Проект передачи московского трона царевне Федосье и одному из габсбургских принцев был одинаково приемлемым и для Годунова, и для Щелкалова. Первый рассчитывал играть при дворе племянницы такую хе роль, как и при дворе сестры. Второй полагал, что австрийский царь не сможет управлять незнакомой страной без его помощи. Но Федосья оказалась нежизнеспособным ребенком и умерла в двухлетнем возрасте 31. С ее кончиной рухнул проект династического компромисса, и Борис поспешил отделаться от слишком влиятельного дьяка.
С. Ф. Платонов полагал, что карьеру Щелкалова погубило участие в прогабсбургской интриге, скомпрометировавшее его в глазах Бориса 32. Но такое предположение неосновательно. В тайных переговорах с австрийцами Щелкалов выступал не против Годунова, а заодно с ним. Конфликт между Борисом и Щелкаловым нарастал исподволь, в течение многих лет, но до поры до времени правитель не мог обойтись без услуг главы приказной иерархии.
Современники охарактеризовали канцлера Щелкалова как человека, превосходившего разумом других московитов и отличавшегося к тому же пронырством и лукавством. Дьяк обладал удивительной работоспособностью. Не зная покоя ни днем ни ночью, он работал как вол. В первые годы правления Борис был непрочь польстить Щелкалову и говаривал, что ему прилично было бы служить самому Александру Македонскому, но и весь мир был бы для него слишком мал 33. Щелкалов обладал большим опытом в делах управления и не знал себе равных в искусстве политических интриг. Писатель «смутного времени» дьяк Иван Тимофеев считал Щелкалова наставником Бориса, научившим его «одолевать благородных» 34. В самом деле, поддержка Щелкалова сыграла исключительную роль в момент столкновения Годунова с регентами. Неудивительно, что в первые годы совместного правления Борис заискивал перед худородным канцлером и даже называл его отцом. Для «родословного» дворянина, каким был Годунов, большего унижения трудно было придумать.
Время отставки «великого» дьяка можно определить довольно точно. В апреле 1594 г., во время приема крымского гонца, он в последний раз исполнял обязанности главы Посольского приказа. 30 июля того же года очередной гонец вручил грамоты его брату, Василию Щелкалову 35.
Обстоятельства отставки А. Я. Щелкалова в точности неизвестны. Джером Горсей утверждал, что «дьявольской и ненавистной жизни дьяка был положен самый несчастный конец» 36. Что скрывалось за эпитафией раздраженного человека — смертельного врага Щелкалова, трудно сказать.
Дьяк Иван Тимофеев, многие годы служивший в подчинении у Щелкалова, знал больше Горсея. Но он составил свои записки на склоне лет и многое забыл. Судьба младшего из братьев Щелкаловых явно заслонила в его глазах судьбы старшего. Когда Борис достиг царства, повествует Тимофеев, «клятву же преступив двобратном (Щелкаловым. — Р. С.) и, кроме убивства (т. е. не убивал их. — Р. С.), зло сотворити возможе… обоих, яко же зверь некий обратився навспять, зубы своими угрызну, многолетно бесчестным… житием живот их продолжив, изнутри и отнятием именья лишив» 37. Из рассказа Тимофеева следует, что отставка Щелкалова сопровождалась опалой и конфискацией имущества. Против версии об опале А. Я. Щелкалова как будто свидетельствует тот факт, что его место в думе и в приказах занял В. Я. Щелкалов, его родной брат, который к июню 1597 г. получил думный чин печатника 38. Впрочем, надо учитывать, что в правление Бориса опалы, как правило, носили персональный характер 39. После отставки Андрей Щелкалов прожил еще несколько лет. В 7105 (1596–1597) г. он отказал в Боголюбов монастырь сельцо Сурвоцкое: «А к отписи в Андреево место Щелкалова отец его духовный Пречистые Введенския, что за торгом, поп Федор руку приложил» 40.
С падением А. Я. Щелкалова власть в государстве сосредоточилась в руках правителя Бориса Годунова.
Смерть царевны Федосьи расколола правящий кружок, к которому, помимо Годуновых и Щелкаловых, принадлежали еще и Романовы. Родня царя Федора — Годуновы и Романовы, объединившись вокруг трона, преодолели династический кризис, сопутствовавший утверждению у власти недееспособного сына Грозного. Старший из сыновей Никиты Романовича, Федор, сделал блестящую карьеру еще в то время, когда «завещательный союз» между опекуном Н. Р. Юрьевым и Б. Ф. Годуновым сохранял силу.
Двоюродного брата царя Ф. Н. Романова знали в Москве как красавца и щеголя, человека обходительного и любезного 41. Смолоду Федор Никитич любил псовую охоту. Близко знавшие боярина люди утверждали, что ему был не чужд интерес к западной культуре и европейским новшествам. Принятый в доме боярина англичанин Д. Горсей составил для него славянскими буквами и латинскими словами и фразами род грамматики, которая доставляла ему большое удовольствие 42.