Вторым после дворянства по влиянию сословием в Грузии было духовенство. Разумеется, Цицианов осознавал необходимость установления с ним добрых отношений, а также использования авторитета священнослужителей для поддержки мер правительства. Задача эта оказалась не из простых. Некоторые пастыри по своим нравам мало чем уступали буйным князьям. Вот например: «…При совершении обряда погребения архиепископа Самтаварского и Цилкианского Иоанна по случаю спора за место между протоиереем Соломоном, церкви ведомства католикоса, и протоиереем же первого здешнего собора, Сион именуемого, — когда митрополит Арсений, первенство обряда сем занимавший, настаивал, чтобы первый уступил место последнему, то от сего произошла ссора, сопровождаемая дракой между митрополитом и протоиереем Соломоном, который, не могши удержать своего места, ушел из собора. По возвращении же из церкви митрополита Арсения несколько вооруженных людей разбойнически напали на него дорогой и ранили его и нескольких его служителей, и что по замечанию его, люди сии должны быть дети помянутого протоиерея Соломона и служители католикоса и обеих цариц…»[362]В царствование Александра I такая скандальная хроника попадала в рапорты на высочайшее имя только в тех случаях, когда до царя доходили известия о чем-то вопиющем и монарх желал узнать подробности для определения меры наказания. Цицианов же отправил рапорт 10 февраля 1803 года без запроса из столицы. Можно предположить, что главнокомандующий готовил почву для вмешательства в дела Грузинской церкви: коронная власть не могла оставить без внимания то, что видные посты в ней занимали люди, не стеснявшиеся устраивать потасовку прямо в церкви, да еще во время службы. Нападение же на митрополита Арсения вообще выходило за всякие рамки.
Одной из бед Грузинской церкви была ее бедность. Недостаток средств на содержание храмов и даже на пропитание испытывали не только сельские священники, но и главы епархий. В этой связи еще в 1801 году Александр I выступил за уменьшение числа «высоких духовных званий». Одним из шагов на этом пути было слияние малолюдных епархий. Однако после смерти главы Цилкианской епархии католикос Антоний не упразднил ее, не слил с соседней епархией, а передал в управление своему родственнику. Рассыпая в письме католикосу почтительные слова, Цицианов одновременно в жесткой форме потребовал беспрекословного выполнения царской воли[363]. Для того чтобы улучшить состояние церковных зданий, обогатить их убранство, Цицианов 18 февраля 1804 года потребовал от католикоса Антония обратить на это доходы от продажи восковых свечей, ранее являвшиеся доходом священнослужителей, и запретить с 1 апреля торговлю свечами вне церкви.