Рациональная организация труда на научной основе виделась одной из главных задач советской власти. Уже в начале 1920-х годов в стране насчитывалось более пятидесяти научно-исследовательских учреждений (!) по проблемам организации труда. Ведущее место занимал Центральный институт труда, возглавлявшийся А. К. Гастевым. Специальные отделы и лаборатории были созданы при ВСНХ, ряде наркоматов и заводов. В 1923 году был образован Совет по научной организации труда во главе с В. В. Куйбышевым. Все эти научные организации, естественно, выступали с многочисленными научными трудами, не проверенными, как правило, на практике. Один из таких трудов, ранее отчасти нашедший отражение в трудах европейских мыслителей (А. Шопенгауэр, Ф. Ницше, З. Фрейд, Р. Штайнер), устанавливал обратно пропорциональную зависимость между творческой и сексуальной активностью. Из выводов следовало: чтобы поднять творческую активность талантливых мужчин, надо оторвать их от женщин… «Ласки женщины обрекают Музу на исчезновение и смягчают суровую твердость работника», — писал Бальзак.
В заключение попадали прежде всего яркие личности, участвовавшие в конструкторских дебатах и расчетах, часами простаивавшие с карандашами у кульманов, настойчиво, вопреки возможностям и пожеланиям, искавшие необходимые решения. Среди них А. Н. Туполев, Н. Н. Поликарпов, В. М. Петляков, С. П. Королев, В. М. Мясищев, Р. Л. Бартини… Конструкторы, наделенные скорее организационным талантом, такие как С. В. Ильюшин, П. О. Сухой, А. С. Яковлев, оставались на свободе.
Туполеву и арестованному в то же время Петлякову формально было предъявлено не выдерживающее критики обвинение в организации и руководстве «русско-фашистской партией», ставившей своей задачей вредительство в авиапромышленности. Кроме того, Туполев был объявлен французским шпионом, завербованным еще в 1924 году и передававшим сведения о новых советских самолетах на запад: Денену — министру авиации Франции в те годы, и даже Вилли Мессершмитту.
Первоначально Туполев находился в Бутырской тюрьме, в камере 58, «на запугивании». Под угрозой ареста родных он «сознался», что являлся французским шпионом. 29 апреля 1938 года член-корреспондент АН СССР А. Н. Туполев был исключен из состава академии общим собранием. В августе 1938 года еще не осужденного официально Туполева перевели из Бутырской тюрьмы в подмосковный дачный поселок Болшево, где в лесу, за забором с вышками, размещалось ЦКБ № 29 (так называемая шарага).
Когда Туполева доставили в Болшево, там работали группы зэков-авиационщиков: известные конструкторы В. М. Петляков, В. М. Мясищев, Р. Л. Бартини, И. Г. Неман, вооруженец А. В. Надашкевич, моторист К. В. Минкнер [47], многие сотрудники Туполева по ЦАГИ… Вскоре авиационная часть болшевской шараги была переведена в Москву…
Заочный суд над Туполевым и его соратниками состоялся лишь в мае 1940 года. Почти все получили по десять лет и по пять лет поражения в правах.
«Нет, меня не били, только подолгу держали на стойке, а ведь мне тяжело, я грузный. Стоишь, а следователь бубнит свое: „Пиши, б…, кому ты продал чертежи?! Сколько тебе заплатили? Пиши, не стесняйся, твои дружки Архангельский, Сухой, Петляков, Мясищев давно раскололись и продали тебя. Один ты упорствуешь, колись, самому легче будет“… Стоишь и думаешь: „Прости им, Боже, ибо не ведают, что творят“», — писал, ссылаясь на слова Туполева, Л. Л. Кербер.
«Хитроумные» следователи угрожают Туполеву, что если он не признается, не возьмет на себя предъявленного обвинения, то жену его также отправят в лагерь, а малолетних сына и дочь — в детские дома. Туполев «признался». Хотя, возможно, после ареста ему были открыты все карты.
Была арестована для дознания и супруга Юлия Николаевна. Некоторое время она провела в камере предварительного заключения, ее допрашивали. Конечно, это было тяжелое испытание, наложившее отпечаток на всю ее жизнь. Именно там, в тюрьме, Юлия Николаевна стала заядлой курильщицей, что в конце концов стало причиной ее серьезных проблем со здоровьем и горестного недовольства Андрея Николаевича, активно неприемлющего «курежа». На протяжении всей их совместной жизни Юлия Николаевна, однако, никогда не курила в присутствии супруга.
Следствие по делу Туполева было закончено в апреле 1938 года, он был переведен в Болшево, в ЦКБ № 29, располагавшееся в бывшей трудкоммуне ОГПУ. Этот лагерь был своего рода сборно-распределительным пунктом для арестованных специалистов. Отсюда их направляли по тюремным НИИ и КБ — шарагам.
Территория Болшевского лагеря занимала большой массив соснового бора, огороженного глухим забором с колючей проволокой. На территории лагеря помимо хозяйственных построек располагались три больших здания — «барака». Один был спальным корпусом, второй, оборудованный столами и кульманами, рабочим зданием и третий — столовой.
М. Б. Саукке, ссылаясь на воспоминания сотрудника А. Н. Туполева А. П. Алимова, пишет: