В эпохи Сун и Юань ряд крупных медиков оставили потомкам свои труды, в которых также упоминается о древних методах цигунотерапии. Среди них Лю Хэцзянь, занимавшийся методами «пестования жизни». Он считал, что «ведение и привлечение ци», «циркуляция ци», «проглатывание слюны», «внутреннее созерцание» являются инструментами приведения к гармонии Инь и Ян, «орошения» внутренних органов. Чжан Цзыхэ практиковал метод «выделения пота» для лечения заболеваний, возникающих от «ветра и холода», поскольку, как он полагал, в таких случаях болезнь коренится в коже и энергетических каналах, а «ведение и привлечение ци» он считал одной из разновидностей метода «выделения пота». Ли Дунъюань в своих трудах рекомендовал для лечения ряда болезней «успокоить сердце, сидеть в покое и пестовать ци», сочетая это упражнение с применением китайских медикаментозных средств. Чжу Даньси тоже предлагал «лечить застой ци, вызывающий атрофию, потерю сознания, озноб и жар, с помощью ведения и привлечения ци». В эту эпоху появилось большое количество литературы, посвященной вопросам «пестования жизни». В эпохи Сун и Юань благодаря большому вниманию к развитию цигун со стороны правящей элиты и изобретению книгопечатания, казалось бы, утерянные в периоды войн и смут письменные памятники по вопросам цигун были не только восстановлены, но и значительно обогащены и систематизированы. Один за другим появились новые труды, обеспечившие прорыв в развитии цигун.
Период правления династии Мин (1368–1644 гг.) стал временем еще большего распространения цигун: было издано огромное количество соответствующей литературы, дальнейшее развитие получили теория цигун и практические методы, было написано беспрецедентное количество трудов по медицине, затрагивающих проблемы цигун. Каждый из них отличался оригинальностью. Например, Чжан Цзинъюэ в своих трудах отмечал важную роль «ведения и привлечения ци», «регулирования дыхания» в процессе «пестования жизни». Ли Шичжэнь, касаясь вопросов связи цигун с энергетическими каналами, подчеркивал большое значение «внутреннего созерцания». Гун Цзючжун разработал «продлевающий жизнь ключ из шести иероглифов», где впервые рекомендовано использовать «метод шести иероглифов» в увязке с временем года и соответствующими внутренними органами. Кроме того, им было предложено большое количество простых, доступных и в то же время весьма эффективных методик.
Среди трудов по цигун, появившихся в эпоху династии Мин, можно назвать и «Сючжэнь яоцзюэ» Ван Цая, «Лэйсю яоцзюэ» и «Яншэн даоиньфа» Ху Вэньхуана, «Фанху вайши» Лу Цяньсюя, «Ваньшоу сяныпу» Ло Хунсяна, «Цзиньдань яоцзюэ» У Чунсюя и массу других. Например, работа «Цзуныпэн бацзянь», отличающаяся разнообразием и богатством собранных сведений, была в 1884 году переведена на английский язык и с интересом встречена на Западе. В книге Юань Ляофаня «Цзинцзо яоцзюэ», выдержанной в духе воззрений чань-буддизма, дается довольно четкое комплексное объяснение «сидению в состоянии покоя». Большую роль в развитии цигун сыграла книга Ли Тина «Исюэ жумэнь», в которой обосновывается необходимость сочетания динамических и статических упражнений, что предотвращает появление «отклонений» и способствует повышению эффективности занятий. Особо следует отметить труд, составленный Сюй Чуньну, – «Гуцзинь игун дачжуань», в котором обобщен и систематизирован положительный опыт различных школ, накопленный в области «пестования жизни», включая цигун.
Уже в эпоху династии Цин (1644–1911 гг.) Шэнь Цзиньао в книге «Цзабин юаньлю сичжу» описал применение метода «ведения и привлечения ци» для лечения более чем сорока шести различных заболеваний, справедливо полагая, что методы, способствующие продлению жизни, вполне применимы для лечения болезней. Ван Кэньтан в книге «Люкэ чжэнчжи чжуныпэн» на основе собственного практического опыта разработал методику лечения глаукомы с помощью цигун. Ли Чжунцзы, живший в конце эпохи Мин, написал несколько книг по основам медицинских знаний, которые были весьма популярны и после его смерти, это: «Нэйцзин чжияо», «Ицзун биду» и др. В книге Гун Тимсяня «Шоуши баоюань» содержится оригинальный взгляд на важность дыхания и описываются различные способы овладения им. Автор рекомендует применять «метод шести иероглифов» в сочетании с методом «проглатывания слюны», а также больше набирать «чистой ци» и меньше удалять «грязной ци», что способствует сохранению ци внутренних органов.
Говоря о периоде династии Мин, следует упомянуть еще один капитальный труд – «Цюаньдао цзан», состоящий из 5486 разделов, значительная часть из которых посвящена проблематике цигун. Именно благодаря этому сборнику многие древние первоисточники сохранились и дошли до нас.