Прежде всего он обманул Бесса, поджидавшего его у перевалов Гиндукуша, и преодолел опасные хребты через проход, расположенный восточнее. Благодаря этому обходному маневру он получил всю Бактрию, которую Бесс вынужден был оставить, чтобы укрыться в Согдиане. Александр в свою очередь перешел Оке, и вельможи Согдианы, чтобы умилостивить завоевателя, выдали ему Бесса, преданного своими приближенными, так же как сам он когда-то предал Дария. Александр подверг его суду и пыткам как предателя своего государя: по восточным обычаям Бессу отрезали нос и уши, после чего он был отправлен на казнь в Экбатаны и там распят. Тем временем царь дошел до Яксарта, заняв Самарканд, и на берегу реки основал самый северный из носящих его имя городов — Александрию Эсхату (Дальнюю) на месте нынешнего Ленинабада, или Ходжента. Конница саков не помешала ему перейти на северный берег под прикрытием катапульт, сосредоточенных для этой операции на южном берегу, — первое применение тактики массированного удара метательных машин против кавалерии. Соглашение, заключенное с саками после этой атаки, позволило Александру вернуться назад в Согдиану, чтобы подавить мятеж, вспыхнувший в его тылу. Он перезимовал в Бактрах и с этого момента начал усиливать свою армию азиатскими контингентами.
В 328 году до н. э. были проведены различные операции, направленные на поддержание порядка: как против набегов степных кочевников, так и против очагов сопротивления, которые нужно было погасить по разным регионам Согдианы. В перерывах между этими кампаниями Александр развлекался охотой и традиционными для греков длинными ночными трапезами с их непринужденными беседами. Во время такого пьяного пиршества один из его самых любимых друзей, Клит Черный, разгоряченный вином, стал задирать царя оскорбительными речами, обвиняя его в установлении новых порядков, которые не понравились бы его отцу. Александр, поначалу, сохранявший хладнокровие, в конце концов не сдержался, выхватил у стражника копье и, поскольку Клит, несмотря на попытки товарищей его остановить, продолжал произносить дерзкие слова, пронзил его одним ударом. Это проявление гнева, чем бы он ни оправдывался, сильно потрясло царя, и он впал в глубокую меланхолию, отказывался несколько дней от еды и винил себя в убийстве друга, который спас ему жизнь в битве при Гранике. Ему потребовалось несколько недель, чтобы преодолеть этот духовный кризис.
В этом ему помогли проблемы завоеванных территорий, требовавшие его вмешательства для отражения новых нападений и подавления последних мятежных крепостей. Александр уже захватил несколько орлиных гнезд в горах Согдианы: в разгар зимы, в январе 327 года до н. э., он отправился в новый поход против одной из этих крепостей, расположенной на почти неприступной скале и занятой войском местного князя Оксиарта, который укрывал там свою семью. Македоняне взобрались на гору, утопавшую в снегу, и крепости пришлось сдаться. Среди захваченных в плен была дочь Оксиарта — Роксана. Из политических соображений, а также, возможно, влюбившись, Александр решил взять ее в жены: этот брак не только сулил присоединение мятежных вельмож, он показывал желание завоевателя сохранить равный баланс между македонянами и азиатами как на службе государства, так и при раздаче царских милостей. Это было наглядно продемонстрировано Александром, когда он назначил сатрапом крупной провинции Мидии перса Атропата, который исполнял эту же должность при Дарии.
Эти назначения вызывали ревность в среде македонян. Они также не одобряли новых этикетных правил, в частности введения