Победа при Рафии спасла Египет от вторжения: она отмечалась с особым размахом. Птолемей IV принес в жертву Гелиосу, греческому богу-солнцу, который соответствовал великому египетскому солярному богу АмонуРа, четырех слонов и повелел возвести бронзовые статуи этих животных, дабы увековечить память о беспримерном жертвоприношении. Но каким бы обоснованным ни было это ликование, в нем таились пагубные для лагидской монархии последствия. Роль, сыгранная в этой битве корпусом туземных солдат, позволила египетскому крестьянству осознать свою силу перед царскими чиновниками и греко-македонскими колонистами. Поскольку начиная с последних лет царствования Эвергета по не вполне ясным причинам финансы и экономика Египта переживали кризис, бремя налогов стало особенно тяжелым, и феллахи ответили на это неподчинением, неповиновением и даже в некоторых местах вооруженными бунтами, в которых участвовали солдаты, воевавшие при Рафии. Эти явления, которые мы не можем детально проследить, очень быстро приняли хронический характер и с тех пор стали типичны для лагидского Египта. Полибий уже совершенно осознанно отмечает, что привлечение коренного населения в царские войска при Рафии было необходимо в тот момент, но оно создало большие проблемы в будущем. Через сто лет после победы, в 207–206 годах до н. э., Верхний Египет, традиционно недоверчивый по отношению к центральной власти, сосредоточенной в Дельте, отделился, его возглавили правители нубийского происхождения. Он оставался автономным до 186 года до н. э., лишив, таким образом, Александрию ресурсов, которые она получала с южных территорий и от торговли с Нубией и регионами Верхнего Нила. Все эти волнения только усугубили экономические и финансовые трудности страны, которая в какой-то мере и так страдала от пагубных для ее торговли с Западом последствий 2-й Пунической войны. Мы можем отметить, что примерно с 210 года до н. э. ограничивается хождение серебряной монеты, что указывает на дефицит этого металла, а для внутреннего оборота в большом количестве чеканится медная монета. Таким образом, обнаружилось, что изобилие ресурсов, облегчавшее деятельность первых трех Птолемеев, начинает сокращаться в правление Птолемея IV; это уменьшение свободных средств отразилось на дальнейшей политике Лагидов.
Сражение при Рафии имело еще одно важное последствие: чтобы обеспечить себе лояльность в массе коренного населения, царь начал демонстрировать повышенный интерес к исконным храмам и их жречеству. Существует любопытный документ — так называемая «пифомская стела», на которой высечен в трех вариантах (греческим, иероглифическим и демотическим письмом) текст царского указа, созывающего в Мемфисе собрание египетских жрецов для организации празднеств в честь победы при Рафии. По случаю этих собраний царь предоставлял представителям местных культов различные льготы, земельные дарения и налоговые привилегии, чтобы снискать расположение жреческого класса. В это же время распространяется обычай правителей-греков брать себе титул фараона, и их теперь изображают в традиционном образе фараонов. Конечно, это не изменило глубоко греческого характера лагидского двора, менталитета и образа жизни государей, но это были явные формальные уступки традициям Древнего Египта, сделанные под давлением необходимости.
Пока Филопатор и его министр Сосибий были заняты решением своих внутренних проблем, Антиох, несмотря на поражение, почувствовал, что ему ничто не мешает восстановить свою власть в не подчинявшихся ему регионах империи. Объединевшись с Атталом I, который беспрерывно вел борьбу с Ахеем в Малой Азии, он начал с того, что отвоевал у своего двоюродного брата селевкидские владения за Тавром. В результате военных действий, длившихся четыре года, Ахей, окруженный в крепости Сард, своей столицы, был захвачен в 213 году до н. э.: он был подвергнут жестокой казни, которую предусматривали для бунтовщиков ахеменидские традиции. Хотя Аттал использовал эту ситуацию, чтобы восстановить свое царство, Антиох достиг своей главной цели в Антиохии. Тогда он обратился к своим восточным провинциям, в которые рассчитывал вернуть власть Селевкидов, чего не смог сделать его отец Селевк II.