Однако в отличие от других государственных лидеров, ставших в разное время жертвами США, Фидель Кастро мягкотелостью не страдал, принципов «непротивления злу насилием» не исповедовал, и послушно ждать, когда американцы его свергнут, отнюдь не собирался. Пока ЦРУ готовило свою операцию, руководитель революционной Кубы спешно укреплял свои вооружённые силы и спецслужбы. Неоценимую помощь в этом оказывал ему Советский Союз, начавший поставки оружия и направивший на «остров Свободы» военных советников.
В результате этого Биссель вынужден был расширить масштабы операции. Если первоначально она планировалась как тайная диверсионная акция, то теперь должна была стать полномасштабной полувоенной операцией. Количество задействованных в ней боевиков было увеличено до нескольких сотен, через подставных лиц были закуплены несколько лёгких бомбардировщиков B-26. Поскольку самолёты этого типа состояли на вооружении многих стран, в том числе и Кубы, их участие во вторжении планировалось объяснить тем, что кубинские ВВС якобы восстали и перешли на сторону антикастровских сил.
Предполагалось, что к началу операции Кастро будет убит. 21 июля Биссель поинтересовался у одного из инструкторов, сможет ли его недавно завербованный агент взять на себя задачу «возможного устранения трёх ведущих руководителей» кубинской революции (имелись в виду Фидель и Рауль Кастро, а также Че Гевара).
С целью организации убийства Фиделя Кастро ЦРУ установило контакт с кубинской мафией. Поскольку Кастро закрыл в Гаване все казино и выгнал с Кубы всех мафиози, последние были кровно заинтересованы в «освобождении» родного острова от гнёта «коммунистической тирании», справедливо полагая, что установление там свободы и демократии автоматически гарантирует возрождение их прибыльного игорного бизнеса. Тем не менее, все попытки ЦРУ «убрать» вождя кубинской революции оказались безуспешными.
Однако пока шла подготовка к вторжению, в США успел смениться президент. На состоявшихся в конце 1960 г. выборах победил Джон Кеннеди. Ссылаясь на решения предыдущего президента и давя на нового хозяина «Белого дома» своим немалым авторитетом, Даллес добился от него согласия на проведение операции против Кубы. Как явствует из ставших известными впоследствии документов, при этом шеф ЦРУ не остановился перед прямой дезинформацией главы государства.
Во-первых, от руководства США всячески скрывалась информация о реальной боевой мощи кубинской революционной армии. Во-вторых, чуть ли не вдвое была преувеличена численность сколоченной ЦРУ бригады эмигрантов. В действительности в операции приняло участие около 1400 человек, но нумерация наёмников начиналась с номера 2500, чтобы создать впечатление массовости. В-третьих, президента умышленно вводили в заблуждение на предмет прочности кастровского режима и всячески убеждали в том, что стоит только высадить десант, как он сразу рухнет.
Поскольку, несмотря на всё это, Кеннеди продолжал сомневаться в успехе операции, чтобы вынудить его прекратить колебания и сделать окончательный выбор, руководство ЦРУ инспирировало ультиматум со стороны брата посла Гватемалы в США, являвшегося владельцем кофейной плантации, на территории которой находился центр подготовки кубинских наёмников. Плантатор требовал, чтобы кубинцы покинули его владения к концу апреля 1961 г. В этом случае, как объяснил Даллес президенту, наёмников придётся переправить в США, где они разбегутся и их невозможно будет снова собрать, а информация о вторжении неизбежно вылезет наружу.
Убеждённый этими аргументами, Кеннеди разрешил начать операцию. Однако 12 апреля 1961 г., накануне её начала, он созвал пресс-конференцию, на которой заявил, что: «Вооружённые силы Соединённых Штатов Америки ни при каких обстоятельствах не начнут интервенцию на Кубу».
Вторжение на Кубу началось утром 15 апреля. Из Никарагуа вылетело восемь бомбардировщиков В-26, пилотируемых американскими лётчиками, которые должны были уничтожить авиацию революционной армии. Акция была оценена руководством ЦРУ как успешная, однако в действительности же кубинской авиации был причинён очень незначительный ущерб.
В это время девятый B-26 прилетел в Майами, где его пилот, продемонстрировав изрешечённый пулями корпус, рассказал придуманную ЦРУ легенду о восстании кубинских ВВС. Однако эта версия была столь явно шита белыми нитками, что правда практически сразу всплыла наружу, после чего США предстали перед всем миром в неприглядной роли агрессора.