Стремясь завоевать симпатии столичного населения, Шуйский решил потревожить также прах Годуновых. По решению думы и духовенства их тела выкопали из ямы в ограде убогого Варсонофьева монастыря и отправили для торжественного захоронения в Троице-Сергиев монастырь. Двадцать троицких монахов несли их гробы по улицам столицы. В траурной процессии участвовали бояре. Они отдали последний долг свергнутой династии. Ксения Годунова, облаченная в черное монашеское платье, шла за гробом отца, рыдая и громко жалуясь на свою несчастную судьбу. «Ах, горе мне, одинокой сироте, — причитала она, — злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мертвый он терзает русское царство, суди его бог!»
Агитация против расстриги произвела впечатление на столичное население, но брожение в народе не прекращалось. В самый день перенесения в Москву мощей Дмитрия, как только царь Василий оказался посреди бесчисленной толпы, он, по словам Я. Маржарета, вторично подвергся опасности и едва не был побит каменьями. Царя спасло присутствие множества дворян. Обретение нового святого внесло успокоение в умы, но ненадолго. Недруги Василия позаботились о том, чтобы испортить его игру. Они притащили в собор тяжело больного, находившегося при последнем издыхании, и тот умер прямо у гроба Дмитрия. Толпа в ужасе отхлынула от дверей собора, едва умершего вынесли на площадь. Многие стали догадываться об обмане, и тогда власти закрыли доступ к гробу царевича. Колокола смолкли.
Недовольство в народе и в служилой среде, распри в думе делали положение новой династии крайне непрочным. По словам современников, на стороне царя Василия выступали дворяне из Москвы, Новгорода и Смоленска. Новгородские дворяне, вызванные в Москву по случаю Азовского похода, приняли участие в перевороте на стороне Шуйских и прочих заговорщиков. Смоленские дворяне, как и новгородцы, выразили преданность новому государю. Но, в целом, в русской армии царил такой же разброд, как и повсюду. Наибольшей популярностью Лжедмитрий I пользовался среди мелких помещиков из южных уездов, поддерживавших его дело с первых дней гражданской войны. Неудивительно, что в их среде переворот вызвал наибольшее негодование. В одном из списков «Сказания о Гришке Отрепьеве», найденном недавно И. П. Кулаковой, рассказ о присяге Шуйскому завершается словами: «а черниговцы, и путимцы, и кромичи, и комарици, и вси рязанские городы за царя Василья креста не целовали и с Москвы всем войском пошли на Рязань: у нас-де царевич Дмитрий Иванович жив». Воинские люди и жители Путивля, Чернигова, Кром так же, как и крестьяне Комарицкой волости, составляли ядро повстанческой армии, с которой самозванец вступил в Москву. Как и почему они вновь оказались в Москве в самые последние дни правления Лжедмитрия I? Напомним, что в те дни Отрепьев отправил гонцов к самозваному царевичу Петру и вольным казакам, поднявшим мятеж в Поволжье, с приказом спешить в столицу. По-видимому, те же самые причины побудили Лжедмитрия вызвать в Москву преданные ему отряды из северских городов. Факты подтверждают это. 17 мая стрельцы из северских городов несли караулы подле дворца. Их вмешательство едва не спасло самозванцу жизнь.
Многие считали, будто Отрепьев стал жертвой собственной беспечности и ослепления. Приведенные данные опровергают это мнение. Оказавшись лицом к лицу с могущественной боярской аристократией, Лжедмитрий I, по-видимому, осознал, что ему не избежать прямого столкновения с оппозицией, и лихорадочно искал силы, которые бы помогли ему разгромить боярство. При таких обстоятельствах он и вспомнил о своем старом повстанческом войске.
Сведения о военном мятеже против Шуйского находят подтверждение в Записках Я. Маржарета, одного из лучших мемуаристов Смутного времени. После избрания Шуйского, записал Маржарет, взбунтовались пять или шесть главных городов на татарских границах, «перебили и уничтожили часть своих войск и гарнизонов». Вероятно, в число главных городов на татарской границе входили Тула и Рязань. В выступлении против Шуйского рязанцы сыграли самую активную роль. Восстание в воинских частях и гарнизонах имело важные последствия.