным руководством страны, который было трудно оспорить, и было решено парировать идеологически.
Здесь же звучали требования об ответственности творцов инженерной науки, а учитывая недостаточную образованность руководства страны, запуганность, зависть, а порой и скрытый протест Академии наук и части инженерного корпуса, эти требования порой были обоснованны. Можно еще раз вспомнить «пушки Курчевского», накануне войны поглотившие гигантские силы и ресурсы, но так и не сделавшие по врагу ни одного выстрела. Надо ли говорить, что в таком тонком и сложном деле, как авиастроение, ошибки неизбежны. «Приговор суда — памятник эпохе», — говорил великий русский юрист А. Ф. Кони.
После ареста Туполева во главе Первого главного (авиационного) управления Народного комиссариата оборонной промышленности был поставлен С. В. Ильюшин. Сознавая, что каждый неверный шаг может привести его «в места не столь отдаленные», Сергей Владимирович действовал предельно осторожно, со многими подстраховками.
Из Первого управления Наркомата оборонной промышленности СССР был образован Наркомат авиационной промышленности (НКАП) СССР, во главе которого был поставлен M. M. Каганович. В январе 1940 года Политбюро ЦК ВКП(б) приняло постановление «О работе Наркомата авиационной промышленности», направленное на скорейшую разработку новых образцов боевых самолетов и сокращение сроков перехода к их массовому производству. Количество авиационных научно-исследовательских и опытно-конструкторских организаций увеличилось с девяти до двадцати.
M. M. Кагановича 10 января 1940 года сняли с поста наркома и назначили директором завода № 24 в Казани. В 1941 году, когда начали разбирать причины неготовности ВВС к войне, он застрелился.
На пост наркома был назначен 36-летний А. И. Шахурин, имевший высшее экономическое образование, но активно работавший по партийной линии. Был секретарем комитета комсомола, секретарем парткома на заводе № 1 «Авиахим». Первым секретарем Ярославского (с 1938), а с 1939 года — Горьковского обкомов ВКП(б). После окончания института он работал на авиационном заводе, а, будучи призван в армию, в 1933–1938 годах служил в научно-исследовательском и учебном отделах Военно-воздушной академии имени H. E. Жуковского. На пост наркома был назначен с должности Первого секретаря Горьковского обкома ВКП(б).