Поступок Шуйских с Воронцовым был последним безнаказанным боярским самовольством: 29 декабря 1543 года Иоанн велел схватить первосоветника боярского, князя Андрея Шуйского, и отдать его псарям. Псари убили его, волоча к тюрьмам. Советники и пособники его, по приказу великого князя, были схвачены и разосланы из Москвы. Молодой сокол расправлял свои крылья. Бояре были ошеломлены. «С тех пор — говорит летопись — начали бояре иметь к государю страх и послушание». У Иоанна были, конечно, советники, направлявшие его волю и внушавшие ему уверенность в себе и решимость действовать самостоятельно. То были его дядья с материной стороны: Юрий и Михаил Васильевичи Глинские. Погубив Шуйского, они захватили теперь правление в свои руки. Опалы следовали за опалами. Много бояр поплатились за своё властолюбие, за неумение угодить Глинским: одних выслали в ссылку, иных казнили, а Афанасию Бутурлину отрезали язык за «невежливые» слова.
В мае 1546 года, когда Иоанну было уже 16 лет, случилось следующее происшествие. Великий князь отправился с войском в Коломну по вестям, что крымский хан идёт к этим местам. Однажды Иоанн, выехав погулять за город, был остановлен новгородскими пищальниками (их было человек с 50), которые стали о чём-то бить ему челом. Он не расположен был их слушать и велел отослать. Не известно, как посланные великим князем исполнили его приказание. Известно только то, что пищальники начали бросать в них колпаками и грязью. Тогда Иоанн отправил отряд дворян своих прогнать пищальников. Но последние стали сопротивляться и дворянам. Дворяне вздумали употребить силу. Пищальники начали биться ослопами и стрелять из пищалей. С обеих сторон осталось на месте человек по пяти или по шести. Государь не мог этим местом проехать к своему стану и принуждён был избрать окольную дорогу. Иоанн встревожился, им овладело подозрение, и он велел дьяку своему, Василию Захарову, проведать, по чьей науке пищальники осмелились так поступить, потому что без науки, без постороннего внушения этого, по его мнению, случиться не могло. Захаров донёс, что пищальников подучали бояре — князь Кубенский и двое Воронцовых. Великий князь поверил Захарову и в великой ярости велел казнить Кубенского и Воронцовых. Курбский так характеризует Кувенского: «Муж зело разумный и тихий в совершенных уже летах». Летописцы говорят, что дьяк оклеветал бояр.
В правление Шуйских правосудие в московском государстве находилось в жалком состоянии. Если пограничные области были опустошаемы казанцами, то внутренние области, по свидетельству современника (Курбского), не менее страдали в это время от наместников. Летописец говорит о псковских наместниках, Андрее Шуйском и Репнине-Оболенском: «Были эти наместники свирепы, как львы, а люди их, как звери дикие, до христиан, и начали поклепцы добрых людей клепать, и разбежались добрые люди по иным городам, а игумены честные из монастырей убежали в Новгород. Князь Шуйский был злодей... поднимал он старые дела, правил на людях по сту рублей и больше, а во Пскове мастеровые люди, все делали на него даром, большие же люди давали ему подарки». Андрей Шуйский разорял требованием большого числа подвод для своих людей, ездивших к нему из его деревень и обратно. Каждый его слуга, под защитою имени своего господина, позволял себе всякого рода насилия.
В правление Бельского и митрополита Иоасафа начали давать губные грамоты всем городам большим, пригородам и волостям. По этим грамотам жители получали право самосуда, то есть право избирать своих судей и наказывать преступников («лихих людей») независимо от наместников и других государственных чиновников. «И была христианам радость и льгота большая от лихих людей, от поклепцов, от наместников, от их недельщиков и ездоков, которые по волостям ездят... Злые люди разбежались, стала тишина». Суд и расправа по этим грамотам производились над лихими людьми на месте избранными головами, и затем обо всём этом только давалось знать в Москву тем боярам, которым разбойные дела приказаны.
Неурядица, последовавшая за смертью великой княгини Елены, заставила бежать из Москвы архитектора Петра Фрязина, который выехал из Рима при великом князе Василии, принял православие, женился в Москве и получил поместья. В 1539 году он был отправлен укреплять новый город Себеж, воспользовался этим случаем и пробрался за границу, в Ливонию. На вопрос дерптского епископа, что заставило его бежать из Москвы, Пётр отвечал:
Что же делалось во всё это время во внешних сношениях московского государства? Рассмотрим прежде всего дела крымско-казанские.