Каким бы посмертным унижениям ни подвергали Отрепьева власть предержащие, народ не желал верить в смерть «доброго» законного царя. Толки о том, что он спасся от «лихих» бояр, не прекращались ни на один день. Через неделю после переворота на улицах столицы появились подметные письма, якобы составленные самим Дмитрием. «Прелестные листы» были прибиты на воротах многих боярских дворов. Поистине «бессмертный» царевич объявлял своим подданным, что «ушел от убийства и сам бог его от изменников спас».
В воскресный день 25 мая в Москве произошли волнения. Народ требовал от бояр ответа, почему умерщвлен государь. Приверженцы «Дмитрия» собрали на Красной площади огромную толпу. Капитан дворцовой стражи Я. Маржарет свидетельствует, что Шуйскому грозила смертельная опасность: если бы он, ничего не ведая, вышел на площадь, он подвергся бы такой же опасности, как и Дмитрий. Однако верные люди предупредили царя Василия, и он затворился в Кремле. Собрав оказавшихся под рукой бояр и приказав привести вожаков толпы, Василий дал волю слезам и пригрозил думе, что отречется от трона. В подтверждение своих слов он снял царскую шапку и сложил посох. Угроза произвела впечатление. Собравшиеся выразили покорность. Тогда Шуйский проворно подхватил посох и объявил, что намерен примерно наказать виновных.
Власти использовали розыск, чтобы скомпрометировать соперников Шуйского в борьбе за трон. Было официально объявлено, что зачинщики мятежа намеревались передать корону Мстиславскому. М. Ф. Нагой, родня Мстиславского, лишился высшего боярского титула конюшего, пятеро других «сообщников» подверглись торговой казни. Их вывели на рыночную площадь и наказали кнутом.
Филарета Романова после переворота нарекли патриархом. Следствие о мятеже дало Шуйскому повод пересмотреть решение об избрании Романова на пост главы церкви. Филарета обвинили в том, что он был якобы причастен к составлению подметных писем от имени Дмитрия.
В дни розыска Романова не было в столице. Царь Василий предусмотрительно удалил его из Москвы, отправив за мощами царевича Дмитрия в Углич. Первоначально власти предполагали провести царскую коронацию после посвящения в сан патриарха Филарета и торжественного захоронения в Архангельском соборе останков подлинного сына Грозного. Напуганный волнениями, Шуйский велел короновать себя за три дня до возвращения Романова из Углича. Коронация прошла без особой пышности, «в присутствии более черни, чем благородных». Многие знатные дворяне не успели прибыть из провинции в столицу.
Отрепьев замыслил извлечь из земли прах Дмитрия Угличского, что ускорило его гибель. Шуйский осуществил замысел самозванца, но придал ему совсем иное значение. На третий день после коронации Басманов доставил из Углича останки Дмитрия. Государь и бояре отправились пешком в поле, чтобы встретить за городом мощи истинного сына Грозного. Царя сопровождало духовенство и внушительная толпа москвичей. Марфе Нагой довелось в последний раз увидеть сына, вернее то, что осталось от него. Потрясенная вдова Грозного не могла произнести слов, которых от нее ждали. Чтобы спасти положение, царь Василий сам возгласил, что привезенное тело и есть мощи истинного Дмитрия. Ни молчание царицы, ни речь Шуйского не тронули народ. Москвичи не забыли о трогательной встречи Марии Нагой с «живым сыном». И князь Василий и Мария слишком много лгали и лицедействовали, чтобы можно было поверить им снова. Едва Шуйский произнес нужные слова, носилки с трупом поспешно закрыли. Процессия после некоторой заминки развернулась и проследовала на Красную площадь. Гроб с покойным Дмитрием некоторое время стоял на Лобном месте, а затем его перенесли в Архангельский собор, куда были допущены одни бояре и епископы.
Церковь надеялась заглушить слухи о знамениях над трупом Отрепьева чудесами нового великомученика. Гроб Дмитрия был выставлен на всеобщее обозрение. Некогда Шуйский клялся, что Дмитрий зарезал себя нечаянно, играя ножичком. Самоубийца не мог быть святым, и власти выдвинули новую версию. На мощи царевича положили свежие орешки, испачканные кровью. Всяк мог видеть своими глазами, что будущий мученик в момент смерти играл орешками, а не ножичком.
Благочестивые русские писатели с восторгом описывали чудеса, творившиеся у гроба дивного младенца: в первый же день исцеление получили тринадцать больных, во второй — двенадцать и пр. Однако находившиеся в Москве иноземцы утверждали, что исцеленные калеки были обманщики и пришлые бродяги, подкупленные людьми Шуйского. При каждом новом чуде в городе били в колокола. Трезвон продолжался несколько дней. Паломничество в Кремль напоминало реку в половодье. Огромные толпы народа теснились у дверей Архангельского собора. Царская канцелярия поспешила составить грамоту с описанием чудес Дмитрия Угличского. Грамоту многократно читали в столичных церквах.