Утвержденная грамота сообщает о единодушном избрании Бориса, но ее показания решительно расходятся с неофициальными данными. В то время как Годуновы собрали собор на патриаршем дворе, Боярская дума провела заседание в Кремлевском дворце. В ходе совещания бояре приняли важное решение, содержание которого передал в своем донесении австрийский посланник М. Шиль, посетивший Москву в сентябре 1598 г. По словам Шиля, едва истекло время траура, бояре собрались во дворце и после прений обратились к народу с предложением принести присягу на имя думы.
Лучший оратор думы дьяк В. Я. Щелкалов дважды выходил на Красное крыльцо и настойчиво убеждал толпу, что присяга постриженной царице утратила силу и теперь единственный выход — целовать крест боярам 37.
Достоверность известия М. Шиля подтверждается источником более раннего происхождения — донесением неизвестного лица из Польши в Англию, датированным июлем 1598 г. и полученным в Англии 3-го августа того же года. Ссылаясь на письма польского гонца из Москвы, автор донесения сообщал, что «супруга покойного великого князя (в Москве. — Р. С.) поставила на управление княжеством своего брата Бориса до тех пор, пока не будет поставлен настоящий князь. Канцлер, наоборот, перед сословиями провозгласил, что Борис еще не утвержден в качестве великого князя и знатные московиты ему противятся; даже некоторые утверждают, что Бориса следует убить» 38. Информация австрийского и польского происхождения совпадает в самом существенном пункте. Против избрания Бориса выступил дьяк В. Я. Щелкалов, за спиной которого стояли «знатные господа» — руководство Боярской думы. Обращение думы, однако, не вызвало воодушевления в народе. Попытка ввести в стране боярское правление провалилась.
В XVI в. ни один Земский собор не функционировал без участия Боярской думы, составлявшей своего рода «верхнюю палату» собора. Низшие соборные чины — представители дворян, приказной бюрократии и посада — могли конституировать свое совещание как государственный орган, только присоединившись к Боярской думе. Именно так учреждался избирательный собор, который начал действовать в январе 1598 г. Однако 17 февраля дума и собор распались на два противостоявших друг другу лагеря. К одному принадлежали Ф. И. Мстиславский, братья Романовы и их родня (Б. К. Черкасский, Ф. Д. Шестунов, И. В. Сицкий), князь И. И. Голицын, оружничий Б. Я. Бельский, печатник В. Я: Щелкалов; к другому — Д. И. Годунов, С. В. и И. В. Годуновы, князь И. В. Гагин, С. Ф. Сабуров, Я. М. Горунов, А. П. Клешнин, думный дворянин И. П. Татищев и др.
Старшие бояре, заседавшие в традиционном помещении Боярской думы во дворце, имели полномочия для руководства избирательным собором. Но их не поддержала добрая половина «младших» бояр и руководство церкви. По донесениям литовской разведки, на стороне Годуновых выступили также стрелецкие командиры и «чернь» 39. Стрелецкие войска несли охрану Кремля, и их поддержка имела весьма существенное значение для годуновского собора. Раскол в верхах создал новую ситуацию в столице. Противоборствующие партии были вынуждены искать поддержку у той самой «черни», которая в обычной ситуации не могла участвовать в царском избрании.
Для думы едва ли не основная трудность состояла в том, что «великие» бояре, решительно отказавшиеся признать права Бориса на трон, никак не могли преодолеть собственные разногласия. Братья Романовы, хотя и унаследовали от отца популярность имени, не смогли сплотить оппозицию. Проект учреждения в стране боярского правления свидетельствовал о том, что ни Романовы, ни Мстиславский не собрали в думе большинства голосов. Отклонение популярных кандидатов и разногласия обрекли думу на бессилие.
Боярскому руководству не удалось заручиться поддержкой столичного населения. Годуновский собор действовал более успешно. 20 февраля его руководители организовали шествие к Борису и Александре в Новодевичий монастырь. Годунов благосклонно выслушал речи соборных чинов, но на предложение занять трон ответил отказом. Со слезами на глазах правитель клялся, что никогда не мыслил посягнуть на «превысочайший царский чин». Мотивы отказа Бориса от короны можно понять. Он хотел покончить с клеветой насчет цареубийства. Чтобы вернее достичь этой цели, Борис распустил слух о своем скором пострижении в монахи. Под влиянием умелой агитации настроение столицы стало меняться.
Патриарх и члены собора постарались использовать наметившийся успех. Они с удвоенной энергией взялись за подготовку новой манифестации. Церковь пустила в ход весь свой авторитет. По распоряжению патриарха столичные церкви открыли двери перед прихожанами с вечера 20 февраля до утра следующего дня. Ночное богослужение привлекло множество народа. Наутро духовенство вынесло из храмов самые почитаемые иконы и со всей «святостью» двинулось крестным ходом в Новодевичий 40. Расчет оказался правильным. Приверженцам Бориса удалось увлечь за собой внушительную толпу.