В соответствии с традицией высший думный чин могли получить лишь люди почтенного возраста. Поскольку Ф. Н. Романов попал в думу будучи молодым человеком, он не сразу вошел в число начальных бояр думы. В списке двора царя Федора 1588–1589 гг. имя Ф. Н. Романова значится одиннадцатым. В то время он уступал «местами» Мстиславскому, Трубецким, Годуновым и Скопину-Шуйскому 43. Однако в самом конце 1589 г., во время похода на Нарву, Ф. Н. Романов получил высокий пост второго дворового воеводы 44. Спустя три года в дипломатических документах Ф. Н. Романов уже фигурировал как один из главных руководителей ближней думы. В 1593 г. грамоты к польской Раде подписали трое ближних бояр — Ф. И. Мстиславский, Б. Ф. Годунов и Ф. Н. Романов 45.
Союз Годуновых с Никитичами сохранялся, по-видимому, до смерти царевны Федосьи в 1594 г. Местнические дела, служившие своего рода барометром политических бурь, очень точно зафиксировали момент, когда влияние Никитичей резко пошло на убыль.
Когда 28 марта 1596 г. Разрядный приказ назначил Ф. Н. Романова вторым воеводой полка правой руки, со всех сторон посыпались местнические возражения. Первым отказался служить с ним Петр Шереметев — дальний родственник Романовых. Но он слишком поспешил. 13 апреля царь Федор велел заковать Петра Шереметева в колодки, вывезти в телеге за посад и послать на службу. Позже челобитчика посадили в тюрьму за дерзость. Но наказание Шереметева не произвело впечатления на других воевод — князей В. К. Черкасского и Ф. А. Ноготкова-Оболенского. Не обладая ни думными чинами, ни заслугами, они наперебой стремились потягаться с двоюродным братом царя. На приеме во дворе князь Ф. А. Ноготков дерзко заявил, что «мочно ему быть больши боярина Федора Никитича, дяди Данила да отца ево Никиты Романовичей Юрьевых». Даже у кроткого царя челобитье Ноготкова вызвало раздражение: «…Данила и Микита были матери нашей братья, мне дяди; и дядь моих… давно не стало; и ты чево дядь моих, Данила и Микиту, мертвых бесчестишь?» Челобитчик попал в московскую тюрьму на «пять ден». Отсидев в тюрьме, Ноготков выехал на службу. Но назначение Ф. Н. Романова, несмотря на заступничество самого царя, было отменено. «…Потому что, — значилось в книгах Разрядного приказа, — государь то по Разрядам сыскал, что князю Федору Ноготкову не доведетца менши быть боярина Федора Микитича Романова» 46.
Поражение Романовых было очевидным. Разрядный приказ получил предписание составить новую роспись, по которой воевода Ф. А. Ноготков был повышен несколькими рангами (второй воевода сторожевого полка стал вторым воеводой полка левой руки), а место второго воеводы правой руки Ф. Н. Романов уступил С. В. Годунову. Новые воеводские начальники показали, что вдохновителями местнической интриги против Романовых были Годуновы.
Со смертью царевны Федосьи отпала кандидатура на трон как для Годуновых, так и для Романовых. Вопрос: «Кто из ближайших родственников бездетного царя возьмет после него корону?» — оставался открытым.
Среди прежних союзников Годунова наибольшим политическим опытом и авторитетом обладал Б. Я. Бельский. Разделавшись со Мстиславским и Шуйским, Борис не спешил с возвращением Бельского из деревенской ссылки. Судя по дворовому списку 1588–1589 гг., регент в то время еще находился «в деревне». Лишь к 1591 г. он получил, наконец, возможность вернуться в столицу 47.
Ссылка не умерила честолюбия Бельского. Он пережил всех прочих опекунов царя Федора, и, следовательно, к нему должны были перейти все те полномочия, которыми Грозный наделил регентский совет. Близкое родство с семьей Годунова давало Бельскому еще один шанс на самое высокое положение в правительстве. Но надежды оружничьего не сбылись. Служебные назначения, полученные Бельским после возвращения в столицу, никак не соответствовали его регентским полномочиям. В 1596 г. Разрядный приказ послал окольничих, думных дворян и воевод «дозирать» засечную черту на южной окраине государства. Как значилось в Разрядных книгах, «пятую засеку дозирал оружничей Богдан Яковлевич Бельский» 48.
Бывший покровитель Годунова не скрывал своего недовольства. Со временем он стал одним из самых опасных противников Бориса.
Сокрушив открытую оппозицию в среде правящего боярства, Годунов прекратил репрессивную политику и стал добиваться примирения с аристократией. В связи с рождением наследницы в царской семье московские власти объявили о прощении заключенных, даже тех, «кои мятеж творили о безчадия благоверный царицы» 49. Общая политическая амнистия имела важное значение. Напомним, что в соборном приговоре о разводе царя с Ириной Годуновой участвовали влиятельные столичные чины.