Поздний редактор вычеркнул ссылку на болезнь и внес в текст исправление, из которого следовало, что Годунов ездил к сестре до беседы с патриархом и, таким образом, его отъезд в Новодевичий был заранее согласован с инокиней-царицей. После возвращения в Кремль ничто, казалось бы, не мешало Борису немедленно въехать в царский дворец. Редактор 1599 г. именно так и попытался изобразить дело. Он внес в текст утвержденной грамоты указание на то, что в свой февральский приезд Борис «иде в свои царские палаты». В более достоверном отчете майской редакции грамоты ничего подобного не было 46.. Вместо переселения в Кремлевский дворец правитель вторично удалился в Новодевичий. Постигшая его неудача может иметь лишь одно объяснение: очевидно, новый царь не мог утвердиться на троне без присяги в Боярской думе. После «наречения» в Успенском соборе Годунов ждал верноподданнического ходатайства со стороны официального руководства думы, но его, судя по всему, не последовало.
В начале марта 1598 г. патриарх вновь созвал соборные чины на своем подворье. Майская утвержденная грамота сообщала, что на мартовском совещании Иов обратился с речью «к боляром, и дворяном, и приказным людем», а затем «ко всему сигклиту боляром, и окольничим, и князем, и воеводам, и дворяном, и выборным, и лучшим детем боярским». Позднего редактора этот рассказ не удовлетворил. Он попытался представить дело так, будто мартовское совещание, как и февральское, имело более широкий круг представительства. С этой целью он дополнил текст майской грамоты указанием на то, что патриарх держал речь «ко всем бояром, и дворяном, и приказным, и служилым людем, и гостем» 47. Так, одним росчерком пера редактор 1599 г. сделал московских гостей — представителей третьего сословия — участниками мартовского собора.
Опираясь на постановление мартовского собора, патриарх 15 марта направил провинциальным епископам окружное послание с повелением созвать в главных соборах духовенство, дворян, стрельцов, посадских людей и зачитать им грамоту об «избрании» Бориса, а затем петь многолетие царице — старице Александре (на всякий случай ее имя ставили первым) и Борису во всех церквах «по три дни со звоном». Следом за посланцами патриарха в провинцию выехали эмиссары правителя. Особое внимание патриарх и Годуновы уделили Казанскому краю, где позиции правителя были непрочными. На воеводстве в Казани сидел удельный князь Воротынский — давний противник Бориса. Архиепископскую кафедру занимал Гермоген. Представителем Бориса в Казань выехал боярин князь Ф. И. Хворостинин. Он должен был нейтрализовать влияние Воротынского и привести к кресту казанских дворян, торговых и прочих людей. В Смоленск, Псков и Новгород выехали окольничий князь И. В. Гагин, окольничий С. Ф. Сабуров и думный дворянин князь П. И. Буйносов-Ростовский 48. Эмиссары Бориса явились в провинцию не с пустыми руками. Раздача денежного жалованья дворянам стала немаловажным аргументом в избирательной борьбе.
В течение марта правитель оставался в Новодевичьем монастыре, но все чаще наезжал в свою «вотчину». Во время наездов он «с боляры своими о всяких земских делех и о ратных делех советоваше со всяцем великим прилежанием и, разсуждая люди… добре управляше». Это показание майской грамоты полностью согласуется с фактами. Так, известно, что 19 марта Борис вместе с патриархом и боярами утвердил приговор о временной отмене местничества в войсках, расположенных на крымской границе. В тот же день бояре «по государеву указу» разрешили накопившиеся к тому времени местнические тяжбы. 22 марта Борис утвердил решение об отдаче на оброк земли Антониеву-Сийскому монастырю на Двине и т. д. 49.
После некоторого перерыва Борис вернулся к исполнению функций главы государства, что не могло не сказаться на деятельности всего приказного аппарата. Руководителям приказов, не желавшим лишиться своих постов, волей-неволей приходилось обращаться за решением дел к некоронованному царю. В марте на сторону Бориса перешел государственный печатник и главный думный дьяк В. Я. Щелкалов.
Успехи правителя оживили оппозицию. Бояре осознали, что дальнейшее промедление окончательно погубит их дело. Выступление оппозиции возглавил последний законный душеприказчик царя Ивана Бощан Бельский, которому удалось примирить претендентов на трон и уговорить их действовать сообща. Известия об этом проникли за рубеж. Литовские лазутчики донесли, что в апреле «некоторые князья и думные бояре, особенно же князь Бельский во главе их и Федор Никитич со своим братом, и немало других, однако не все, стали советоваться между собой, не желая признать Годунова великим князем, а хотели выбрать некоего Симеона» 50. Романовы согласились поддержать кандидатуру Симеона, потому что утратили надежду на собственное избрание. Примечательно, что среди инициаторов выступления не было официального главы думы князя Ф. И. Мстиславского. Руководители оппозиции, однако, могли рассчитывать на его сочувствие: Симеон был шурином Мстиславского.