Церковные преобразования проводились Никоном в страшное время. Всё церковное здание было донельзя расшатано, а вместе с ним шаталась и вся Российская держава. Всего за три десятилетия до того с великими трудами и большой кровью утихомирили Смуту. Россия, разоренная, ослабевшая, принялась зализывать раны, но от бунта отстала только потому, что сил для нового большого мятежа не оставалось. Слишком уж тяжелым оказалось для народа это кровопускание. Общественное единство пребывало в руинах. Государство, пытаясь восстановить армию и административный аппарат, а потом отбить утраченные земли, выжимало все соки из городов. Те в ответ то и дело вспыхивали восстаниями. Придорожные чащобы наполнились разбойничьими шайками. Законодательство утвердило убийственно жестокие меры, направленные против всякого «скопа», «заговора» и бунтарского «воровства» — как тогда говорили. Но мятежный дух бродил в обществе и никак не успокаивался. Авторитет Церкви пал низко. Нищий приходской поп тут и там оказывался малограмотным, пьянчужкой, лентяем, а прихожане отлично помнили, как в лихую годину безнаказанно куражились и над попами, и над архиереями. Патриарха Иова — самого патриарха! — свергли бессудно, а патриарха Гермогена уморили в заточении. Где тут ожидать кротости в отношении простого священника, требующего от паствы соблюдать простейшие церковные нормы?
Дух смуты, дух мятежа переполнял сердца и души — вот в чем суть того времени! Власти чувствовали постоянную угрозу и склонны были карать непокорство с дикой свирепостью… если удавалось с ним справиться.
Невидимое пламя бунта, изнутри сжигавшее душу страны, коснулось и Церкви. Ведь то, что произошло в ответ на реформы, и явилось церковной смутой…
Никон делал важную и правильную работу. Он добился торжественного перенесения мощей святых Ионы, Гермогена и Филиппа, восславив русских святителей и укрепив тем самым авторитет Священноначалия. За мощами святого митрополита Филиппа, пострадавшего от рук опричников, Никон лично плавал на Соловки и чуть не погиб, но доставил драгоценный груз под своды кремлевского Успенского собора… Он требовал церковной дисциплины и железной рукой карал ослушников. Но и это резонно: церковный механизм разболтался до предела, а за этим пределом Церковь ожидал хаос. Никон принялся выжигать поповское пьянство. Греческий архидьякон Павел Алеппский, побывавший в Москве при Никоне, сообщает: «Патриаршие стрельцы постоянно обходят город, и как только встретят священника или монаха нетрезвого, немедленно берут его в тюрьму и подвергают всякому поношению… Замеченные в пьянстве или в нерадивом исполнении пастырских обязанностей ссылались в сибирские монастыри». Кто посмеет упрекнуть главу Церкви за столь ревностное отношение к своим обязанностям? Никон не желал допускать к иерейскому званию непригодных людей. Историк Русской церкви Н. Тальберг писал о нем: «Никон обязывал духовенство читать в церквах поучения, сам усиливая свою ревность в проповедывании. Он требовал от духовенства должного знания св. Писания и церковной службы, христианской жизни, дабы служить примером для пасомых». Патриарх поднимал иноческую жизнь — им основаны Иверская обитель на Валдае, Воскресенский Новоиерусалимский монастырь под Москвой и Кийский Крестный — в Прионежье.
Всё сопротивлялось Никону, всё давалось ему с боем, во всем жил дух отрицания. И он вел себя точно так же, как светская власть: карал, рубил, давил. Никон родился в 1605 году и в зрелом возрасте помнил, наверное, как прокатывался над страной вал бунтовского бешенства. В 1650 году оказался в центре иного мятежного урагана — большого новгородского восстания. Тогда он едва не лишился жизни и, будучи митрополитом Новгородским, принял самое активное участие в усмирении моря людского…
Никон имел очень серьезный опыт монашества. Он несколько лет провел в крайне тяжелых условиях скитского жительства на Анзере, самом северном из Соловецких островов. А потом в великой скудости пустынничал при Кожеозерской обители. Наверное, научился там смиряться и прощать. Но все-таки поступал со своими врагами не кротко и не милосердно. Иначе не мог: знал — смута в сердцах! Чуть поддайся, чуть покажи любовь и прощение, и явятся «скоп», «заговор» и «воровство». Не ответят любовью на любовь, просто почувствуют слабость. Патриарх, таким образом, оказывался заложником своего времени: ему приходилось быть жестоким, потому что иного пути само состояние общества ему не позволяло.